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Enseignements

From silico.biotoul.fr

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-
= Licence =
+
<!-- = Contrôles terminaux en distanciel 2020 =
-
== Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM) ==
+
'''Bioinformatique pour la génomique M1 Bioinfo CT session 2 2 juillet 10h-12h30''' : [[Media:CT_session2_BG_M1Bioinfo_juillet_2020.docx|sujet CT Biooinformatique pour la Génomique]] -->
-
'''Calendrier 2014-15:'''
+
= Licence 2 et 3 Biologie  =
 +
=== Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BBE ===
-
Cours Magistral (CM) de 10h à 12h au bâtiment MRV (Maison de la Recherche et de la Valorisation) en salle BR210  et Travaux Pratiques (TP) de 8h à 12h en 4TP4-P1 le lundi matin
+
* Espace Moodle : [https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417 KSVB4AJU - Bioinformatique]
-
* CM1 19/01
 
-
* CM2 26/01
 
-
* CM3 02/02
 
-
* CM4 09/02
 
-
* CM5 16/02
 
-
* TP1 23/02
 
-
* CM6 02/03
 
-
* TP2 09/03
 
-
* CM7 16/03
 
-
* TP3 23/03
 
-
* TP4 20/04
 
 +
===='''Emploi du temps'''====
 +
 +
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
 +
 +
<html>
 +
<iframe src="https://calendar.google.com/calendar/embed?showTitle=0&amp;showCalendars=0&amp;mode=AGENDA&amp;height=400&amp;wkst=2&amp;hl=fr&amp;bgcolor=%23FFFFFF&amp;src=lic.bioinfo%40gmail.com&amp;color=%232952A3&amp;ctz=Europe%2FParis" style="border-width:0" width="550" height="400" frameborder="0" scrolling="no"></iframe>
 +
</html>
 +
 +
 +
<!-- <big><big>'''Les groupes de TD et TP sont disponibles sur moodle : [https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417 https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417]'''</big></big> -->
-
'''Supports de cours 2014-15 :'''
 
-
* [[Media:L2 AADB Intro.pdf|Introduction]]
 
<!--
<!--
-
* à venir : support de cours Image numérique
+
 
-
* [[Media:L2 Elements image numerique_Elo.pdf|Elements sur les images numériques et ImageJ]]
+
{| class="wikitable"
-
* [[Media:L2 Applications et méthodologies d'acquisition d'images.pdf|Applications et méthodologies d'acquisition d'images]]
+
!colspan="4"|EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
 +
|-
 +
|                      || CM                                                  || TD        ||  TP
 +
|-
 +
| semaine 02 - 09/01  || 13h30-15h30 en U6-404 avec R. Barriot - Bioinfo générale
 +
||
 +
||
 +
|-
 +
| semaine 03 - 16/01  || 13h30-15h30 en U6-404 avec F. Delavoie - Imagerie         
 +
||           
 +
|| 15h45-17h45 en 4TP2-M6 avec F. Delavoie
 +
|-
 +
| semaine 04 - 23/01  || 13h30-15h30 en U6-404 avec R. Barriot - Bases de Données           
 +
|| 15h45-17h45 en U6-404 avec R. Barriot
 +
||
 +
|-
 +
| semaine 05 - 30/01  ||                                                   
 +
||         
 +
|| 15h45-17h45 en 4TP2-M6 avec R. Barriot
 +
|-
 +
| semaine 06 - 06/02  || 13h30-15h30 en U6-404 avec M. Bonhomme                                                   
 +
|| 15h45-17h45 en U6-404 avec R. Barriot
 +
|-
 +
| semaine 07 - 13/02  ||                                                   
 +
||         
 +
|| 13h30-15h30 en 4TP2-M6 avec M. Bonhomme
 +
|-
 +
| semaine 08 - 20/02  ||
 +
||         
 +
||
 +
|-
 +
| semaine 09 - 27/02  ||
 +
||         
 +
|| 
 +
|- 
 +
| semaine 10 - 06/03  ||  '''13h30-15h30 Contrôle Partiel'''
 +
||
 +
||
 +
|-
 +
| semaine 11 - 13/03  || 13h30-15h30 en U6-404 avec R. Barriot
 +
||
 +
||
 +
|-
 +
| semaine 12 - 20/03  ||
 +
|| 
 +
|| 13h30-15h30 en 4TP2-M6 avec R. Barriot
 +
|-
 +
| semaine 13 - 27/03  || 13h30-15h30 en U6-404 avec G. Fichant - Modélisation et Biologie des systèmes       
 +
|| 
 +
||
 +
|-
 +
| semaine 14 - 03/04  ||   
 +
|| 13h30-15h30 en U2-214 avec G. Fichant 
 +
|| 15h45-17h45 en U2-214 avec G. Fichant
 +
|-
 +
| semaine 15 - 10/04  ||   
 +
||
 +
||
 +
|-
 +
| semaine 16 - 17/04  ||    '''13h30-15h30 Contrôle Terminal anticipé'''
 +
||
 +
||
 +
|}
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
<!--
 +
|-
 +
| semaine 20 - 15.05  ||                                            ||          || '''<span style='color: #F00'>12h-13h Consultation des copies en 4TP4-P15</span>'''
 +
 
 +
'''Groupes de TD'''
 +
 
 +
{| style="border-collapse: separate; border-spacing: 0; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: #aabbcc; padding: 3px; width: 100%; background-color: #bbccdd; text-align: center;"
 +
!colspan="3"|Groupes de TD
 +
|- style="background-color: #ddeeff;"
 +
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 1
 +
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 2
 +
|- style="background-color: #ddeeff;"
 +
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |
 +
 
 +
L2 BCP<br/>
 +
et<br/>
 +
L2 2B2M (Nom de famille commençant par : A jusqu'à G inclus)
 +
 
 +
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |  
 +
 
 +
L2/L3 BOPE<br/>
 +
et
 +
<br/>
 +
L2 2B2M (Nom de famille commençant par : K à Z)
 +
 
 +
|}
-->
-->
-
'''Travaux pratiques 2013-14 :'''
+
 
-
* TP : Initiation à Image J : [[Media:L2_AADB_TP_ImageJ.pdf|Support de TP]] et [[silico:enseignement/L2-Biologie/L2_AADB_TP_ImageJ.zip|Archive contenant les images]]
+
 
-
* TP : Systèmes d'information [[L2 AADB TP BD Resistance|Organisation des données et génération de rapports]]
+
===='''Supports de cours'''====
 +
<!-- * CM1 [https://docs.google.com/presentation/d/1xisiy8Ks8C77lM1_VM6veAm7CEkA12FgZ0jqMg7MpLQ/edit?usp=sharing Introduction à la bioinformatique] -->
 +
<!-- * CM [[Media:LBioinfo.traitement.d.images.pdf|Traitement d'images]] -->
 +
<!-- * CM3 Introduction aux bases de données [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|PDF]] - [https://docs.google.com/presentation/d/16vyae4RwmjQEqX4EJkLAxCA8X2hIiLPF11FtEAL_QrE/edit?usp=sharing slides] -->
 +
* CM [[Media:L2_UE_Bioinfo_Genetics_2021.pdf|Utilisation de l'information génétique en biologie]]
 +
<!-- * CM5 [[Media:LBioinfo.bioseq.pdf|Introduction à la bioinformatique des séquences]] -->
 +
* CM [[Media:Intro_BioSyst_L2_2023.pdf|Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes]]
 +
 
 +
===='''Sujets de TD/TP'''====
 +
<!-- * [[L2-L3 Bioinfo - TP Traitement d'images|TP1]] Traitement d'images -->
 +
<!--* [[L2-L3 Bioinfo - TD Bases de donnees|TD1]] Bases de données + [https://docs.google.com/presentation/d/1h1EkcLglP7LJOoBCs0qvvRUi7g5FM_ijwxxoeAW8h-4/edit?usp=sharing diapos]
 +
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Bases de donnees|TP2]] Bases de données -->
 +
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Analyses statistiques des données (phénotypes,génotypes)|TP3]] Analyses statistiques des données (phénotypes, génotypes)
 +
<!-- * [[L2-L3 Bioinfo - TP Banques de données et analyse de séquences|TP4]] Banques de données et analyse de séquences -->
 +
* [[Media:L2-L3 Bioinfo - TD Transcriptomique.pdf|TD2]] Transcriptomique. Sujet avec davantage de détails → [[silico:enseignement/LBioinfo-TD-Transcriptome.html|Sujet détaillé]] et sa [[silico:enseignement/LBioinfo-TD-Transcriptome.correction.html|correction]]
 +
* [[Media:TP_modelisation_regulation_fls2.pdf|TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
 +
<!--** [[Media:snoopy.7z|archive installation de snoopy]] -->
 +
 
 +
** [[Media:fls2_regulation_simplifie.spn|réseau de Petri stochastique pour la régulation de fls2]]
 +
** [[Media:TP_regulation_fls2_2023.pdf|correction du TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
 +
 
 +
=L3 BCP Bioanalyse (KSVA6ABU) =
 +
 
 +
==='''2022_2023 Planning des Enseignements'''===
 +
Toutes les informations relatives à l'UE de Bioanalyse sont également disponibles dans l'espace dédié sur Moodle
 +
 
 +
*Les CMs de Bioanalyse, au nombre de six, débuteront semaine 2 (9_13 Janvier 2023) sur des créneaux horaires particuliers, avec les deux premiers CMs en semaine 2. A savoir  :
 +
 
