Enseignements
From silico.biotoul.fr
Licence 2 et 3 Biologie
Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BBE
- Espace Moodle : KSVB4AJU - Bioinformatique
Emploi du temps
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
Supports de cours
- CM Utilisation de l'information génétique en biologie
- CM Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes
Sujets de TD/TP
- TP3 Analyses statistiques des données (phénotypes, génotypes)
- TD2 Transcriptomique. Sujet avec davantage de détails → Sujet détaillé et sa correction
- TP5 Modélisation d'un réseau de régulation
L3 BCP Bioanalyse (KSVA6ABU)
2022_2023 Planning des Enseignements
Toutes les informations relatives à l'UE de Bioanalyse sont également disponibles dans l'espace dédié sur Moodle
- Les CMs de Bioanalyse, au nombre de six, débuteront semaine 2 (9_13 Janvier 2023) sur des créneaux horaires particuliers, avec les deux premiers CMs en semaine 2. A savoir :
CM1 : Lundi 13H30 (CMB) Denjoy U1 et Mardi 15h45 (CMA), Denjoy U1
CM2 : Vendredi 10h05 (CMB) Le Chatelier 2A et Mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
Les CMs suivants (CM3-CM6) auront lieu entre les semaines 3 et 6
CM3-CM6 : vendredi 10h05 (CMB), Le Chatelier 2A et mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
- Les TPs, au nombre de cinq, se déroulent en salle informatique. Les quatre premiers TPs sont de 3h30 et le cinquième de 2h, donc attention aux horaires !
Veuillez respecter votre créneau de TP, compte tenu du nombre d'ordis par salle infos, merci
- Fichier du Planning 2022_2023 (salles et séries)
Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2022_2023 (mise a jour Janv 2023)
- Le CC aura surement lieu, le Jeudi de la semaine 8 à compter de 18h, dans un lieu restant à définir. Réservez vous le créneau horaire !
TPs en salle
- TP1 : Interrogation des banques de données
- TP2 : Alignement par paires
- TP3 : Analyse de séquences et biologie Moléculaire
- TP4 : BLAST, alignement multiple, signature protéique
- TP5 : Revisions
Licence Pro GeBAP
Schéma de sélection et productions de semences
- TP Analyse de QTL
L3 Biodiversité & Biologie Environementale (BEE)
Ingénierie du Végétal (KSVC5AEU)
Initiation à l'analyse de séquences biologiques
- TP1 : Interrogation des banques de données et alignement par paires
- TP2 : Alignement multiples et signatures protéiques
Master
Master 1 - Biotechnologies
Evolution Moléculaire (KBTD8AGU)
Supports de cours :
- Evolution moléculaire : introduction et définitions
- Modèles évolutifs
- Méthodes de reconstructions phylogénétiques
- Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)
Support TP :
- tutorial TP
- Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez S. pneumoniae
- Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD
Support TD :
Master 1
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM
Traitement de données biologiques (KBVX7AH1)
Supports de cours :
Supports de TD/TP :
- TP1 - Introduction à R
- TP2 - Régression linéaire, probabilités, intervalles de confiance
- TP3 - Tests statistiques - 1
- TP4 - Tests statistiques - 2 (ANOVA)
- TP5 - ACP, analyses différentielles, clustering et caractérisation d'une liste de gènes
- Archives
- Contrôle continu de 2011 avec son corrigé CC 2011 et correction.zip
Liens
- Documentation
- Aide mémoire des commandes R
- Aide mémoire pour RMarkdown disponible depuis http://rmarkdown.rstudio.com et http://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
- RMarkdown un peu plus détaillé disponible aussi sur la page citée à la ligne précédente
- http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
- Sites dédiés
- Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html
- RStudio : https://www.rstudio.com ainsi que la version utilisable depuis un navigateur https://rstudio.cloud (nécessite un compte, qui peut être gratuit mais avec des capacités limitées)
- https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
- https://rdrr.io/snippets/ Utilisation de R depuis un navigateur
Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)
Support de cours:
- présentation de GEQ - M. Bonhomme
- introduction à GEQ - M. Bonhomme
- GE - Génétique des populations - M. Bonhomme
- GQ - Génétique-Quantitative - M. Bonhomme
- GQ - Cartographie génétique - M. Bonhomme
Supports de TD/TP :
- TD1 génétique des populations
- TP1 génétique des populations
- TD2 génétique quantitative
- TP2 génétique quantitative
- TD3 cartographie génétique
Génomique Evolutive et Phylogénie
Supports de TD/TP :
- TP Adaptation Moleculaire
- Données pour le TP:
Medicago SNPs sequences Drosophile sequences Primates lysozymes sequences
Master 1 - Bioinformatique parcours Biologie des Systèmes + Bioinformatique et Génomique Environnementale
Evolution Moléculaire (KBIA8ABU - KBIB8ABU)
Supports de cours :
- Introduction à l'évolution moléculaire
- Evolution moléculaire : définitions
- Modèles évolutifs
- Méthodes de reconstructions phylogénétiques
- Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)
- Adaptation moléculaire
Support TP :
- tutorial TP1 et TP2
- manuel de ModelTest
- Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez S. pneumoniae
- Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD
- tutorial TP3
Support TD :
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes
- Diaporama réunion de rentrée Media:M1BBS.Accueil.Inscriptions.Pedagogiques.pdf
Bioinformatique pour la Génomique (KBIX7AB1)
Supports de cours :
- Introduction biologique (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)
- Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)
- Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)
- Introduction aux alignements de génomes bactériens (Gwennaele Fichant)
Tutoriels de TP :
- Annotation d'un fragment génomique bactérien
- Correction du TP annotation
- design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis
- archives compressées de SHOW à télécharger
- Template pour réaliser le modèle dans la syntxte de SHOW
Projet annotation d'un fragment génomique à remettre au plus tard le vendredi 22 décembre
- Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint : description du projet
- Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint : description des parsers
- Annoter une des deux séquences fournies : séquence 1 ou séquence 2
Mathématique pour la Biologie (KBIA7AI)
Sujets de TP :
Liens :
- http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
Références
- Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
Traitement de graphes et réseaux biologiques (KBIA7AD)
Espace moodle (inscription obligatoire) : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7647
Supports de cours
Supports de TD/TP:
- TP avec Roland Barriot Création de modules python (manipulation de graphes + Gene Ontology) et prise en main de igraph
- TP5 Recherche de communautés dans les graphes
Projets 2023-24
Sujet disponible sur moodle.
