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Contents
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Licence 2 et 3 Biologie
Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM)
BioAnalyse L3 - 2B2M et BCP
- TD1 : Interrogation des banques de données
- TD2 : Alignement par paires
- TD3 : Analyse de séquences et biologie Moléculaire
- TD4 : BLAST, alignement multiple, signature protéique
Master
Master 1
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM
Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)
Support de cours:
- Statistiques et Analyses Multivariées - M. Bonhomme
- Transcriptome - R. Barriot (version 2011-2015, sera mis à jour pour le 10/10/2016)
Support de TD/TP:
- TP1 - Introduction à R
- TP2 - Régression linéaire, probabilités, intervalles de confiance
- TP3 - Tests statistiques - 1
- Les suivants sont en cours de mise à jour
- procédure d'installation de R/Rstudio sur votre ordinateur
Liens
- Archives
- Contrôle continu de 2011 avec son corrigé CC 2011 et correction.zip
- Documentation
- Aide mémoire des commandes R
- Aide mémoire pour RMarkdown disponible depuis http://rmarkdown.rstudio.com et http://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
- RMarkdown un peu plus détaillé disponible aussi sur la page citée à la ligne précédente
- http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
- Sites dédiés
- Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html
- RStudio : https://www.rstudio.com
- https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
- http://tryr.codeschool.com/levels/1/challenges/1 Apprendre en ligne aussi
- http://www.r-fiddle.org Utilisation de R depuis un navigateur
Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)
Support de cours:
- présentation de GEQ - M. Bonhomme
- introduction à GEQ - M. Bonhomme
- Génétique des populations (GE) - M. Bonhomme
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies
Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes
Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)
Supports de cours:
- Introduction biologique (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)
- Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)
Tutoriels de TP:
Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)
Projet 2015-16:
Références
- Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse (EMBIA1IM)
- Supports de cours
http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29
- TD1 : Interrogation des banques de données
- TD2 : Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux
- TD3 : Analyse de séquences II: alignements multiples et profils|
- Exemples d'examen terminal
2014-2015: Janvier 2015, Controle Terminal, session 1
Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)
Supports de cours
Supports de TD/TP:
- TP Visualisation et parcours en profondeur
- TP Parcours en largeur et plus court chemin
- TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
- TP Recherche de communautés dans les graphes
Projets 2015-16
Liens:
- Cytoscape (et Cytoscape Web mais un peu dépassé maintenant)
- Tulip
- Gephi
- igraph
- Pathway tools
- Radatools
- NeAT
- METACYC
- STRING
- Bioconductor/STRINGdb interface STRINGdb et R igraph
- RegulonDb
- MetaNetX
Références
- Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
- Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
- An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
- Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
- Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
Fouille de données (EMBIA2DM)
Support de cours:
- Introduction et Généralités
- Classification, prédiction et caractérisation
- Clustering
- Règles d'association
Sujets de TD
- TD Classification, validation croisée et clustering
Projet
- Enoncé du projet
Liens
- Data mining map
- http://www.kdnuggets.com/
- UCI KDD Archive (datasets)
- mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
- Librairies et logiciels
- RapidMiner
- Knime
- weka
- Orange librairie python
- scikit-learn une autre librairie python
- Sequential Pattern Mining Framework open source Java implementation
Références
- Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
- GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
Master 1 - MEEF
Sciences de la Vie (EE7BSVFM)
Supports de TD :
Supports de Cours :
Master 2
Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes
UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:
Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions.
- Atelier Biologie des Systèmes
- Atelier ChipSeq
- Article 1 : 2 étudiant(e)s
- Article 2 : 2 étudiant(e)s
- Atelier sRNAseq
- Article 1 : 2 étudiant(e)s
- Article 2 : 2 étudiant(e)s
- Atelier RNAseq
- Article 1 : 3 étudiant(e)s
- Article 2 : 1 étudiant(e)
Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot
Biologie des Systèmes - G. Fichant
Support de cours:
- Short general introduction to system biology
- Petit rappel enzymologie partie 1
- Petit rappel enzymologie partie 2
- Two and three nodes network motifs in transcriptional networks
- Introduction to Petri net models
- Introduction to Piece-wise linear differential equation models
- System dynamic analyses
Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)
Biologie Computationnelle
Documents, partie E. Gaulin
Examen 2016, partie E. Gaulin
Documents, partie C. Mathé
Documents, partie C. Albenne
F.A.Q.
- Caractérisation d'un ensemble de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.
- Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0
Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2
R> chooseCRANmirror() R> install.packages('igraph')
- Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0
La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :
# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur) bash> su # puis les commandes ci-dessous (sans le "root>") root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)