 +
        CM1 : Lundi 13H30 (CMB) Denjoy U1 et Mardi 15h45 (CMA), Denjoy U1 
 +
 
 +
        CM2 : Vendredi 10h05 (CMB) Le Chatelier 2A et Mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
 +
 
 +
Les CMs suivants (CM3-CM6) auront lieu entre les semaines 3 et 6
 +
 
 +
        CM3-CM6 : vendredi 10h05 (CMB), Le Chatelier 2A et mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
 +
 
 +
* Les TPs, au nombre de cinq, se déroulent en salle informatique. Les quatre premiers TPs sont de 3h30 et le cinquième de 2h, donc attention aux horaires !
 +
 
 +
Veuillez respecter votre créneau de TP, compte tenu du nombre d'ordis par salle infos, merci
 +
 
 +
* Fichier du Planning 2022_2023 (salles et séries)
 +
[[Media:2223_Planning_Bioanalyse_ETU2.pdf|Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2022_2023 (mise a jour Janv 2023)]]
 +
 
 +
*Le CC aura surement lieu, le Jeudi de la semaine 8 à compter de 18h, dans un lieu restant à définir. Réservez vous le créneau horaire !
 +
 
 +
 
<!--
<!--
-
* [[L2 AADB Requetes SQL|Quelques requêtes en SQL]]
+
'''ATTENTION''' à compter du mercredi 2 Février 2022, les TPs initialement prévus en U3 207  sont délocalisés dans une autre salle, consultez le nouveau planning ci dessous (crenaux en jaune)
 +
 
 +
*[[Media:2201_Planning Bioanalyse V2_moodle_1Fevrier22.pdf|Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2021_2022 (Février 2022)]]
 +
 
 +
 
 +
*[[Media:2201_Planning Bioanalyse V2_moodle.pdf|Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2021_2022 (Février 2022)]]
 +
*[[Media:2122_Bioanalyse_planningL3BCPv2.pdf|Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2021_2022]]
 +
 
 +
 
 +
 
 +
* [[Media:2021-Planning_Bionalyse_L3 BCP_AVEC_salles_TP3.pdf|2021 Planning Bioanalyse L3 BCP (semaine rouge/bleue), mise a jour du Lundi 18 Janvier 21]]
 +
* [[Media:2021_GroupesTPs.pdf|2021 Séries de TP Bioanalyse (rouge/bleue) L3 BCP]]
 +
* [[Media:2021_Liens Zoom CMs Bioanalyse.pdf|2021 Liens Zoom pour CMs en distanciel de l'UE]]
 +
* [[Media:2021_Presentation de l'UE_OK_TP3.pdf|2021 Présentation de l'UE, mise à jour du Lundi 28 Janvier 21]]
 +
 
 +
 
 +
* [[Media:1920_Bioanalyse_planning.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2019_2020]]
 +
* [[Media:presentation_UE_bioanalyse_2020.pdf|Présentation de l'UE]]
 +
* [[Media:1819_Planning TPS CMs.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2018_2019]]
 +
* [[Media:presentation_UE_bioanalyse_2019.pdf|Présentation de l'UE]]
 +
 
 +
<!--===='''Vidéos des Cours'''====
 +
* CM1 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Introduction_Bioinfo.mp4 Introduction à la bioinformatique]
 +
* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2020_modified.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
 +
* CM2 : [[Media:banque_2020.pdf|Introduction aux banques de données]]
 +
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
 +
* CM4 : [[Media:Alignement_seq_prot_2015.pdf|Alignement de deux séquences protéiques : les matrices de substitution]]
 +
* CM5 : [[Media:Blast_2020.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données]]
 +
* CM6 : [[Media:AlignementMultiple_2017.pdf|Alignement multiple]]
 +
* CM6 : [[Media:motif_profil_2017.pdf|Motif et domaine fonctionnels]]
 +
 
 +
 
 +
-- ===='''Videos des Cours'''====
 +
* CM1 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Introduction_Bioinfo.mp4 Introduction à la bioinformatique]
 +
* CM2 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/bases_donnees.mp4 Introduction aux banques de données]
 +
* CM2 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/erratum_bases_donnees.mp4 petit erratum Introduction aux banques de données]
 +
* CM3 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Comparaison_deux_sequences_partie1.mp4 Comparaison de deux séquences-partie_1]
 +
* CM4 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/comparaison_deux_sequences_partie2.mp4 Comparaison de deux séquences-partie_2]
 +
* CM5 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/recherche_similarite_avec_Blast.mp4 Recherche par similarité dans les bases de données]
 +
* CM5 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Alignement_multiple.mp4 Alignement multiple]
 +
* CM6 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Motifs_domaines_fonctionnels.mp4 Motifs et domaines fonctionnels]  
-->
-->
 +
<!--
 +
===='''Supports de Cours'''====
 +
* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2022.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
 +
* CM2 : [[Media:banque_2022.pdf|Introduction aux banques de données]]
 +
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc_2022.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
 +
* CM4 : [[Media:Alignement_seq_prot_2022.pdf|Alignement de deux séquences protéiques]]
 +
* CM5 : [[Media:Blast_2022.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données]]
 +
* CM5 : [[Media:AlignementMultiple_2021.pdf|Alignement multiple]]
 +
* CM6 : [[Media:motif_profil_2021.pdf|Motifs et domaines fonctionnels]]
 +
-->
 +
<!--
 +
===='''TPs, année 2020_2021'''====
-
'''Annales :'''
 
-
* [[Media:L2 AADB CT 2011-12.pdf|CT 2011-12]]
 
-
<!--Images pour le TP1 Image J 2011-12 :  
+
* TP1 : [[TP1_Bioanalyse|Interrogation des banques de données et Analyses de Séquences]]
-
*[[Media:A4dapi1.TIFF|A4dapi]] / [[Media:Lines.tif|Lignes]] / [[Media:Arabette.jpg|Arabette]] / [[Media:Arabette_traitement.tif|Arabette Traitement]]/ [[Media:Medicago_champignon.tif|Medicago Champignon]]
+
* TP2 : [[TD2_Bioanalyse|Alignement par paires]]
 +
* TP3 : [[TD3_Bioanalyse21|Blast, Alignement multiple et Signatures]]
 +
 
-->
-->
-
----
+
===='''TPs en salle'''====
-
== Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM) ==
+
* TP1 : [[TD1_Bioanalyse|Interrogation des banques de données]]
 +
<!--
 +
*  [[Media:TP1_L3.pdf|Correction TP1]]
 +
-->
 +
* TP2 : [[TD2_Bioanalyse|Alignement par paires]]
 +
* TP3 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire|Analyse de séquences et biologie Moléculaire]]
 +
* TP4 : [[TD4_Bioanalyse|BLAST, alignement multiple, signature protéique]]
 +
* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
 +
 
 +
<!--
 +
===='''Annales & Corrigés'''====
 +
 
 +
* CT 2019 : [[Media:2019_CT_L3Bioanalyse_Corrigé_ETU.pdf|Questions + corrections]]
 +
* CC 2019 : [[Media:2019_CC_L3Bioanalyse_Corrigé_ETU.pdf|Questions + corrections]]
 +
* CC 2017 : [[Media:sujet_CC_Bioanalyse_L3BCP_2017_correction.pdf|Questions + corrections]]
 +
* CC 2014 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM_2014.pdf|Questions + corrections]]
 +
* CC 2014 : [[Media:correction_alignement_CC_2013.pdf|correction de la construction de la matrice de programmation dynamique]]
 +
* CC 2013 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM.pdf|Questions + corrections]]
 +
-->
 +
 
 +
<!--
 +
= L3 2B2M Bioanalyse =
 +
 
 +
===='''TPs'''====
 +
 
 +
* TP1 : [[TD1_Bioanalyse|Interrogation des banques de données]]
 +
* TP2 : [[TD2_Bioanalyse|Alignement par paires]]
 +
* TP3 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire|Analyse de séquences et biologie Moléculaire]]
 +
* TP4 : [[TD4_Bioanalyse|BLAST, alignement multiple, signature protéique]]
 +
* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
 +
-->
 +
 
 +
= Licence Pro GeBAP =
 +
=== Schéma de sélection et productions de semences ===
 +
* [[L3 GeBAP - TP Analyse de QTL|TP]] Analyse de QTL
 +
 
 +
= L3 Biodiversité & Biologie Environementale (BEE)  =
 +
=== Ingénierie du Végétal (KSVC5AEU) ===
 +
 
 +
Initiation à l'analyse de séquences biologiques
 +
* TP1 : [[TD1_Genome Selection Plantes|Interrogation des banques de données et alignement par paires]]
 +
* TP2 : [[TD2_Genome Selection Plantes|Alignement multiples et signatures protéiques]]
 +
 
 +
<!--
 +
* [[CC_BioAnalyseVeg|Controle Continu]]
 +
 
 +
 
 +
TP pour une seance unique de 4h
 +
 
 +
* TP : [[TP Initiation Bioanalyse |Initiation Bioanalyse]]
 +
 
 +
 
 +
==== Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse (EMBIA1IM) ====
 +
* Supports de cours
 +
http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29
 +
* TD1 : [[Interrogation des banques de données]]
 +
* TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
 +
* TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
 +
 
