silico.biotoul.fr
 

Enseignements

From silico.biotoul.fr

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m (→Fouille de données (EM7BBSCM))
m (→Licence)
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= Licence =
= Licence =
-
== Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM) ==
+
== Licence 3 Biologie - Bioanalyse - BCP et 2B2M (code) ==
-
 
+
-
'''Emploi du temps 2015-16'''
+
-
{| class="wikitable"
+
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!colspan="4"|EDT L2 AADB
+
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|-
+
-
|                    || CM lundi 10-12h en U2-120    || TP lundi 8h30-12h30 en 4TP4-P4as
+
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|-
+
-
| semaine 3 - 18.01    || U2-120 RB Bioinfo générale  ||
+
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|-
+
-
| semaine 4 - 25.01    || U2-120 RB Bioinfo générale  ||
+
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|-
+
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| semaine 5 - 01.02    || U2-120 FD Imagerie          ||
+
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|-
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| semaine 6 - 08.02    || U2-120 FD Imagerie          ||
+
-
|-
+
-
| semaine 7 - 15.02    ||                      || 4TP4-P4as FD ImageJ
+
-
|-
+
-
| semaine 8 - 22.02    || U2-120 RB Système d'information...SQL  ||
+
-
|-
+
-
| semaine 10 - 07.03  || U2-120 RB SQL...Programmtion        ||
+
-
|-
+
-
| semaine 11 - 14.03  ||                              || 4TP4-P4as RB Base résistance
+
-
|-
+
-
| semaine 12 - 21.03  || U2-120 RB Programmation              ||
+
-
|-
+
-
| semaine 14 - 04.04  ||                              || 4TP4-P4as RB Base résistance
+
-
|-
+
-
| semaine 15 - 11.04  ||                              || 4TP4-P4as RB Base résistance
+
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|}
+
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-
 
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<!--
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'''Calendrier 2014-15:'''
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-
Cours Magistral (CM) de 10h à 12h au bâtiment MRV (Maison de la Recherche et de la Valorisation) en salle BR210  et Travaux Pratiques (TP) de 8h à 12h en 4TP4-P1 le lundi matin
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-
* CM1 19/01
+
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* CM2 26/01
+
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* CM3 02/02
+
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* CM4 09/02
+
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* CM5 16/02
+
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* TP1 23/02
+
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* CM6 02/03
+
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* TP2 09/03
+
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* CM7 16/03
+
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* TP3 23/03
+
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* TP4 20/04
+
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-->
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-
 
+
-
'''Supports de cours 2014-15 :'''
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* [[Media:L2 AADB Intro.pdf|Introduction]] (R. Barriot)
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-
* [[silico:enseignement/L2-Biologie/L2_AADB_imagerie.pdf|Imagerie]] (F. Delavoie)
+
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<!--
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-
* à venir : support de cours Image numérique
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* [[Media:L2 Elements image numerique_Elo.pdf|Elements sur les images numériques et ImageJ]]
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-
* [[Media:L2 Applications et méthodologies d'acquisition d'images.pdf|Applications et méthodologies d'acquisition d'images]]
+
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-->
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'''Travaux pratiques 2013-14 :'''
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-
* TP : Initiation à Image J : [[Media:L2_AADB_TP_ImageJ.pdf|Support de TP]] et [[silico:enseignement/L2-Biologie/L2_AADB_TP_ImageJ.zip|Archive contenant les images]]
+
-
* TP : Systèmes d'information [[L2 AADB TP BD Resistance|Organisation des données et génération de rapports]]
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<!--
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* [[L2 AADB Requetes SQL|Quelques requêtes en SQL]]
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-->
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'''Annales :'''
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* [[Media:L2 AADB CT 2011-12.pdf|CT 2011-12]]
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<!--Images pour le TP1 Image J 2011-12 :
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-
*[[Media:A4dapi1.TIFF|A4dapi]] / [[Media:Lines.tif|Lignes]] / [[Media:Arabette.jpg|Arabette]] / [[Media:Arabette_traitement.tif|Arabette Traitement]]/ [[Media:Medicago_champignon.tif|Medicago Champignon]]
+
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-->
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== Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM) ==
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'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Introduction_bioinfo_2015.pdf|Introduction]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Introduction_bioinfo_2015.pdf|Introduction]]
Line 116: Line 42:
* TD5 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_evolutive|Analyse évolutive]]
* TD5 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_evolutive|Analyse évolutive]]
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== Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique ==
 
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'''Emploi du temps 2015-16'''
 
-
{| class="wikitable"
 
-
!colspan="4"|EDT L3 Info Biologie
 
-
|-
 
-
|              || mercredi 10-12h    || jeudi 18-20h
 
-
|-
 
-
| semaine 3 - 18.01    ||              || <s>21/01</s>
 
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|-
 
-
| semaine 4 - 25.01    || 27/01 Cam Salle à déterminer        ||
 
-
|-
 
-
| semaine 5 - 01.02    || 03/02 Cam Salle à déterminer        || <s>04/02</s>
 
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|-
 
-
| semaine 6 - 08.02    || <s>10/02 Barriot U2-209</s>        || <s>11/02 Barriot U2-209</s>
 
