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Revision as of 09:00, 15 November 2013

Licence

Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM)

Calendrier : Cours Magistral (CM) et Travaux Pratiques (TP) le jeudi matin

Supports de cours :

• Introduction
• Elements sur les images numériques et ImageJ
• Applications et méthodologies d'acquisition d'images

Travaux pratiques :

• TP : Initiation à Image J : Support de TP
• TP : Systèmes d'information, première étape Organisation des données
• Quelques requêtes en SQL

Images pour le TP1 Image J:

• A4dapi / Lignes / Arabette / Arabette Traitement/ Medicago Champignon

Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM)

Supports de cours :

• Introduction
• banques et bases de données biologiques
• Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
• Alignement de deux séquences protéiques
• Recherche par similarité dans les banques de données : la suite Blast
• Alignement multiple
• Motifs et profils
• Phylogénie

• Présentation du Master Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Annales :

• exemple de sujet de contôle continu
• exemple de sujet de contôle terminal
• correction du sujet de contôle terminal de janvier 2009
• correction du sujet de contôle continu du 6 mars 2012

Supports de TD :

• TD1 : Interrogation des banques de données
• TD2 : Comparaison de deux séquences
• TD3 : Analyse de séquences et Biologie Moléculaire
• TD4 : Analyse évolutive de la RNase J

Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique

Supports de cours:

• Introduction à la biologie
• Introduction à la bioinformatique
• Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
• Alignement de génomes
• La qualité des séquences issues du séquençage haut débit
• Alignement de séquences issues du séquençage haut débit
• Alignement des données RNA-Seq
• Recherche de polymorphisme
• Descriptif du projet à rendre pour le 10 avril au plus tard

Supports de TD:

• TD1 : Séquences et banques de données
• TD2 : Introduction à BioPerl
• TD3 : Alignement de séquences
• TD4 : Analyse d'une souche pathogène émergente d'Escherichia coli
• Exercices sur les données à haut débits

Master

Master 1 - MABS

• Linux tips

Evolution Moléculaire (EM7BMAAM)

• Ressources pédagogiques

• TD 1
• TD 3

Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM)

• Memento de Régine André-Obrecht
• TD Calcul matriciel
• TD Modélisation
• Documents relatifs aux ACP
• TD Probabilités
• M1 MABS CC Math 2013-14 [ ODT ] - [ DOC ]

Traitement de données biologiques (EM7BMACM)

Support de cours:

• Support 1
• Support 2
• Support 3
• Transcriptome

Support de TD:

• Introduction à R
• Tests
• Tests et ANOVA
• Analyses mutivariées
• TD Transcriptome : Gènes différentiellement exprimés avec R/Bioconductor
• TD Transcriptome : clustering de profils d'expression

Liens

• Aide mémoire des commandes R
• http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
• http://www.datamind.org Apprendre R en ligne

Fouille de données (EM7BBSCM)

Support de cours:

• Introduction et Généralités
• Classification, prédiction et caractérisation
• Clustering
• Règles d'association

Sujets de TD

• TD Classification et validation croisée
• TD Classificateur Bayésien naïf

Projet

• Enoncé du projet
• A réaliser par groupe de 3

Liens

• Data mining map
• The LION book (free download)
• http://www.kdnuggets.com/
  • Book: Mining of Massive Datasets (free download)
• UCI KDD Archive (datasets)
• mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
• Librairies et logiciels
  • RapidMiner
  • Knime
  • weka
  • Orange librairie python
  • scikit-learn une autre librairie python
  • Sequential Pattern Mining Framework open source Java implementation

Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse

• TD1 : Interrogation des banques de données
• TD2 : Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux
• TD3 : Analyse de séquences II: alignements multiples et profils|

• Controle Continu Decembre 2013

Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM)

• Support de cours
• Support de cours (communautés)

Support de TD/TP:

• TP Visualisation et parcours en profondeur
• TP Parcours en largeur et plus court chemin
• TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
• TP Recherche de communautés dans les graphes

Liens:

• Cytoscape
• Cytoscape Web
• Tulip
• Gephi
• Pathway tools
• igraph
• Radatools
• NeAT
• METACYC
• STRING
• RegulonDb
• MetaNetX

Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM)

• Cours et TP
• Projets
• Support de cours sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
  • Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
  • Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles. (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., PLoS Biol Lien PubMed
  • minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, BMC Bioinformatics Lien
  • Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review. (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., BioSystems Lien PubMed
  • Computational methods for discovering gene networks from expression data (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, Brief Bioinform Lien
• TD Reconstruction de réseaux de régulation

Master 1 - BioSanté

Génomique humaine et animale (EM8BMCAM)

Support de cours :

• Transcriptome

• Annotation des génomes partie 1
• Annotation des génomes partie 2

Supports de TD :

• Analyse de données d'expression
• TP annotation d'un fragment génomique bactérien

Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes

• TD Annotation Artemis
• Cours transcriptome
• TD transcriptome

• Cours Clustering
• M2P Bioinfo - Projet Data mining
• M2P Bioinfo - Projet Transcriptome

• Génome de E. coli de 2002 EcolA01.embl

• M2BBS - Atelier Système

Intégration de données hétérogènes

• File:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes.pdf (R. Barriot)
• Mise en oeuvre
• Projets IDH 2013-14

Master 2 Pro - Diagnostique

• TD n°1 : Démarche pour identification de régions pour design de sondes

Autres

INSA

• TD1 : Banque et manipulation de séquences
• TD2 : Recherche par similarité de séquences, alignements multiples et profils

C2I

L3 Licence Pluridisciplinaire 2012_2013

Support de Cours

• Extraits_Cours_2012_2013

Examen Pratique 2012_2013

• Sujet de l'examen: a la fin de l'examen adresser vos travaux à : gaulin@lrsv.ups-tlse.fr ET roland.barriot@biotoul.fr

Sujet d'examen pratique C2i 2012_2013

• Documents pour l'examen Pratique

exos_tableurs.ods

exos_texte_brut.odt

texte_formate.pdf

ADNmt_humain.png

endosymbiose.jpg

F.A.Q.

• Caractérisation d'un ensemble de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.