 +
== Licence 3 ==
 +
 
 +
 
 +
* TD1 : [[Interrogation des banques de données]]
 +
* TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
 +
* TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
 +
-->
 +
<!--
 +
=== Biologie - 2B2M (ELSVB5FM) et BCP (ELSVA6CM) : Bioanalyse ===
'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Introduction_bioinfo_2015.pdf|Introduction]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Introduction_bioinfo_2015.pdf|Introduction]]
Line 50: Line 307:
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Alignement_seq_prot_2015.pdf|Alignement de deux séquences protéiques]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Alignement_seq_prot_2015.pdf|Alignement de deux séquences protéiques]]
-
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Blast_2015.pdf|Recherche par similarité dans les banques de données : la suite Blast]]
+
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Blast_2016.pdf|Recherche par similarité dans les banques de données : la suite Blast]]
-
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/AlignementMultiple_2012.pdf|Alignement multiple]]
+
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/AlignementMultiple_2013_RB.pdf|Alignement multiple]]
-
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/motif_profil__2012.pdf|Motifs et profils]]
+
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/motif_profil__2014.pdf|Motifs et profils]]
-
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Phylogenie.pdf|Phylogénie]]
+
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Phylogenie_L3_2015.pdf|Introduction évolution moléculaire]]
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* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Presentation_Master_Bioinfo.pdf|Présentation du Master Bioinformatique et Biologie des Systèmes]]
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<!-- * [[silico:enseignement/L3-Biologie/Presentation_Master_Bioinfo.pdf|Présentation du Master Bioinformatique et Biologie des Systèmes]]  
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-->
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<!--
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'''Correction du sujet de contrôle continu 2016 :'''
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM_2016.pdf|Correction du contrôle continu mars 2016]]
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-->
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<!-- * [[silico:enseignement/L3-Biologie/correction-matrice_programmation_dynamique_CC_2015.pdf|Correction matrice de programmation dynamique du contrôle continu mars 2015]]
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Corrige_sujet_CT_L3Biologie_EL6BIOFM.pdf|Correction du contrôle terminal mai 2015]]
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-->
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<!--
'''Annales :'''
'''Annales :'''
-
 
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/sujet_CC_2012_pdf.pdf|exemple de sujet de contrôle continu 2012]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/sujet_CC_2012_pdf.pdf|exemple de sujet de contrôle continu 2012]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/correction_sujet_CC_2012.pdf|correction du sujet de contrôle continu du 6 mars 2012]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/correction_sujet_CC_2012.pdf|correction du sujet de contrôle continu du 6 mars 2012]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Exam_3L5BC5M_jan_2009.pdf|exemple de sujet de contrôle terminal]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Exam_3L5BC5M_jan_2009.pdf|exemple de sujet de contrôle terminal]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Correction_exam_janvier_2009.pdf|correction du sujet de contrôle terminal de janvier 2009]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Correction_exam_janvier_2009.pdf|correction du sujet de contrôle terminal de janvier 2009]]
-
 
+
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Annales_probleme.pdf|un autre exemple de problème de contrôle terminal]]
'''Supports de TD :'''
'''Supports de TD :'''
Line 70: Line 334:
* TD2 : [[Bioanalyse_TD_Comparaison_de_deux_sequences|Comparaison de deux séquences]]
* TD2 : [[Bioanalyse_TD_Comparaison_de_deux_sequences|Comparaison de deux séquences]]
* TD3 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire|Analyse de séquences et Biologie Moléculaire]]
* TD3 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire|Analyse de séquences et Biologie Moléculaire]]
-
* TD4 : [[silico:enseignement/L3-Biologie/TD4/TD4_beta_CASP_2013_2.html|Analyse évolutive de la RNase J]]
+
* TD4 : [[silico:enseignement/L3-Biologie/TD4/TD4_beta_CASP_2014.html|Analyse évolutive de la RNase J]]
-
 
+
[http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/TD4/demo_set.fas sequences RNaseJ]
-
<!--* * TD4 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_d_une_famille_de_proteines|Analyse d'une famille de protéines]]
+
-->
 +
<!--
 +
* * TD4 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_d_une_famille_de_proteines|Analyse d'une famille de protéines]]
* TD5 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_evolutive|Analyse évolutive]]
* TD5 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_evolutive|Analyse évolutive]]
-->
-->
 +
= Master =
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=== Master 1 - Biotechnologies ===
 +
==== Evolution Moléculaire (KBTD8AGU)====
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'''Supports de cours :'''
 +
* [[Media:Cours_EM_Intro_Definitions_2023_BT.pdf|Evolution moléculaire : introduction et définitions]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2023_BT.pdf|Modèles évolutifs]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Methodes_2023.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2021.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
-
----
 
-
== Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique ==
+
'''Support TP : '''
 +
* [[silico:enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/TP1/index_2023_M1_BT.html|tutorial TP]]
 +
* [[Media:Introduction_competence_2020.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
 +
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
-
'''Emploi du temps 2014-15'''
+
<!--
-
{| class="wikitable"
+
* [[Media:SpneA01-NJ_ComE_Muscle_Poisson.ph|arbre COME modèle Poisson méthode NJ]]
-
!colspan="4"|EDT L3 Info Biologie
+
* [[Media:SpneA01-NJ_ComE_Muscle_Kimura.ph|arbre COME modèle Kimura (PAM approché) méthode NJ]]
-
|-
+
* [[Media:manual_ModelTest.pdf|manuel de ModelTest]]
-
|              || mercredi 10-12h    || jeudi 13h30-15h30 || jeudi 18-20h
+
* [[Media:Correction_TP1_TP2_2023_M1_BT.pdf|'''Correction des TP1 et TP2]]'''
-
|-
+
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]-->
-
| semaine 5 26.01    || Cam                ||                  ||  
+
<!--** [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/M1_EvolMol_Rstudio.tar.gz|Fichier Rstudio pour les TP1 et TP2]]
-
|-
+
** [[Media:SpneA01-NJ_tuto_muscle_Poisson.tree.ph | arbre COME NJ modèle Poisson]]
-
| semaine 6 02.02    || <s>Cam  - 4TP2 P15</s> ||                  || Barriot - 4TP2 M6
+
** [[Media:SpneA01-NJ_tuto_muscle_Kimura.tree.ph | arbre COME NJ modèle Kimura]]
-
|-
+
** [[Media:SpneA01-PhyML_LG_tree.ph | arbre COME PhyML modèle LG]]
-
| semaine 7 09.02    || Barriot - 4TP2 M6  ||                  || Cam - 4TP2 M6
+
** [[Media:SpneA01-PhyML_LG_empirical_tree.ph | arbre COME PhyML modèle LG fréquence des bases empiriques]]
-
|-
+
** [[Media:SpneA01.COMD_CleanUp_tuto_muscle.fst | alignement multiple COMD]]
-
| semaine 9 23.02    || Barriot - 4TP2 M6  ||                  || Barriot - 4TP2 M6
+
** [[Media:SpneA01-PhyML_ComD_LG_tree.ph | arbre COMD PhyML modèle LG]]
-
|-
+
** [[Media:SpneA01-PhyML_ComD_LG_empirical_tree.ph | arbre ComD PhyML modèle LG fréquence des bases empiriques]]-->
-
| semaine 10 02.03  || Barriot - U2 209  ||                  || Barriot - 4TP2 M6
+
-
|-
+
-
| semaine 11 09.03  || Fichant - 4TP2 M6  ||          4TP2 M7  ||  
+
-
|-
+
-
| semaine 12 16.03  || Fichant - U2 112  || Fichant - U2 117  ||  
+
-
|-
+
-
| semaine 13 23.03  ||                    || Fichant - 4TP2 M7 ||
+
-
|}
+
 +
'''Support TD : '''
 +
* [[Media:TD1_Evolution_Moleculaire.pdf|TD1 ]]
 +
* [[Media:TD2_EMBAIE_M1_Bioinfo_M1_Biotech.pdf|TD2 exemple de Contrôle continu ]]
 +
<!--
 +
*'''[[Media:Correction_TD2_Evolution_Moleculaire_2021.pdf|Correction du TD2 ]]'''
 +
'''Exemple CC corrigé : '''
 +
* [[Media:sujet_CC_complet.pdf|CC de 2011 ]]
 +
* [[Media:correction_CC_oct-2011.pdf|correction du CC de 2011 ]]-->
-
'''Supports de cours:'''
+
== Master 1 ==
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/Introduction_Biologie_KC.pdf|Introduction à la biologie]]
+
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/Introduction_bioinfo_L3info.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
+
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
+
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/Introduction_annotation.pdf|Introduction méthodes de prédiction en annotation des génomes]]
+
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/annotation2_v2_new.pdf|Annotation des gènes codant pour des protéines]]
+
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/Toulouse_L3_bioinformatics_Read_Quality.pdf|La qualité des séquences issues du séquençage haut débit]]
+
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/L3_info_12_mars_2012.pdf|Alignement de séquences issues du séquençage haut débit]]
+
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/Toulouse_L3_bioinformatics_RNASeq.pdf|Alignement des données RNA-Seq]]
+
-
* [[silico:enseignement/L3-Info/Toulouse_L3_bioinformatics_SNP_Calling.pdf|Recherche de polymorphisme]]
+
-
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Info/projet/projet.html Descriptif du projet '''à rendre pour le 10 avril 2013 au plus tard''']
+
-
'''Supports de TD:'''
+
=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM ===
-
* [[InfoBio_TD_Sequences_et_banques_de_donnees|Séquences et banques de données]]
+
-
* [[InfoBio_TD_bioperl|Introduction à BioPerl]]
+
-
* [[InfoBio_TD_transcriptome|Analyse de transcriptome]]
+
-
* [[InfoBio_TD_Programmation_dynamique|Alignement de séquences]]
+
-
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Info/TD_annotation/tutorial_annotation.html TDx2 : annotation d'un fragment bactérien]
+
-
<!-- * [http://bioinfo.genotoul.fr/index.php?id=160 Exercices sur les données à haut débits] -->
+
==== Traitement de données biologiques (KBVX7AH1) ====
-
<!--* TD7 : [[InfoBio_TD_Ecoli_Outbreak|Analyse d'une souche pathogène émergente d'''Escherichia coli'']]-->
+
'''Supports de cours :'''
 +
* [[Media:TDB_MasterBV_Bioinfo.pdf|Statistiques - M. Bonhomme]]
 +
* [https://docs.google.com/presentation/d/1e8J6VejE1fXKSOZysmyVTi_om_5Vb5Z3r0W5TqIyRT4/edit?usp=sharing Suite - R. Barriot]
 +
<!--* [[Media:Transcriptome.pdf|Transcriptome - R. Barriot]]-->
 +
'''Supports de TD/TP :'''
 +
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP Intro R|TP1 - Introduction à R]]
 +
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 2 R|TP2 - Régression linéaire, probabilités, intervalles de confiance]]
 +
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 3 R|TP3 - Tests statistiques - 1]]
 +
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 4 R|TP4 - Tests statistiques - 2 (ANOVA)]]
 +
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - Rice Expression Atlas Guided Tour|TP5 - ACP, analyses différentielles, clustering et caractérisation d'une liste de gènes]]
 +
<!-- * [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - Transcriptome - Oryza sativa|TP5 - Analyse de transcriptome]] -->
-
'''Projets 2014 à rendre le 7 avril au plus tard :'''
+
* [[procedure_install_Rstudio|procédure d'installation de R/Rstudio sur votre ordinateur]]
-
* [http://framadate.org/p6xm7fa67zty8z9x Répartition des projets] : Les projets sont à réaliser individuellement (donc pas en groupe). 4 sujets vous sont proposés ; 2 d'annotation et 2 de transcriptome. Choisissez un sujet et inscrivez vous sur la page [http://framadate.org/p6xm7fa67zty8z9x Répartition des projets]. '''Attention:''' pas plus de 5 étudiants sur un même sujet avec comme priorité : premier arrivé, premier servi.
+
<!--
-
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Info/projet/projet_annotation.html Annotation d'un fragment génomique bactérien - choix de deux séquences différentes à analyser]
+
* Les suivants sont en cours de mise à jour
-
* [[Projets 2014 - L3-Info transrciptome]]
+
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TP tests.zip|Tests]]
 +
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TP tests ANOVA.zip|Tests et ANOVA]]
 +
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TP analyses multivariees.zip|Analyses mutivariées]]
 +
* [[M1 MABS TDB TD Transcriptome - Analyse differentielle|TD]] Transcriptome : Gènes différentiellement exprimés avec R/Bioconductor
 +
* [[M1 MABS TDB TD Transcriptome - Clustering|TD]] Transcriptome : clustering de profils d'expression
 +
-->
 +
<!--
-
----
 
