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Contents 1 Licence 1.1 Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM) 1.2 Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM) 1.3 Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique 2 Master 2.1 Master 1 - MABS 2.1.1 Evolution Moléculaire (EM7BMAAM) 2.1.2 Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM) 2.1.3 Traitement de données biologiques (EM7BMACM) 2.1.4 Fouille de données (EM7BBSCM) 2.1.5 Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse 2.1.6 Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM) 2.1.7 Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM) 2.2 Master 1 - BioSanté 2.2.1 Génomique humaine et animale (EM8BMCAM) 2.3 Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes 2.3.1 Intégration de données hétérogènes 2.4 Master 2 Pro - Diagnostique 3 Autres 3.1 INSA 3.2 C2I 4 L3 Licence Pluridisciplinaire 2012_2013 5 F.A.Q.

Licence

Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM)

Calendrier : Cours Magistral (CM) le lundi 7h45-9h45 en 1A-A13 et Travaux Pratiques (TP) le mardi de 13h30 à 17h30

• CM1 23/01
• CM2 06/02
• CM3 20/02
• CM4 27/02
• TP1 28/02 en 4TP2-M6
• CM5 12/03
• TP2 13/03 en U2-209
• CM6 19/03
• TP3 27/03 en U2-209
• CM7 02/04 en 4TP2-M6
• TP4 17/04 en U2-209

Supports de cours :

• Introduction
• Elements sur les images numériques et ImageJ
• Applications et méthodologies d'acquisition d'images

Travaux pratiques :

• TP : Initiation à Image J : Support de TP
• TP : Systèmes d'information, première étape Organisation des données
• Quelques requêtes en SQL

Images pour le TP1 Image J:

• A4dapi / Lignes / Arabette / Arabette Traitement/ Medicago Champignon

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Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM)

Supports de cours :

• Introduction
• banques et bases de données biologiques
• Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
• Alignement de deux séquences protéiques
• Recherche par similarité dans les banques de données : la suite Blast
• Alignement multiple
• Motifs et profils
• Phylogénie

• Présentation du Master Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Annales :

• exemple de sujet de contôle continu
• exemple de sujet de contôle terminal
• correction du sujet de contôle terminal de janvier 2009
• correction du sujet de contôle continu du 6 mars 2012

Supports de TD :

• TD1 : Interrogation des banques de données
• TD2 : Comparaison de deux séquences
• TD3 : Analyse de séquences et Biologie Moléculaire
• TD4 : Analyse évolutive de la RNase J

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Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique

Supports de cours:

• Introduction à la biologie
• Introduction à la bioinformatique
• Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
• Alignement de génomes
• La qualité des séquences issues du séquençage haut débit
• Alignement de séquences issues du séquençage haut débit
• Alignement des données RNA-Seq
• Recherche de polymorphisme
• Descriptif du projet à rendre pour le 10 avril au plus tard

Supports de TD:

• TD1 : Séquences et banques de données
• TD2 : Introduction à BioPerl
• TD3 : Alignement de séquences
• TD4 : Analyse d'une souche pathogène émergente d'Escherichia coli
• Exercices sur les données à haut débits

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Master

Master 1 - MABS

• Linux tips

Evolution Moléculaire (EM7BMAAM)

• Ressources pédagogiques

• TD 1
• TD 3

Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM)

• Memento de Régine André-Obrecht
• TD Calcul matriciel
• TD Modélisation
• Documents relatifs aux ACP
• TD Probabilités

Traitement de données biologiques (EM7BMACM)

Support de cours:

• Support 1
• Support 2
• Support 3
• Transcriptome

Support de TD:

• Introduction à R
• Tests
• Tests et ANOVA
• Analyses mutivariées
• TD Transcriptome : Gènes différentiellement exprimés avec R/Bioconductor
• TD Transcriptome : clustering de profils d'expression

Liens

• http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
• http://www.datamind.org Apprendre R en ligne

Fouille de données (EM7BBSCM)

