Enseignements
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* mloss (machine learning open source software) http://mloss.org | * mloss (machine learning open source software) http://mloss.org | ||
| - | * [http://www.philippe-fournier-viger.com/spmf/ Sequential Pattern Mining Framework] open source Java implementation | + | * Librairies et logiciels |
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| + | ** [http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka weka] | ||
| + | ** [http://orange.biolab.si/ Orange] librairie python | ||
| + | ** [http://scikit-learn.org scikit-learn] une autre librairie python | ||
| + | ** [http://www.philippe-fournier-viger.com/spmf/ Sequential Pattern Mining Framework] open source Java implementation | ||
=== Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse === | === Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse === | ||
Revision as of 08:53, 29 July 2013
Licence
Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM)
Calendrier : Cours Magistral (CM) le lundi 7h45-9h45 en 1A-A13 et Travaux Pratiques (TP) le mardi de 13h30 à 17h30
- CM1 23/01
- CM2 06/02
- CM3 20/02
- CM4 27/02
- TP1 28/02 en 4TP2-M6
- CM5 12/03
- TP2 13/03 en U2-209
- CM6 19/03
- TP3 27/03 en U2-209
- CM7 02/04 en 4TP2-M6
- TP4 17/04 en U2-209
Supports de cours :
- Introduction
- Elements sur les images numériques et ImageJ
- Applications et méthodologies d'acquisition d'images
Travaux pratiques :
- TP : Initiation à Image J : Support de TP
- TP : Systèmes d'information, première étape Organisation des données
- Quelques requêtes en SQL
Images pour le TP1 Image J:
Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM)
Supports de cours :
- Introduction
- banques et bases de données biologiques
- Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
- Alignement de deux séquences protéiques
- Recherche par similarité dans les banques de données : la suite Blast
- Alignement multiple
- Motifs et profils
- Phylogénie
Annales :
- exemple de sujet de contôle continu
- exemple de sujet de contôle terminal
- correction du sujet de contôle terminal de janvier 2009
- correction du sujet de contôle continu du 6 mars 2012
Supports de TD :
- TD1 : Interrogation des banques de données
- TD2 : Comparaison de deux séquences
- TD3 : Analyse de séquences et Biologie Moléculaire
- TD4 : Analyse évolutive de la RNase J
Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique
Supports de cours:
- Introduction à la biologie
- Introduction à la bioinformatique
- Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
- Alignement de génomes
- La qualité des séquences issues du séquençage haut débit
- Alignement de séquences issues du séquençage haut débit
- Alignement des données RNA-Seq
- Recherche de polymorphisme
- Descriptif du projet à rendre pour le 10 avril au plus tard
Supports de TD:
- TD1 : Séquences et banques de données
- TD2 : Introduction à BioPerl
- TD3 : Alignement de séquences
- TD4 : Analyse d'une souche pathogène émergente d'Escherichia coli
- Exercices sur les données à haut débits
Master
Master 1 - MABS
Evolution Moléculaire (EM7BMAAM)
Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM)
- Memento de Régine André-Obrecht
- TD Calcul matriciel
- TD Modélisation
- Documents relatifs aux ACP
- TD Probabilités
Traitement de données biologiques (EM7BMACM)
Support de cours:
Support de TD:
- Introduction à R
- Tests
- Tests et ANOVA
- Analyses mutivariées
- TD Transcriptome : Gènes différentiellement exprimés avec R/Bioconductor
- TD Transcriptome : clustering de profils d'expression
Liens
- http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
- http://www.datamind.org Apprendre R en ligne
Fouille de données (EM7BBSCM)
Support de cours:
- Introduction et Généralités
- Classification, prédiction et caractérisation
- Clustering
- Règles d'association
Sujets de TD
Liens
- Data mining map
- The LION book (free download)
- http://www.kdnuggets.com/
- UCI KDD Archive (datasets)
- mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
- Librairies et logiciels
- RapidMiner
- Knime
- weka
- Orange librairie python
- scikit-learn une autre librairie python
- Sequential Pattern Mining Framework open source Java implementation
Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse
- TD1 : Interrogation des banques de données
- TD2 : Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux
- TD3 : Analyse de séquences II: alignements multiples et profils|
Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM)
Support de TD/TP:
- TP Visualisation et parcours en profondeur
- TP Parcours en largeur et plus court chemin
- TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
- TP Recherche de communautés dans les graphes
Liens:
- Cytoscape
- Cytoscape Web
- Tulip
- Gephi
- Pathway tools
- igraph
- Radatools
- NeAT
- METACYC
- STRING
- RegulonDb
- MetaNetX
Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM)
- Cours et TP
- Projets
- Support de cours sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
- Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
- Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles. (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., PLoS Biol Lien PubMed
- minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, BMC Bioinformatics Lien
- Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review. (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., BioSystems Lien PubMed
- Computational methods for discovering gene networks from expression data (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, Brief Bioinform Lien
- TD Reconstruction de réseaux de régulation
Master 1 - BioSanté
Génomique humaine et animale (EM8BMCAM)
Support de cours :
Supports de TD :
Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes
- Génome de E. coli de 2002 EcolA01.embl
Intégration de données hétérogènes
- Support de cours (R. Barriot)
- Mise en oeuvre
Master 2 Pro - Diagnostique
Autres
INSA
- TD1 : Banque et manipulation de séquences
- TD2 : Recherche par similarité de séquences, alignements multiples et profils
C2I
L3 Licence Pluridisciplinaire 2012_2013
Support de Cours
Examen Pratique 2012_2013
- Sujet de l'examen: a la fin de l'examen adresser vos travaux à : gaulin@lrsv.ups-tlse.fr ET roland.barriot@biotoul.fr
- Documents pour l'examen Pratique
F.A.Q.
- Caractérisation d'un ensemble de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.