-
= Master =
 
-
== Master 1 - MABS ==
+
<big>'''Contrôle continu'''</big>
 +
* Contrôle continu 2019-20 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2019/|Sujet et fichiers à utiliser]]
-
* [[Linux tips]]
 
-
=== Evolution Moléculaire (EM7BMAAM) ===
+
<big>'''Contrôle continu'''</big>
-
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/|Ressources pédagogiques]]
+
* Contrôle continu 2018-19 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2018/|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
<big>'''Contrôle continu'''</big>
 +
* Contrôle continu 2017-18 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2017/|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
-->
 +
 +
<!--
 +
'''Contrôle continu'''
 +
* Contrôle continu 2016 : [[silico:enseignement/m1/tdb/cc2016.html|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
-->
 +
 +
* Archives
 +
** Contrôle continu de 2011 avec son corrigé [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - CC 2011 et correction.zip|CC 2011 et correction.zip]]
 +
 +
'''Liens'''
 +
* Documentation
 +
** [[Media:R_refcard.pdf|Aide mémoire des commandes R]]
 +
** [[Media:Rmarkdown-cheatsheet-2.0.pdf|Aide mémoire pour RMarkdown]] disponible depuis http://rmarkdown.rstudio.com et http://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
 +
** [[Media:Rmarkdown-reference.pdf|RMarkdown un peu plus détaillé]] disponible aussi sur la page citée à la ligne précédente
 +
** http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
 +
* Sites dédiés
 +
** Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html
 +
** RStudio : https://www.rstudio.com ainsi que la version utilisable depuis un navigateur https://rstudio.cloud (nécessite un compte, qui peut être gratuit mais avec des capacités limitées)
 +
** https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
 +
** https://rdrr.io/snippets/ Utilisation de R depuis un navigateur
 +
<!-- deprecated
 +
** http://tryr.codeschool.com/levels/1/challenges/1 Apprendre en ligne aussi
 +
** http://www.r-fiddle.org Utilisation de R depuis un navigateur
 +
-->
 +
 +
==== Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM) ====
 +
'''Support de cours:'''
 +
* [[Media:GEQ_presentation_2022.pdf|présentation de GEQ - M. Bonhomme]]
 +
* [[Media:GEQ_intro_2022.pdf|introduction à GEQ - M. Bonhomme]]
 +
* [[Media:GEQ_2022b.pdf|GE - Génétique des populations - M. Bonhomme]]
 +
* [[Media: CM_Genetique_Quantitative_2020bis.pdf|GQ - Génétique-Quantitative - M. Bonhomme]]
 +
* [[Media:Carto_Génétique_2022.pdf|GQ - Cartographie génétique - M. Bonhomme]]
 +
 +
'''Supports de TD/TP :'''
 +
* [[Media: TD1_GEQ_pgen.pdf|TD1 génétique des populations]]
 +
* [[Media: TP1_population_genetics_2020.zip|TP1 génétique des populations]]
 +
* [[Media: TD-Génétique_Quantitative_2019.pdf|TD2 génétique quantitative]]
 +
* [[Media: TP2_heritability_2020.zip|TP2 génétique quantitative]]
 +
* [[Media: TD3_carto_génétique_2019.pdf|TD3 cartographie génétique]]
 +
 +
==== Génomique Evolutive et Phylogénie ====
 +
 +
'''Supports de TD/TP :'''
 +
* [[M1 Genomique Evolutive et Phylogenie - TP 2 Evolution proteine d'oomycete|TP: Evolution proteine d'oomycete]]
 +
<!--
 +
*[[Media:TP2_Evolution_proteine_oomycete.pdf|TP Evolution proteine d'oomycete]]
 +
**''Données pour le TP'':
 +
[[Media:fungal_sequences.txt|Fungal_sequences]]
 +
[[Media:ATPsynthase_ sequences.txt|ATPsynthase_sequences]]
 +
[[Media:Richard_HGT_oomycetes_PNAS_2011.pdf|Publication de reference]]
 +
[[Media:Richard_HGT_oomycetes_PNAS_2011_SI.pdf|Publication de reference, supplementary data]]
 +
-->
 +
 +
*[[Media:TP4_adaptation_moleculaire.pdf|TP Adaptation Moleculaire]]
 +
**''Données pour le TP'':
 +
[[Media:Medicago_SNPs_sequences.txt|Medicago SNPs sequences]]
 +
[[Media:Drosophila_Adh.phy|Drosophile sequences]]
 +
[[Media:Primates_lysozymes.fasta|Primates lysozymes sequences]]
 +
 +
=== Master 1 - Bioinformatique parcours Biologie des Systèmes + Bioinformatique et Génomique Environnementale ===
 +
==== Evolution Moléculaire (KBIA8ABU - KBIB8ABU) ====
 +
<!--'''Emploi du temps :'''
 +
* [[Media:EDT_2021_UE_Evolution_Moleculaire_M1BI_M1BT.pdf|Emploi du temps UE Evolution moléculaire]]-->
 +
'''Supports de cours :'''
 +
* [[Media:cours_EM_intro_2022.pdf|Introduction à l'évolution moléculaire]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Definitions_2022.pdf|Evolution moléculaire : définitions]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2023.pdf|Modèles évolutifs]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Methodes_2023.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2021.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
 +
* [[Media:cours_EM_adapt_mol_2022.pdf|Adaptation moléculaire]]
 +
 +
 +
'''Support TP : '''
 +
* [[silico:enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/TP1/index_BBS_BGE_2023.html|tutorial TP1 et TP2]]
 +
* [[Media:manual_ModelTest.pdf|manuel de ModelTest]]
 +
* [[Media:Introduction_competence_2020.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
 +
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
 +
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire_2021.zip|tutorial TP3]]
 +
<!-- * [[Media:TP3_adaptation_moleculaire_2019_2020.zip|tutorial TP3_2019_2020]]
 +
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire_correction.pdf|Correction du TP3 ]]-->
 +
 +
<!-- * [[Media:Correction_TP1_TP2_2022_new.pdf| '''correction des TP1 et TP2''']]
 +
* [[Media:Correction_TP1_TP2_2022_new.pdf|'''Correction des TP1 et TP2]]'''
 +
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_2021.pdf|'''Correction du questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]'''-->
 +
 +
<!--** [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/M1_EvolMol_Rstudio.tar.gz|Fichier Rstudio pour les TP1 et TP2]]
 +
** [[Media:SpneA01-NJ_tuto_muscle_Poisson.tree.ph | arbre COME NJ modèle Poisson]]
 +
** [[Media:SpneA01-NJ_tuto_muscle_Kimura.tree.ph | arbre COME NJ modèle Kimura]]
 +
** [[Media:SpneA01-PhyML_LG_tree.ph | arbre COME PhyML modèle LG]]
 +
** [[Media:SpneA01-PhyML_LG_empirical_tree.ph | arbre COME PhyML modèle LG fréquence des bases empiriques]]
 +
** [[Media:SpneA01.COMD_CleanUp_tuto_muscle.fst | alignement multiple COMD]]
 +
** [[Media:SpneA01-PhyML_ComD_LG_tree.ph | arbre COMD PhyML modèle LG]]
 +
** [[Media:SpneA01-PhyML_ComD_LG_empirical_tree.ph | arbre ComD PhyML modèle LG fréquence des bases empiriques]]-->
 +
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'''Support TD : '''
 +
* [[Media:TD1_Evolution_Moleculaire.pdf|TD1 ]]
 +
* [[Media:TD2_EMBAIE_M1_Bioinfo_M1_Biotech.pdf|TD2 exemple de Contrôle continu ]]
 +
<!-- *'''[[Media:Correction_TD2_Evolution_Moleculaire_2021.pdf|Correction du TD2 ]]'''-->
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* [[Media:TD3_Evolution Moléculaire_2021.pdf|TD3 Adaptation moléculaire ]]
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* [[Media:TD3_Evolution_Moléculaire_correction.pdf|Correction du TD3 ]]
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<!--'''Exemple CC corrigé : '''
 +
* [[Media:sujet_CC_complet.pdf|CC de 2011 ]]
 +
* [[Media:correction_CC_oct-2011.pdf|correction du CC de 2011 ]]-->
 +
 +
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/|Ressources pédagogiques]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/|TD 1]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/|TD 1]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD3/index.html|TD 3]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD3/index.html|TD 3]]
Line 153: Line 537:
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/transcriptome.pdf Cours transcriptome]
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/transcriptome.pdf Cours transcriptome]
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/TD_transcriptome.html TD n°2 : Introduction à R et analyse de transcriptome] copie de [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/MeV_4_4_1_r1836_win.zip MeV (windows)] Multiple experiment viewer du TIGR.