Planning 2013-2014
date	lieu
Jeudi 17 oct 10h-12h	Einstein CM1 Intro
Jeudi 24 oct 10h-12h	Einstein CM2 Classification 1
Jeudi 14 nov 10h-12h	B08-bis CM3 Classification 2
Mercredi 20 nov 13h30-17h30	U2-209 TP1 Classification (Knime, Orange, Naive Bayes)
Jeudi 21 nov 10h-12h	B08-bis CM4 Clustering 1
Jeudi 28 nov 10h-12h	B08-bis CM5 Clustering 2
Mercredi 4 déc 13h30-17h30	U2-209 TP2 Classification (Naive Bayes, cross validation, Linear discriminant analysis)
Jeudi 5 déc 10h-12h	B08-bis CM6 Règles d'association
Mercredi 11 déc 13h30-17h30	U2-209 TP3 k-nearest neighbors
Jeudi 12 déc 10h-12h	B08-bis CM7 Complexité - Algo génétique
Mercredi 18 déc 13h30-17h30	U2-209 TP4 k-medoids

Support de cours:

• Introduction et Généralités
• Classification, prédiction et caractérisation
• Clustering
• Règles d'association

Sujets de TD

• TD Classification et validation croisée
• TD Classificateur Bayésien naïf

Liens

• Data mining map
• The LION book (free download)
• http://www.kdnuggets.com/
  • Book: Mining of Massive Datasets (free download)
• UCI KDD Archive (datasets)
• mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
• Librairies et logiciels
  • RapidMiner
  • Knime
  • weka
  • Orange librairie python
  • scikit-learn une autre librairie python
  • Sequential Pattern Mining Framework open source Java implementation

Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse

• TD1 : Interrogation des banques de données
• TD2 : Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux
• TD3 : Analyse de séquences II: alignements multiples et profils|

• Controle Continu Decembre 2013

Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM)

• Support de cours
• Support de cours (communautés)

Support de TD/TP:

• TP Visualisation et parcours en profondeur
• TP Parcours en largeur et plus court chemin
• TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
• TP Recherche de communautés dans les graphes

Liens:

• Cytoscape
• Cytoscape Web
• Tulip
• Gephi
• Pathway tools
• igraph
• Radatools
• NeAT
• METACYC
• STRING
• RegulonDb
• MetaNetX

Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM)

• Cours et TP
• Projets
• Support de cours sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
  • Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
  • Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles. (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., PLoS Biol Lien PubMed
  • minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, BMC Bioinformatics Lien
  • Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review. (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., BioSystems Lien PubMed
  • Computational methods for discovering gene networks from expression data (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, Brief Bioinform Lien
• TD Reconstruction de réseaux de régulation

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Master 1 - BioSanté

Génomique humaine et animale (EM8BMCAM)

Support de cours :

• Transcriptome

• Annotation des génomes partie 1
• Annotation des génomes partie 2

Supports de TD :

• Analyse de données d'expression
• TP annotation d'un fragment génomique bactérien

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Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes

• TD Annotation Artemis
• Cours transcriptome
• TD transcriptome

• Cours Clustering
• M2P Bioinfo - Projet Data mining
• M2P Bioinfo - Projet Transcriptome

• Génome de E. coli de 2002 EcolA01.embl

• M2BBS - Atelier Système

Intégration de données hétérogènes

• File:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes.pdf (R. Barriot)
• Mise en oeuvre

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Master 2 Pro - Diagnostique

• TD n°1 : Démarche pour identification de régions pour design de sondes

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Autres

INSA

• TD1 : Banque et manipulation de séquences
• TD2 : Recherche par similarité de séquences, alignements multiples et profils

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C2I

L3 Licence Pluridisciplinaire 2012_2013

Support de Cours

• Extraits_Cours_2012_2013

Examen Pratique 2012_2013

• Sujet de l'examen: a la fin de l'examen adresser vos travaux à : gaulin@lrsv.ups-tlse.fr ET roland.barriot@biotoul.fr

Sujet d'examen pratique C2i 2012_2013

• Documents pour l'examen Pratique

exos_tableurs.ods

exos_texte_brut.odt

texte_formate.pdf

ADNmt_humain.png

endosymbiose.jpg

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F.A.Q.

• Caractérisation d'un ensemble de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.