-
|-
 
-
| semaine 7 - 15.02    || 17/02 Barriot U2-209        || <s>18/02 Barriot U2-209</s> pour cause de réunion sur les masters
 
-
|-
 
-
| semaine 9 - 29.02    || 02/03 Barriot U2-209        || 03/03 Barriot U2-209
 
-
|-
 
-
| semaine 10 - 07.03  || 09/03 Barriot U2-209        || 10/03 Fichant U2-209
 
-
|-
 
-
| semaine 11 - 14.03  || 16/03 Fichant U2-209        || 17/03 Fichant U2-209
 
-
|-
 
-
| semaine 12 - 21.03  ||              || 24/03 Barriot U2-209
 
-
|}
 
-
 
-
 
-
<!--
 
-
'''Emploi du temps 2014-15'''
 
-
{| class="wikitable"
 
-
!colspan="4"|EDT L3 Info Biologie
 
-
|-
 
-
|              || mercredi 10-12h    || jeudi 13h30-15h30 || jeudi 18-20h
 
-
|-
 
-
| semaine 5 26.01    || Cam                ||                  ||
 
-
|-
 
-
| semaine 6 02.02    || <s>Cam  - 4TP2 P15</s> ||                  || Barriot - 4TP2 M6
 
-
|-
 
-
| semaine 7 09.02    || Barriot - 4TP2 M6  ||                  || Cam - 4TP2 M6
 
-
|-
 
-
| semaine 9 23.02    || Barriot - 4TP2 M6  ||                  || Barriot - 4TP2 M6
 
-
|-
 
-
| semaine 10 02.03  || Barriot - U2 209  ||                  || Barriot - 4TP2 M6
 
-
|-
 
-
| semaine 11 09.03  || Fichant - 4TP2 M6  ||          <s>4TP2 M7</s>  ||
 
-
|-
 
-
| semaine 12 16.03  || Fichant - U2 112  || Fichant - U2 117  ||
 
-
|-
 
-
| semaine 13 23.03  ||                    ||<s> Fichant - 4TP2 M7</s> ||
 
-
|}
 
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-->
 
-
 
-
'''Supports de cours:'''
 
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/UE_ouverture_Biologie_finale_2015_2016_KC.pdf|Introduction à la biologie]]
 
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/Introduction_bioinfo_L3info.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
 
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
 
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/Introduction_bio_annotation.pdf|Introduction biologique pour l'annotation des génomes]]
 
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/annotation2_v2_new.pdf|Annotation des gènes codant pour des protéines]]
 
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/cours-align_genome.pdf|Alignement de génomes]]
 
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/Toulouse_L3_bioinformatics_Read_Quality.pdf|La qualité des séquences issues du séquençage haut débit]]
 
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/L3_info_12_mars_2012.pdf|Alignement de séquences issues du séquençage haut débit]]
 
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/Toulouse_L3_bioinformatics_RNASeq.pdf|Alignement des données RNA-Seq]]
 
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/Toulouse_L3_bioinformatics_SNP_Calling.pdf|Recherche de polymorphisme]]
 
-
<!--* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Info/projet/projet.html Descriptif du projet '''à rendre pour le 10 avril 2013 au plus tard''']-->
 
-
 
-
'''Supports de TD:'''
 
-
* [[InfoBio_TD_Sequences_et_banques_de_donnees|Séquences et banques de données]]
 
-
* [[InfoBio_TD_bioperl|Introduction à BioPerl]]
 
-
* [[InfoBio_TD_transcriptome|Analyse de transcriptome]]
 
-
* [[InfoBio_TD_Programmation_dynamique|Alignement de séquences]]
 
-
* [[InfoBio_TD_Matrices_PAM|Construction de matrices de substitution PAM]]
 
-
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Info/TD_annotation/tutorial_annotation.html TDx2 : annotation d'un fragment bactérien]
 
-
**[[Media:Correction_TD_annotation.pdf| Correction du TD annotation d'un fragment bactérien (prédiction des régions codant pour des protéines par approches statistiques, recherche des RBS)]]
 
-
<!-- * [http://bioinfo.genotoul.fr/index.php?id=160 Exercices sur les données à haut débits] -->
 
-
 
-
<!--* TD7 : [[InfoBio_TD_Ecoli_Outbreak|Analyse d'une souche pathogène émergente d'''Escherichia coli'']]-->
 
-
 
-
 
-
'''Projets 2016 à rendre le 18 avril à Roland Barriot pour le projet transcriptome et à Gwennaele Fichant pour le projet annotation:'''
 
-
* Les projets sont à réaliser individuellement (donc pas en groupe). 2 sujets vous sont proposés pour le transcriptome et un sujet pour l'annotation. Choisissez un sujet et inscrivez vous sur la page [https://framadate.org/tbPKlaSFEqpS2iUO Répartition des projets]. '''Attention:''' répartition moitié-moitié entre transcriptome et annotation sur la base : premier arrivé, premier servi.
 