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/TD_transcriptome.html TD n°2 : Introduction à R et analyse de transcriptome] copie de [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/MeV_4_4_1_r1836_win.zip MeV (windows)] Multiple experiment viewer du TIGR.
 +
-->
 +
<!-- '''Videos des Cours'''
 +
* CM1 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Introduction_phylogenie_moleculaire.mp4 Introduction phylogénie moléculaire - définitions- notions de base]
 +
* CM2 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Model_evolution_ac_nucl.mp4 Modèles d'évolution séquences d'acides nucléiques]
 +
* CM3 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Model_evolution_prot.mp4 Modèles d'évolution séquences protéiques]
 +
* CM4 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Methode_part1.mp4 Méthode de distance et méthode de maximum de parcimonie]
 +
* CM5 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Methods_part2_robustesse.mp4 Méthode de maximum de vraisemblance et robustesse des arbres] -->
 +
 +
=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes ===
 +
 +
* Diaporama réunion de rentrée [[Media:M1BBS.Accueil.Inscriptions.Pedagogiques.pdf]]
 +
 +
* [[Linux tips]]
 +
 +
 +
==== Bioinformatique pour la Génomique (KBIX7AB1) ====
 +
'''Supports de cours :'''
 +
 +
<!-- * [[Media:Cours_Introduction_Jean_Phillipe_Galaud.pdf|Introduction génomique  (Jean-Philippe Galaud)]]-->
 +
* [[Media:Introduction_bio_annotation_2023.pdf|Introduction biologique  (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:Annotation1.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:annotation2_2023.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:motif_profil_2017.pdf|Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:HMM_2023.pdf|Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:cours-align_genome.pdf|Introduction aux alignements de génomes bactériens (Gwennaele Fichant)]]
 +
 +
'''Tutoriels de TP :'''
 +
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2023.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
 +
*[[Media:Correction_TP_annotation.pdf|Correction du TP annotation]]
 +
<!-- *[[Media:correction_TP_annotation.pdf | '''Correction du TP d'annotation du fragment génomique bactérien''']]-->
 +
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/summary_SignalP.pdf|Petite explication de SignalP]] -->
 +
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/TD_HMM_2023_silico.html| design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis]]
 +
**archives compressées de SHOW à télécharger
 +
***[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/SHOW_FEDORA_ETUDIANT.tar.gz|SHOW pour fedora]]
 +
***[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/SHOW_DEBIAN_ETUDIANT.tar.gz|SHOW pour debian]]
 +
**[[Media:template_sigma_model.txt| Template pour réaliser le modèle dans la syntxte de SHOW]]
 +
<!--**archive des séquences à télécharger
 +
***[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/seq.tar.gz|séquences compressée]] -->
 +
<!-- *to download: [[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/show_saba.tar.gz| show_saba.tar.gz]] -->
 +
<!--*[[Media:Complement_TD_HMM.pdf|Complément d'information pour réaliser le TD de design du HMM ]]-->
 +
 +
 +
'''Projet annotation''' d'un fragment génomique à remettre au plus tard '''le vendredi 22 décembre'''
 +
* '''Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Projet_annotation_2023_24.docx|description du projet]]
 +
* '''Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Description_parsers_2023-24.docx|description des parsers]]
 +
* '''Annoter une des deux séquences fournies''' : [[Media:seq1-5404.txt|séquence 1]] ou [[Media:seq2-7490.txt|séquence 2]]
 +
** [[Media:memo_Perl.docx|Petit guide de programmation en Perl]]
 +
** [[Media:regles-pseudocodes.pdf|règles d’écriture en pseudo-code les plus usuelles]]
 +
 +
<!--* '''Aide pour la réalisation du projet annotation'''
 +
**Le logiciel artemis peut être téléchargé à partir de ce site http://sanger-pathogens.github.io/Artemis/Artemis/
 +
** Une petite introduction à artemis : [[Media:Artemis.docx|petite intro Artemis]]-->
 +
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/memo_Perl.html|Petit guide de programmation en Perl]]
 +
 +
*'''Rapport de TP''' sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le '''lundi 11 octobre 2021'''. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf. Merci aussi de joindre au mail, '''uniquement si vous avez fait tourner tourner vous-même les programmes show_emfit et show_viterbi''', le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités et celui après estimation des probabilités.-->
 +
 +
 +
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/|Cours et TP]]
 +
* [[M1MABS BGPG Projets|Projets à remettre pour le '''17 mai''']]
 +
* [[Media:GRNs.pdf|Support de cours]] sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
 +
** Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
 +
** '''Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles.''' (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., ''PLoS Biol'' [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17214507 Lien PubMed]
 +
** '''minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information''' (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, ''BMC Bioinformatics'' [http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/461 Lien]
 +
** '''Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review.''' (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., ''BioSystems'' [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19150482 Lien PubMed]
 +
** '''Computational methods for discovering gene networks from expression data''' (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, ''Brief Bioinform'' [http://bib.oxfordjournals.org/content/10/4/408.short Lien]
 +
* [[M1 MABS BBS BGPG TD GRNs|TD]] Reconstruction de réseaux de régulation
 +
* [[M1 MABS BBS BGPG TD GRNs - 2015|TD]] Reconstruction de réseaux de régulation (version 2015)
-->
-->
-
=== Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM) ===
 
-
* [[Media:M1 MABS BBS Math Memento.pdf|Memento]] de Régine André-Obrecht
 
-
* [[M1 MABS BBS Math TD Calcul Matriciel|TD]] Calcul matriciel
 
-
* [[M1 MABS BBS Math TD Modelisation|TD]] Modélisation
 
-
* [[M1 MABS BBS Math ACP|Documents]] relatifs aux ACP
 
-
* [[M1 MABS BBS Math TD Proba|TD]] Probabilités
 
-
<!-- * [[M1 MABS CC Math 2012-12]] -->
 
<!--
<!--
-
* M1 MABS CC Math 2013-14 [ [[silico:enseignement/m1-mabs/math/Controle_continu_Math_2013.odt|ODT]] ] - [ [[silico:enseignement/m1-mabs/math/Controle_continu_Math_2013.doc|DOC]] ]
+
* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/projet|Projets à remettre pour le '''17 mai''']]
-->
-->
-
=== Traitement de données biologiques (EM7BMACM) ===
+
==== Mathématique pour la Biologie (KBIA7AI) ====
-
'''Support de cours:'''
+
-
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TDB1.pdf|Support 1]]
+
-
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TDB2.pdf|Support 2]]
+
-
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TDB3.pdf|Support 3]]
+
-
* [[Media:Transcriptome.pdf|Transcriptome]]
+
-
'''Support de TD:'''
+
'''Sujets de TP :'''
-
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TP Intro R.zip|Introduction à R]]
+
 
-
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TP tests.zip|Tests]]
+
* [[silico:enseignement/m1/math/pam/PAM.html|TP]] Matrices PAM <!-- [[M1 MABS BBS Math TD Calcul Matriciel|TD]] Calcul matriciel -->
-
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TP tests ANOVA.zip|Tests et ANOVA]]
+
* [[silico:enseignement/m1/math/ACP.html|TP]] ACP <!--[[M1 BBS Math TD ACP|TD]] ACP -->
-
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TP analyses multivariees.zip|Analyses mutivariées]]
+
* [[silico:enseignement/m1/math/ODE.html|TP]] Modélisation <!--  [[M1 MABS BBS Math TD Modelisation|TD]] Modélisation -->
-
* [[M1 MABS TDB TD Transcriptome - Analyse differentielle|TD]] Transcriptome : Gènes différentiellement exprimés avec R/Bioconductor
+
 
-
* [[M1 MABS TDB TD Transcriptome - Clustering|TD]] Transcriptome : clustering de profils d'expression
+
<!-- * [[M1 MABS BBS Math TD Proba|TD]] Probabilités -->
 +
 
