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Licence
Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM) - 2011-16
Emploi du temps 2015-16
| EDT L2 AADB | |||
|---|---|---|---|
| CM lundi 10-12h en U2-120 | TP lundi 8h30-12h30 en 4TP4-P4as | ||
| semaine 3 - 18.01 | U2-120 RB Bioinfo générale | ||
| semaine 4 - 25.01 | U2-120 RB Bioinfo générale | ||
| semaine 5 - 01.02 | U2-120 FD Imagerie | ||
| semaine 6 - 08.02 | U2-120 FD Imagerie | ||
| semaine 7 - 15.02 | 4TP4-P4as FD ImageJ | ||
| semaine 8 - 22.02 | U2-120 RB Système d'information...SQL | ||
| semaine 10 - 07.03 | U2-120 RB SQL...Programmtion | ||
| semaine 11 - 14.03 | 4TP4-P4as RB Base résistance | ||
| semaine 12 - 21.03 | U2-120 RB Programmation | ||
| semaine 14 - 04.04 | 4TP4-P4as RB Base résistance | ||
| semaine 15 - 11.04 | 4TP4-P4as RB Base résistance | ||
Supports de cours 2014-15 :
- Introduction (R. Barriot)
- Imagerie (F. Delavoie)
Travaux pratiques 2013-14 :
- TP : Initiation à Image J : Support de TP et Archive contenant les images
- TP : Systèmes d'information Organisation des données et génération de rapports
Annales :
Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM)
Supports de cours :
- Introduction
- banques et bases de données biologiques
- Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
- Alignement de deux séquences protéiques
- Recherche par similarité dans les banques de données : la suite Blast
- Alignement multiple
- Motifs et profils
- Introduction évolution moléculaire
Correction du sujet de contrôle continu 2016 :
Annales :
- exemple de sujet de contrôle continu 2012
- correction du sujet de contrôle continu du 6 mars 2012
- exemple de sujet de contrôle terminal
- correction du sujet de contrôle terminal de janvier 2009
- un autre exemple de problème de contrôle terminal
Supports de TD :
- TD1 : Interrogation des banques de données
- TD2 : Comparaison de deux séquences
- TD3 : Analyse de séquences et Biologie Moléculaire
- TD4 : Analyse évolutive de la RNase J
Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique
Emploi du temps 2015-16
| EDT L3 Info Biologie | |||
|---|---|---|---|
| mercredi 10-12h | jeudi 18-20h | ||
| semaine 3 - 18.01 | | ||
| semaine 4 - 25.01 | 27/01 Cam Salle à déterminer | ||
| semaine 5 - 01.02 | 03/02 Cam Salle à déterminer | | |
| semaine 6 - 08.02 | | | |
| semaine 7 - 15.02 | 17/02 Barriot U2-209 | | |
| semaine 9 - 29.02 | 02/03 Barriot U2-209 | 03/03 Barriot U2-209 | |
| semaine 10 - 07.03 | 09/03 Barriot U2-209 | 10/03 Fichant U2-209 | |
| semaine 11 - 14.03 | 16/03 Fichant U2-209 | 17/03 Fichant U2-209 | |
| semaine 12 - 21.03 | 24/03 Barriot U2-209 | ||
Supports de cours:
- Introduction à la biologie
- Introduction à la bioinformatique
- Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
- Introduction biologique pour l'annotation des génomes
- Annotation des gènes codant pour des protéines
- Alignement de génomes
- La qualité des séquences issues du séquençage haut débit
- Alignement de séquences issues du séquençage haut débit
- Alignement des données RNA-Seq
- Recherche de polymorphisme
Supports de TD:
- Séquences et banques de données
- Introduction à BioPerl
- Analyse de transcriptome
- Alignement de séquences
- Construction de matrices de substitution PAM
- TDx2 : annotation d'un fragment bactérien
Projets 2016 à rendre le 18 avril à Roland Barriot pour le projet transcriptome et à Gwennaele Fichant pour le projet annotation:
- Les projets sont à réaliser individuellement (donc pas en groupe). 2 sujets vous sont proposés pour le transcriptome et un sujet pour l'annotation. Choisissez un sujet et inscrivez vous sur la page Répartition des projets. Attention: répartition moitié-moitié entre transcriptome et annotation sur la base : premier arrivé, premier servi.
- Projets 2016 - L3-Info transcriptome
- Projet 2016 annotation:
Annoter le fragment génomique ci-joint en utilisant les différentes approches vues en cours (ORFfinder, GeneMark, GeneMark.hmm, recherche de RBS). La prédiction des fonction putative des ORF codant potentiellement pour des protéines sera également réalisé à l'aide du logiciel BlastP. Pour la prédiction fonctionnelle, deux étapes au préalable.
Extraire de votre grande séquence, la sous-séquence correspondant à chaque gène que vous aurez prédit ((1ere position du codon initiateur, dernière du codon stop). Traduire cette sous-séquence en protéine. Ces deux étapes peuvent être réalisées en utilisant la suite logiciel EMBOSS sur la plateforme bioinformatique de Toulouse (http://emboss.toulouse.inra.fr).
le programme extractseq permet d'extraire une sous-séquence d'une séquence et le programme transeq de traduire cette sous-séquence en protéine ((frame to translate garder le frame 1, code to use garder standard). La séquence protéique pourra ensuite être utilisée dans une recherche avec BlastP comme réalisé en TP. Pour avoir une prédiction de la fonction de la protéine, lire quelques fiches correspondant aux hits blast obtenus.
Rendre un rapport justifiant votre démarche et votre raisonnement, et présentant les résultats obtenus à chaque étape ainsi qu'une synthèse finale.
fragment génomique à annoter