-
* [[Projets 2016 - L3-Info transcriptome]]
 
-
*Projet 2016 annotation:
 
-
Annoter le fragment génomique ci-joint en utilisant les différentes approches vues en cours (ORFfinder, GeneMark, GeneMark.hmm, recherche de RBS). La prédiction des fonction putative des ORF codant potentiellement pour des protéines sera également réalisé à l'aide du logiciel BlastP. Pour la prédiction fonctionnelle, deux étapes au préalable.
 
-
Extraire de votre grande séquence, la sous-séquence correspondant à chaque gène que vous aurez prédit ((1ere position du codon initiateur, dernière du codon stop). Traduire cette sous-séquence en protéine. Ces deux étapes peuvent être réalisées en utilisant la suite logiciel EMBOSS sur la plateforme bioinformatique de Toulouse (http://emboss.toulouse.inra.fr).
 
-
le programme extractseq permet d'extraire une sous-séquence d'une séquence et le programme transeq de traduire cette sous-séquence en protéine ((frame to translate garder le frame 1, code to use garder standard). La séquence protéique pourra ensuite être utilisée dans une recherche avec BlastP comme réalisé en TP. Pour avoir une prédiction de la fonction de la protéine, lire quelques fiches correspondant aux hits blast obtenus.
 
-
Rendre un rapport justifiant votre démarche et votre raisonnement, et présentant les résultats obtenus à chaque étape ainsi qu'une synthèse finale.
 
-
<br>
 
-
[[Media:seq2-7490.txt|fragment génomique à annoter]]
 
-
 
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= Master =
= Master =

Revision as of 08:03, 23 August 2016

Contents

Licence

Licence 3 Biologie - Bioanalyse - BCP et 2B2M (code)

Supports de cours :


Correction du sujet de contrôle continu 2016 :


Annales :


Supports de TD :

sequences RNaseJ

Master

Master 1 - MABS

Evolution Moléculaire (EM7BMAAM)


Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM)

  • Memento de Régine André-Obrecht
  • TD Calcul matriciel
  • TD Modélisation
  • TD ACP
  • TD Probabilités


Projet 2015-16:


Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod

Traitement de données biologiques (EM7BMACM)

Support de cours:

Support de TD:

Liens

Fouille de données (EM7BBSCM)

Planning 2015-2016
date lieu
Jeudi 15 oct 10h-12h Einstein CM1 Intro
Jeudi 22 oct 10h-12h Einstein CM2 Classification 1
Jeudi 12 nov 10h-12h 1TP1-B08 CM3 Classification 2 (attention, changement de salle)
Jeudi 19 nov 10h-12h Einstein CM4 Clustering 1
Mercredi 25 nov 13h30-17h30 4TP4-P1 TP1 Classification (Knime, R ; Naive Bayes, Decision Tree, k-nn, X-validation)
Jeudi 26 nov 10h-12h Einstein CM5 Clustering 2
Mercredi 2 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP2 Classification (R, python ; LDA, k-nn)
Jeudi 3 déc 10h-12h Einstein CM6 Règles d'associations
Mercredi 9 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP3 Classification (python ; Naive Bayes)
Mercredi 16 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP4 clustering
Jeudi 17 déc 10h-12h Einstein CM7 Règles d'associations

Support de cours:

Sujets de TD

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet


Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.

Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse

  • Supports de cours

http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29

  • Controle Continu Décembre 2015

Controle Continu 2015_2016

  • Exemples d'examen terminal

2014_2015: Janvier 2015, Controle Terminal, session 1

Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP Visualisation et parcours en profondeur
  • TP Parcours en largeur et plus court chemin
  • TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
  • TP Recherche de communautés dans les graphes

Projets 2015-16

Liens:

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105

Technologies Web (EM8BBSAM)

supports cours
supports TP
Projet

Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM)

  • Cours et TP
  • Projets à remettre pour le 17 mai
  • Support de cours sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
    • Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
    • Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles. (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., PLoS Biol Lien PubMed
    • minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, BMC Bioinformatics Lien
    • Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review. (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., BioSystems Lien PubMed
    • Computational methods for discovering gene networks from expression data (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, Brief Bioinform Lien
  • TD Reconstruction de réseaux de régulation
  • TD Reconstruction de réseaux de régulation (version 2015)


Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Supports de Cours :

Master 1 - BioSanté

Génomique humaine et animale (EM8BMCAM)

Support de cours :

Supports de TD :


Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Intégration de données hétérogènes


Master 2R - BioSciences Végétales (http://www.m2rbsv.ups-tlse.fr)

Bioanalyse, Protéomique

TDs

Examen 2015 Documents, partie E. Gaulin

Documents, partie C. Mathé

Documents, partie C. Albenne


Master 2 Pro - Diagnostique

Autres

INSA



F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2 

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur : 

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)

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