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<!--
 +
<big>'''CCTP'''</big>
 +
* Exam CCTP 2021-22 : [[silico:enseignement/m1/math/cc/|Sujet et fichiers à utiliser]]
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-->
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 +
'''Liens :'''
 +
* http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
 +
 
 +
'''Références'''
 +
* ''Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre'' – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
 +
 
 +
<!--
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'''Projet 2021-22 :'''
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* [[silico:enseignement/m1/math/projet/M1BBS_Math_Sujet_Projet_2021-22.html|Sujet du projet 2021-22]]
 +
<!-- * Choix d'un graphe pour le projet (ne pas prendre un graphe déjà choisi par quelqu'un d'autre) : https://framadate.org/M1BBS-Projet-Math -->
 +
<!--
 +
* Les projets sont à rendre '''avant''' les fêtes de fin d'année
 +
* Graphe à analyser
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g1.gr|graphe 1]] Sébastien
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g2.gr|graphe 2]] Kory
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g3.gr|graphe 3]] Nassim
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g4.gr|graphe 4]] Gatépé
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g5.gr|graphe 5]] Martin
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g6.gr|graphe 6]] Abdourahmane
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g7.gr|graphe 7]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g8.gr|graphe 8]] Catherine
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g9.gr|graphe 9]] Moussa
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g10.gr|graphe 10]] Océane
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g11.gr|graphe 11]] Magdalena
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g12.gr|graphe 12]] Yoann
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g13.gr|graphe 13]] Naomi
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g14.gr|graphe 14]] Coraline
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g15.gr|graphe 15]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g16.gr|graphe 16]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g17.gr|graphe 17]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g18.gr|graphe 18]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g19.gr|graphe 19]] Tiphaine
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g20.gr|graphe 20]] Annabelle
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g21.gr|graphe 21]] Sandra
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g22.gr|graphe 22]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g23.gr|graphe 23]] Ilan
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g24.gr|graphe 24]]
 +
 
 +
<!-- ARCHIVES
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'''Projet 2018-19:'''
 +
* [[silico:enseignement/m1/math/projet/M1BBS_Math_Sujet_Projet_2018-19.html|Sujet du projet 2018-19]]
 +
* constitution des groupes (2 personnes par groupe) pour le projet : https://framadate.org/M1BBS-Groupes-Projet-Math
 +
* Les projets sont à rendre '''avant''' les fêtes de fin d'année
 +
* Graphe à analyser pour chaque groupe
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g1.gr|Groupe 1]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g2.gr|Groupe 2]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g3.gr|Groupe 3]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g4.gr|Groupe 4]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g5.gr|Groupe 5]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g6.gr|Groupe 6]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g7.gr|Groupe 7]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g8.gr|Groupe 8]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g9.gr|Groupe 9]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g10.gr|Groupe 10]]
 +
 
 +
 
 +
 
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 1]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 2]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC3.gr|Groupe 3]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_3_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 4]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 5]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 6]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_5_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 7]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/|Groupe 8]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/|Groupe 9]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/|Groupe 10]]
 +
 
 +
 
 +
'''Projet 2017-18:'''
 +
* [[silico:enseignement/m1/math/projet/M1BBS_Math_Sujet_Projet_2017-18.html|Sujet du projet 2017-18]]
 +
* constitution des groupes (2 ou 3 personnes par groupe) pour le projet : https://framadate.org/RlOS3KoUKgmRHM5s
 +
* Les projets sont à rendre '''avant''' le 4 Décembre
 +
* Graphe à analyser pour chaque groupe
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 1]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 2]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC3.gr|Groupe 3]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_3_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 4]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 5]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 6]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_5_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Marie G.]]
 +
 
 +
 
 +
<big>'''Exam TP'''</big>
 +
* Exam TP 2017-18 : [[silico:enseignement/m1/math/cc/|Sujet et fichiers à utiliser]]
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 +
<!--* [[Media:M1 MABS BBS Math Memento.pdf|Memento]] de Régine André-Obrecht-->
 +
 
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<!--
 +
'''Contrôl continu décembre 2016'''
 +
* Sujet au format [[silico:enseignement/m1/math/cc/2016.Math.CC.html|HTML]] et [[silico:enseignement/m1/math/cc/2016.Math.CC.Rmd|Rmd]] et l'image nécessaire pour la compilation au niveau du dernier exercice [[silico:enseignement/m1/math/cc/CC.nfbl.png|CC.nfbl.png]]
 +
-->
 +
 
 +
 
 +
<!-- * [[M1 MABS CC Math 2012-12]] -->
 +
<!--
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* M1 MABS CC Math 2013-14 [ [[silico:enseignement/m1-mabs/math/Controle_continu_Math_2013.odt|ODT]] ] - [ [[silico:enseignement/m1-mabs/math/Controle_continu_Math_2013.doc|DOC]] ]
'''Projet 2014-15:'''
'''Projet 2014-15:'''
* [[silico:enseignement/m1-mabs/math/projet-2014/M1MABS_Math_Sujet_Projet_2014-15.html|Sujet du projet 2014]]
* [[silico:enseignement/m1-mabs/math/projet-2014/M1MABS_Math_Sujet_Projet_2014-15.html|Sujet du projet 2014]]
-
'''Liens'''
+
-->
-
* Contrôle continu de 2011 avec son corrigé [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - CC 2011 et correction.zip|CC 2011 et correction.zip]]
+
-
* [[Media:R_refcard.pdf|Aide mémoire des commandes R]]
+
-
* http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
+
-
* http://www.datamind.org Apprendre R en ligne
+
-
=== Fouille de données (EM7BBSCM) ===
 
 +
<!--
 +
==== Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse (EMBIA1IM) ====
 +
* Supports de cours
 +
http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29
-
{| class="wikitable"  
+
* TD1 : [[Interrogation des banques de données]]
-
!colspan="2"| Planning 2014-2015
+
* TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
 +
* TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
 +
 
 +
* Contrôle Continu Décembre 2015
 +
[[Controle Continu 2015_2016]]
 +
 
 +
*[[Media:1314_CC_M1Harmonisation_Inter_F.pdf|Controle Continu Decembre 2013_French Version]]
 +
*[[Media:1314_CC_M1Harmonisation_Inter_A.pdf|Controle Continu Decembre 2013_English Version]]
 +
 
 +
*[[Media:1213_CC_BioanalyseM1.pdf|Controle Continu Decembre 2013]]
 +
*Exam terminal-Janvier 2012: [[Examen terminal]]
 +
*Exam intermédiaire-Décembre 2011 : [[Examen intermédiaire]]
 +
 
 +
 
 +
* Exemples d'examen terminal
 +
2014-2015: Janvier 2015, [[Media:1415_CT_examen.pdf|Controle Terminal, session 1]]
 +
-->
 +
 
 +
==== Traitement de graphes et réseaux biologiques (KBIA7AD) ====
 +
 
 +
 
 +
Espace moodle (inscription obligatoire) : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7647
 +
 
 +
'''Supports de cours'''
 +
* [https://docs.google.com/presentation/d/1OnYCzrQwiCH_EyNXsW3rRgaE7dwwEqqZelVk3-p1tIk/edit?usp=sharing Support de cours, R. Barriot]
 +
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2021.pdf‎‎|Support de cours (communautés)]]
 +
<!--
 +
* [[Media:Traitement_de_graphes_et_reseaux_biologiques.pdf|Support de cours]]
 +
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2013.pdf|Support de cours (communautés)]]
 +
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2019.pdf‎‎|Support de cours (communautés)]]
 +
-->
 +
'''Supports de TD/TP:'''
 +
<!--* [[Media:M1Bioinfo.Graphes.TD.definitions.pdf|TD1]] Définitions
 +
* [[silico:enseignement/m1/graph/python.graph.library.html|TP1-2-3]] Module python et parcours de graphes
 +
-->
 +
* [[silico:enseignement/m1/graph/graph.TP.RB.html|TP avec Roland Barriot]] Création de modules python (manipulation de graphes + Gene Ontology) et prise en main de ''igraph''
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Recherche de communautés dans les graphes2.0|TP5]] Recherche de communautés dans les graphes
 +
 
 +
 
 +
'''Projets 2023-24'''
 +
 
 +
Sujet disponible sur [https://moodle.univ-tlse3.fr/mod/assign/view.php?id=422131 moodle].
 +
 
 +
Fichiers de départs à compléter disponibles sur [https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.graph.project/-/tree/main gitlab].
 +
 
 +
<!--
 +
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
 +
 
 +
 
 +
'''Supports de TP (archives)'''
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Visualisation|TP1]] Visualisation et exploration de graphes
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Librairies R - igraph|TP4]] Librairies R - Prise en main igraph
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP]] Dessin de graphes et initiation à la librairie igraph
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Librairie - Parcours de graphes|TP1-2-3]] Librairie python et parcours de graphes
 +
-->
 +
 
 +
'''Liens:'''
 +
Logiciels
 +
* [http://cytoscape.org/ Cytoscape] (et [https://js.cytoscape.org/ librairie pour l'analyse et la visualisaiton])
 +
* [http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/ Tulip] librairie C/C++ pour le traitement et la visualisation de graphes
 +
* [https://gephi.org/ Gephi]
 +
 
 +
Librairies
 +
* [http://igraph.org/ igraph] R, python, ...
 +
* [http://networkx.github.io NetworkX] python
 +
* [https://graph-tool.skewed.de graph-tool] python
 +
* [https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/STRINGdb.html Bioconductor/STRINGdb] interface STRINGdb et R igraph
 +
 
