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m (→Fouille de données (EM7BBSCM))
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== Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM) ==
== Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM) ==
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'''Calendrier 2013-14:'''  
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'''Calendrier 2014-15:'''  
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Cours Magistral (CM) à 10h en B19bis et Travaux Pratiques (TP) à 8h en 4TP2-M7 le lundi matin
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Cours Magistral (CM) de 10h à 12h au bâtiment MRV (Maison de la Recherche et de la Valorisation) en salle BR210  et Travaux Pratiques (TP) de 8h à 12h en 4TP4-P1 le lundi matin
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* CM1 20/01
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* CM1 19/01
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* CM2 27/01
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* CM2 26/01
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* CM3 03/02
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* CM3 02/02
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* CM4 10/02
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* CM4 09/02
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* CM5 17/02
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* TP1 24/02
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* TP1 23/02
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* CM6 17/03
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* CM6 02/03
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* TP2 24/03
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* TP2 09/03
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* CM7 31/03
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* CM7 16/03
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* TP3 07/04
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* TP4 14/04
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'''Supports de cours 2013-14 :'''
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'''Supports de cours 2014-15 :'''
* [[Media:L2 AADB Intro.pdf|Introduction]]
* [[Media:L2 AADB Intro.pdf|Introduction]]
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* à venir : support de cours Image numérique
* à venir : support de cours Image numérique
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<!--* [[Media:L2 Elements image numerique_Elo.pdf|Elements sur les images numériques et ImageJ]]
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* [[Media:L2 Elements image numerique_Elo.pdf|Elements sur les images numériques et ImageJ]]
* [[Media:L2 Applications et méthodologies d'acquisition d'images.pdf|Applications et méthodologies d'acquisition d'images]]
* [[Media:L2 Applications et méthodologies d'acquisition d'images.pdf|Applications et méthodologies d'acquisition d'images]]
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Revision as of 13:57, 16 January 2015

Contents

Licence

Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM)

Calendrier 2014-15:

Cours Magistral (CM) de 10h à 12h au bâtiment MRV (Maison de la Recherche et de la Valorisation) en salle BR210 et Travaux Pratiques (TP) de 8h à 12h en 4TP4-P1 le lundi matin

  • CM1 19/01
  • CM2 26/01
  • CM3 02/02
  • CM4 09/02
  • CM5 16/02
  • TP1 23/02
  • CM6 02/03
  • TP2 09/03
  • CM7 16/03
  • TP3 23/03
  • TP4 20/04


Supports de cours 2014-15 :

Travaux pratiques 2013-14 :


Annales :


Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM)

Supports de cours :


Annales :


Supports de TD :


Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique

Supports de cours:

Projets 2014 à rendre le 7 avril au plus tard :

Supports de TD:

Master

Master 1 - MABS

Evolution Moléculaire (EM7BMAAM)


Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM)

  • Memento de Régine André-Obrecht
  • TD Calcul matriciel
  • TD Modélisation
  • Documents relatifs aux ACP
  • TD Probabilités

Traitement de données biologiques (EM7BMACM)

Support de cours:

Support de TD:

Projet 2014-15:

Liens

Fouille de données (EM7BBSCM)

Planning 2014-2015
date lieu
Jeudi 16 oct 10h-12h U4-A4 CM1 Intro
Jeudi 13 nov 10h-12h U4-100 CM2 Classification 1
Jeudi 20 nov 10h-12h U4-100 CM3 Classification 2
Mercredi 26 nov 13h30-17h30 4TP4-P1 TP1 Classification (Knime, R ; Naive Bayes, Decision Tree, k-nn, X-validation)
Jeudi 27 nov 10h-12h U4-100 CM4 Clustering 1
Mercredi 3 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP2 Classification (R, python ; LDA, k-nn)
Jeudi 4 déc 10h-12h U4-100 CM5 Clustering 2
Mercredi 10 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP3 Classification (python ; Naive Bayes)
Jeudi 11 déc 10h-12h U4-100 CM6 Règles d'associations
Mercredi 17 déc 13h30-17h30 4TP4-P15 TP4 clustering (attention, changement de salle)
Jeudi 18 déc 10h-12h U4-100 CM7 Règles d'associations

Support de cours:

Sujets de TD

  • TD Classification et validation croisée

Projet

  • Enoncé du projet
  • A réaliser par groupe de 3. Constitution des groupes à remettre le 4 décembre 2014

Liens

Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse


Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM)

Support de TD/TP:

  • TP Visualisation et parcours en profondeur
  • TP Parcours en largeur et plus court chemin
  • TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
  • TP Recherche de communautés dans les graphes

Liens:

Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM)

  • Cours et TP
  • Projets
  • Support de cours sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
    • Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
    • Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles. (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., PLoS Biol Lien PubMed
    • minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, BMC Bioinformatics Lien
    • Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review. (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., BioSystems Lien PubMed
    • Computational methods for discovering gene networks from expression data (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, Brief Bioinform Lien
  • TD Reconstruction de réseaux de régulation


Master 1 - BioSanté

Génomique humaine et animale (EM8BMCAM)

Support de cours :

Supports de TD :

Master2 - BioVégétales

Documents, partie E. Gaulin

Document, partie C. Mathé

Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Intégration de données hétérogènes


Master 2R - BioSciences Végétales (http://www.m2rbsv.ups-tlse.fr)

Bioanalyse, Protéomique

TDs

Master 2 Pro - Diagnostique


Autres

INSA



F.A.Q.

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