Fichiers de départs à compléter disponibles sur gitlab.
Liens:
Logiciels
- Cytoscape (et librairie pour l'analyse et la visualisaiton)
- Tulip librairie C/C++ pour le traitement et la visualisation de graphes
- Gephi
Librairies
- igraph R, python, ...
- NetworkX python
- graph-tool python
- Bioconductor/STRINGdb interface STRINGdb et R igraph
Serveurs & Banques
Formats
- Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
Autres
- https://kateto.net/network-visualization Visu avec différents environnements et librairies
- Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
- exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
- rosalind : apprentissage python en bioinformatique
Références
- Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
- Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
- An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
- Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
- Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
Fouille de données (KBIA8AC)
Espace moodle : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7659
Master 1 - MEEF
Sciences de la Vie (EE7BSVFM)
Supports de TD :
Master 2
Master 2 Microbiologie
Supports de cours
Tutoriels de TP
Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes
Atelier système
Atelier Chipseq
Atelier Galaxy
UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:
Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de récupérer et de lire les supplementary data qui sont aussi importants pour la compréhension de l'article. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
- Atelier Etude du métabolisme 2 étudiant(e)s
- Article 1 :
- An_Atlas_of_Human_Metabolism_2020.pdf
- Supplementary information à récupérer sur https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7331181/
- Article 1 :
- Atelier Structure de la chromatine 4 étudiant(e)s
- Article 1 :
- Article 2 :
- Atelier Phylogénomique 4 étudiant(e)s
- Article 1
- Article 2:
- KIN_method_to_infer_relatedness_from_low-coverage_ancient_DNA
- Supplementary information à récupérer sur https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-023-02847-7#Sec37
Calendrier des présentations d'articles
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent) | ||||
---|---|---|---|---|
lundi 16 octobre 9h30-10h30 : | articles Atelier Etude du Métabolisme | article 1 : Jean et Etienne | ||
lundi 16 octobre 10h30-12h45: | article Atelier Structure de la chromatine | article 1 : 10h30-11h30 : Julie et Catherine | article 2 : 11h45-12h45 : Claire et Moussa | |
lundi 16 octobre 14h30-16h30 : | articles Atelier Phylogénomique | article 2 : 14h30-15h30 : Margaux et Han | article 2 : 15h30-16h30 : Pricilla et Youssef | |
Commentaires éventuels : 16h30-17h |
Gestion des données non structurées et applications post-génomiques (GDNS-AP)
Se référer à l'espace moodle
Atelier Phylogénomique
Intervenants : Claire Hoede et Yves Quentin
Biologie des Systèmes - G. Czaplicki
Fichiers avec les codes :
Biologie des Systèmes - G. Fichant
Support de cours:
- Introduction to system biology
- Petit rappel enzymologie
- Complément rappel enzymologie
- Introduction to Petri net models
- Introduction to stochastic simulation
- Introduction parameter estimation
- Introduction to Piece-wise linear differential equation models
- System dynamic analyses
- Bref introduction au standard SBML
TP :
- Copasi user guide
- mnémo pour prise en main de Copasi plus simulation avec R
- Lien vers le site de Snoopy : https://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy
- TP1 : modeling of the psp response when cell envelop is damaged
- TP2 : modeling of the repressilator:
- TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:
- TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :
Master 2 - Biologie des Plantes et Microorganismes Associés (BPMA)
Biologie Computationnelle
Année 2023-2024
Examen : partie 'E. Maza'
Reponses a adresser par mail à
elie.maza@toulouse.inp.fr
elodie.gaulin@univ-tlse3.fr
Examen : partie E. Gaulin / C. Mathe -
Sujet Bioanalyse, sur papier en salle
Retrouvez les supports de cours et les TPs sur le lien suivant
mamba
Documentation : https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation.html
Download
curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"
Run
sh Mambaforge-Linux-x86_64.sh
Do you accept the license terms? [yes|no] [no] >>> yes Mambaforge will now be installed into this location: /home/guest/mambaforge - Press ENTER to confirm the location - Press CTRL-C to abort the installation - Or specify a different location below [/home/guest/mambaforge] >>> Do you wish the installer to initialize Mambaforge by running conda init? [yes|no] [no] >>> yes
Ouvrir un nouveau terminal/shell
Channels
conda config --add channels bioconda
Plus d'info sur https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.workstation.setup#environnements-avec-mamba-ou-conda