 +
Serveurs & Banques
 +
* [http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ Pathway tools]
 +
* [http://www.metacyc.org/ METACYC]
 +
* [http://string-db.org/ STRING]
 +
* [http://deim.urv.cat/~sgomez/radatools.php Radatools]
 +
* [http://regulondb.ccg.unam.mx/ RegulonDb]
 +
* [http://metanetx.org/ MetaNetX]
 +
 
 +
Formats
 +
* Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
 +
 
 +
Autres
 +
* https://kateto.net/network-visualization Visu avec différents environnements et librairies
 +
* Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
 +
* [http://exercism.io exercism.io] : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
 +
* [http://rosalind.info rosalind] : apprentissage python en bioinformatique
 +
 
 +
'''Références'''
 +
* <i>Introduction to Algorithms</i>, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
 +
* <i>Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks</i>, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
 +
* <i>An efficient algorithm for large-scale detection of protein families</i>, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 [[PMID:11917018]]
 +
* <i>Kavosh: a new algorithm for finding network motifs</i>, Kashani <i>et al.</i>, BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
 +
* <i>Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction</i>, Faust <i>et al.</i>, Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
 +
 
 +
<!--
 +
'''Emploi du temps 2015-16'''
 +
Les CM ont lieu en salle S20, les TP en salle 4TP4-P1.
 +
{| class="wikitable"
 +
!colspan="4"|EDT M1 Traitement de graphes et réseaux biologiques
|-
|-
-
| date
+
|                   || CM mardi 15h45-17h45 en S20    || TP mercredi 13h30-17h30 en 4TP4-P1
-
| lieu
+
|-
|-
-
|Jeudi 16 oct 10h-12h
+
| semaine 3 - 18.01    || RB CM1 Intro, notions et définitions ||
-
| U4-A4 CM1 Intro
+
|-
|-
-
|Jeudi 13 nov 10h-12h
+
| semaine 4 - 25.01    || RB CM2 représentation et premiers algo (DFS) ||
-
| U4-100 CM2 Classification 1
+
|-
|-
-
|Jeudi 20 nov 10h-12h
+
| semaine 5 - 01.02    || RB CM3 algos (détection de cycles, tri topologique)        || RB TP1 Cytoscape, DFS Python
-
| U4-100 CM3 Classification 2
+
|-
|-
-
|Mercredi 26 nov 13h30-17h30
+
| semaine 6 - 08.02    || RB CM4 algos (BFS, Dijkstra, Floyd-Warshall)         ||
-
| 4TP4-P1 TP1 Classification (Knime, R ; Naive Bayes, Decision Tree, k-nn, X-validation)
+
|-
|-
-
|Jeudi 27 nov 10h-12h
+
| semaine 7 - 15.02    || RB CM5 algos (MST Kruskall et Prim, Marches aléatoires, TribeMCL, Motif / Kavosh)        || RB TP2 BFS, plus courts chemins
-
| U4-100 CM4 Clustering 1
+
|-
|-
-
|Mercredi 3 déc 13h30-17h30
+
| semaine 8 - 22.01    || RB CM6 Dessin        ||  
-
| 4TP4-P1 TP2 Classification (R, python ; LDA, k-nn)
+
|-
|-
-
|Jeudi 4 déc 10h-12h
+
| semaine 9 - 29.02    ||                      ||  RB TP3 dessin, librairie igraph
-
| U4-100 CM5 Clustering 2
+
|-
|-
-
|Mercredi 10 déc 13h30-17h30
+
| semaine 10 - 07.03  || YQ Partitionnement et détection de communautés        || YQ TP4 détection de communautés
-
| 4TP4-P1 TP3 Classification (python ; Naive Bayes)
+
-
|-
+
-
|Jeudi 11 déc 10h-12h
+
-
| U4-100 CM6 Règles d'associations
+
-
|-
+
-
|Mercredi 17 déc 13h30-17h30
+
-
| 4TP4-P15 TP4 clustering (attention, changement de salle)
+
-
|-
+
-
|Jeudi 18 déc 10h-12h
+
-
| U4-100 CM7 Règles d'associations
+
|}
|}
 +
-->
-
'''Support de cours:'''
+
==== Fouille de données (KBIA8AC) ====
-
* [[Media:Data Mining - Intro.pdf|Introduction et Généralités]]
+
 
-
* [[Media:Data Mining - Classification.pdf|Classification, prédiction et caractérisation]]
+
 
-
* [[Media:Data Mining - Clustering.pdf|Clustering]]
+
Espace '''moodle''' : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7659
-
* [[Media:Data Mining - Regles d Association.pdf|Règles d'association]]
+
-
'''Sujets de TD'''
 
-
* [[M1 MABS BBS Data Mining TD Classification|TD]] Classification et validation croisée
 
<!--
<!--
-
* [[M1 MABS BBS Data Mining Naive Bayes|TD]] Classificateur Bayésien naïf
+
'''Support de cours'''
-
* [[M1 MABS BBS Data Mining TD KNIME|TD]] Classification et validation croisée
+
* [https://docs.google.com/presentation/d/1Puw0_1hjDDZZOo4oNQmYiASrTM04KF6tsz2rO8Mkt1s/edit?usp=sharing Introduction et Généralités]
-
* [[M1 MABS BBS Data Mining k nearest neighbors|TD]] Classificateur k plus proches voisins
+
* [[Media:Data Mining - Classification.pdf|Classification automatique]]
-
* [[M1 MABS BBS Data Mining Clustering|TD]] Clustering
+
** [https://docs.google.com/presentation/d/1QDVfJHE_mk5uxERpnsR2SACl5jDr0KDhAOiBlPMR-K8/edit?usp=sharing Arbres de décision et forêts aléatoires]
-
-->
+
** [https://docs.google.com/presentation/d/1bZsCqU4R2zFkBXaKkIjkyzYaqTXB47_2RpwbYh_wIz8/edit?usp=sharing Performances] [[Media:Fouille.Classification.Performances.pdf|PDF]]
 +
** [https://docs.google.com/presentation/d/1rWR8vodxd8uuIWXAcEM4g4cykdxkcC_iTRJKdzal6bM/edit?usp=sharing Classification bayésienne] [[Media:Fouille.Classification.Bayes.pdf|PDF]]
 +
** [https://docs.google.com/presentation/d/1npElMyrpBGr44T_yjDcgt_NNFsi_65HDHRgprSCiFRU/edit?usp=sharing Analyse discriminante linéaire] [[Media:Fouille.Classification.Analyse.discriminante.lineaire.pdf|PDF]]
 +
** [https://docs.google.com/presentation/d/1BE4d_2FXwh7ueHuojEMcJ8WKwyBQQY1IhQX6S4g2eaA/edit?usp=sharing Réseaux de neurones] [[Media:Fouille.Classification.NeuralNet.pdf|PDF]]
 +
** [https://docs.google.com/presentation/d/1t45aZQeOlpYjLYXiigUfxWeho-XG13tykRbGEv9e-YA/edit?usp=sharing k plus proches voisins] [[Media:Fouille.Classification.k-nn.pdf|PDF]]
 +
** [https://docs.google.com/presentation/d/1bZsCqU4R2zFkBXaKkIjkyzYaqTXB47_2RpwbYh_wIz8/edit?usp=sharing Classification - performances] [[Media:Fouille.Classification.Performances.pdf|PDF]]
 +
* [https://docs.google.com/presentation/d/1amYxHKVz-dZojLjZxY3dCIQUCm3eD-5ak_WBfVySWxM/edit?usp=sharing Normalisation et mesures de distance] [[Media:Fouille.Normalisation.et.mesures.de.distance.pdf|PDF]]
 +
* [https://docs.google.com/presentation/d/1nPPNCGE509EKZmFKRTO55hAWM6KNGAdB_fCLvMqg7EQ/edit?usp=sharing Clustering]
 +
** Rappels, généralités, méthodes : hiérarchique, k-means, k-médoïdes, spectral, affinity propagation, densité, ...
 +
** Mesures d'évaluation et de comparaison
 +
* [https://docs.google.com/presentation/d/1FANYbjIcad0E26reb-mEQ3QWccgqzIwlHZDAQoZ95bs/edit?usp=sharing Règles d'association] <!--[[Media:Data Mining - Regles d Association.pdf|Règles d'association]]
 +
 
 +
 
 +
'''Sujets de TD/TP''' sur gitlab → https://gitlab.com/rbarriot/datamining
 +
 
 +
 
 +
 
 +
'''Projet 2022-23'''
 +
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/DataMining.ABC.Presentation.des.donnees.html|Description des données]] et [https://docs.google.com/presentation/d/158SeOGoGEgRE-wVr7RTnHPzhRFEGiQCOCw5FaZJhSQ0/edit?usp=sharing diapos] de présentation
 +
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/data/|Données]]
 +
* Projet GitLab → https://gitlab.com/rbarriot/datamining.abc
 +
 
-
'''Projet'''
 
-
* [[M1 MABS BBS Data Mining Projet|Enoncé]] du projet
 
-
* A réaliser par groupe de 3. Constitution des groupes à remettre le 4 décembre 2014
 
'''Liens'''
'''Liens'''
-
* [http://chem-eng.utoronto.ca/~datamining/dmc/data_mining_map.htm Data mining map]
+
 
-
* [http://www.lionsolver.com/LIONbook/ The LION book (free download)]
+
* http://www.kdnuggets.com/
* http://www.kdnuggets.com/
** [http://www.kdnuggets.com/2010/12/book-mining-massive-datasets.html Book: Mining of Massive Datasets (free download)]
** [http://www.kdnuggets.com/2010/12/book-mining-massive-datasets.html Book: Mining of Massive Datasets (free download)]
 +
** [http://www.kdnuggets.com/2016/08/10-algorithms-machine-learning-engineers.html The 10 Algorithms Machine Learning Engineers Need to Know]
 +
** [http://www.kdnuggets.com/2016/08/begineers-guide-neural-networks-r.html Réseau de neurones avec R présenté très simplement]
* [http://kdd.ics.uci.edu/ UCI KDD Archive] (datasets)
* [http://kdd.ics.uci.edu/ UCI KDD Archive] (datasets)
* mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
* mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
Line 267: Line 905:
** [http://scikit-learn.org scikit-learn] une autre librairie python
** [http://scikit-learn.org scikit-learn] une autre librairie python
** [http://www.philippe-fournier-viger.com/spmf/ Sequential Pattern Mining Framework] open source Java implementation
** [http://www.philippe-fournier-viger.com/spmf/ Sequential Pattern Mining Framework] open source Java implementation
 +
* news
 +
** 2022/03/07 on kdnuggets.com [https://www.kdnuggets.com/2022/03/build-machine-learning-web-app-5-minutes.html Build a Machine Learning Web App in 5 Minutes]
-
=== Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse ===
+
'''Références'''
-
*TD1 : [[Interrogation des banques de données]]
+
* <i>Data Mining: Concepts and Techniques</i>, J. Han and M. Kamber, 2006.
-
*TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
+
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
-
*TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
+
* Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
 +
-->
 +
=== Master 1 - MEEF ===
 +
 +
==== Sciences de la Vie (EE7BSVFM) ====
 +
 +
'''Supports de TD :'''
 +
* [[Media:1516_Gaulin_TD_PlantesDom.pdf|TD Plantes Domestiquees]]
<!--
<!--
-
*[[Media:1314_CC_M1Harmonisation_Inter_F.pdf|Controle Continu Decembre 2013_French Version]]
 
-
*[[Media:1314_CC_M1Harmonisation_Inter_A.pdf|Controle Continu Decembre 2013_English Version]]
 
 +
* [[Media:15_TD_Dom_CORRECTION.pdf|TD Plantes Domestiquees Correction]]
 +
-->
 +
 +
 +
<!--
 +
* [[Media:1617_PlantesDomes.pdf|CM Plantes Domestiquees]]
-
*[[Media:1213_CC_BioanalyseM1.pdf|Controle Continu Decembre 2013]]
 
-
*Exam terminal-Janvier 2012: [[Examen terminal]]
 
-
*Exam intermédiaire-Deecembre 2011 : [[Examen intermédiaire]]
 
-->
-->
-
=== Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM) ===
+
== Master 2 ==
-
* [[Media:Traitement_de_graphes_et_reseaux_biologiques.pdf|Support de cours]]
+
=== Master 2 Microbiologie ===
-
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2013.pdf|Support de cours (communautés)]]
+
=====Supports de cours =====
 +
* [[Media:annotation2_M2Diag_2022.pdf|Annotation génomes bactériens (Gwennaele Fichant)]]
 +
<!-- * [[Media:Phylogenie_Definitions_2018_M2Diag.pdf|Définitions en phylogénie (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:Introduction_Phylogenie_2021_M2Diag.pdf|Introduction à la reconstruction phylogénétique (Gwennaele Fichant)]] -->
-
'''Support de TD/TP:'''
+
=====Tutoriels de TP=====
-
* [[M1 MABS Graphes TP Visualisation et parcours en profondeur|TP]] Visualisation et parcours en profondeur
+
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2023.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
-
* [[M1 MABS Graphes TP Parcours en largeur - Plus court chemin|TP]] Parcours en largeur et plus court chemin
+
*[[Media:Correction_TP_annotation.pdf|Correction du TP annotation]]
-
* [[M1 MABS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP]] Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
+
-
* [[M1 MABS Graphes TP Recherche de communautés dans les graphes|TP]] Recherche de communautés dans les graphes
+
-
'''Liens:'''
+
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|Analyse évolutive de la cascade de régulation de la compétence chez les Streptocoques]]
-
* [http://cytoscape.org/ Cytoscape]
+
* [[Media:seaview4.zip|seaview à télécharger pour Windows]]
-
* [http://cytoscapeweb.cytoscape.org/ Cytoscape Web]
+
* [[Media:seaview4-64.tar.gz|seaview à télécharger pour Linux]]
-
* [http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/ Tulip]
+
* [[Media:Introduction_competence_2020.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
-
* [https://gephi.org/ Gephi]
+
-
* [http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ Pathway tools]
+
-
* [http://igraph.sourceforge.net/ igraph]
+
-
* [http://deim.urv.cat/~sgomez/radatools.php Radatools]
+
-
* [http://rsat.bigre.ulb.ac.be/rsat/index_neat.html NeAT]
+
-
* [http://www.metacyc.org/ METACYC]
+
-
* [http://string-db.org/ STRING]
+
-
* [http://regulondb.ccg.unam.mx/ RegulonDb]
+
-
* [http://metanetx.org/ MetaNetX]
+
-
=== Technologies Web (EM8BBSAM) ===
+
* [[silico:enseignement/m2pro-diag/Bioinfo/TD_16srRNA/16SRNA_Tutorial_de _BioInformatique.htm|Identification des bactéries à l'aide de l'ARNr 16S]]-->
-
* [[Media:Cours2-javascript.pdf‎|Support du cours 2]]
+
-
* [[Media:Cours3-introPHP.pdf‎|Support du cours 3]]
+
-
=== Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM) ===
+
=== Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes ===
-
* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/|Cours et TP]]
+
-
* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/projet|Projets]]
+
-
* [[Media:GRNs.pdf|Support de cours]] sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
+
-
** Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
+
-
** '''Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles.''' (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., ''PLoS Biol'' [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17214507 Lien PubMed]
+
-
** '''minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information''' (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, ''BMC Bioinformatics'' [http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/461 Lien]
+
-
** '''Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review.''' (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., ''BioSystems'' [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19150482 Lien PubMed]
+
-
** '''Computational methods for discovering gene networks from expression data''' (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, ''Brief Bioinform'' [http://bib.oxfordjournals.org/content/10/4/408.short Lien]
+
-
* [[M1 MABS BBS BGPG TD GRNs|TD]] Reconstruction de réseaux de régulation
+
 +
<!-- * [[silico:enseignement/m2pro-bioinfo/Annotation.html|TD Annotation Artemis]]
 +
* Génome de ''E. coli'' de 2002 [[silico:enseignement/m2pro-bioinfo/EcolA01.embl|EcolA01.embl]]
-
----
+
-->
 +
===== Atelier système =====
 +
<!-- * [[M2BBS - Atelier Système]] -->
 +
* [https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.workstation.setup 2023-24 Atelier Système]
-
== Master 1 - BioSanté ==
+
==== Atelier Chipseq ====
-
=== Génomique humaine et animale (EM8BMCAM) ===
+
* [[silico:enseignement/m2BBS/ChipSeq/TP_CHIPSEQ_2019_M2Bioinfo_FolderEtudiants.tar.gz|données TP]]
-
'''Support de cours :'''
+
-
* [[Media:Transcriptome.pdf|Transcriptome]]
+
-
* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/annotation1.pdf|Annotation des génomes partie 1]]
+
====Atelier Galaxy ====
-
* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/annotation2_v2_new.pdf|Annotation des génomes partie 2]]
+
-
'''Supports de TD :'''
+
* http://genoweb.toulouse.inra.fr/~formation/8_Galaxy_Admin/2019/
-
* [[M1 BioSanté TD Transcriptome|Analyse de données d'expression]]
+
-
* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/TD_annotation/tutorial_annotation.html|TP annotation d'un fragment génomique bactérien]]
+
-
----
+
-
----
+
==== UE Communication ====
-
== Master2 - BioVégétales ==
+
=====liste des publications à présenter en préparation des ateliers:=====
 +
'''Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de récupérer et de lire les supplementary data qui sont aussi importants pour la compréhension de l'article. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
 +
'''
 +
* '''Atelier Etude du métabolisme''' '''2 étudiant(e)s'''
 +
** Article 1 :
 +
*** [[Media: An_Atlas_of_Human_Metabolism_2020.pdf | An_Atlas_of_Human_Metabolism_2020.pdf]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7331181/
-
'''Documents, partie E. Gaulin'''
+
* '''Atelier Structure de la chromatine''' '''4 étudiant(e)s'''
-
* [[M2R|Cartes et Sites de Restriction]]
+
** Article 1 :
 +
*** [[Media:GenomeBiol2008.pdf|Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)]]
 +
*** [[Media:MACS_Sup_data.pdf |Supplementary information]]
 +
** Article 2 :
 +
*** [[Media:Buenrostro_2018.pdf|Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286741830446X?via%3Dihub
-
'''Document, partie C. Mathé'''
+
* '''Atelier Phylogénomique''' '''4 étudiant(e)s'''
-
* [http://194.199.55.8/~mathe/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvergardé]
+
** Article 1
 +
***[[Media:Ali_et_al_2019.pdf|Identifying Clusters of High Confidence Homologies in Multiple Sequence Alignments]]
 +
** Article 2:
 +
***[[Media:KIN_method_to_infer_relatedness_from_low-coverage_ancient_DNA.pdf | KIN_method_to_infer_relatedness_from_low-coverage_ancient_DNA]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-023-02847-7#Sec37
-
== Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes ==
 
-
* [[silico:enseignement/m2pro-bioinfo/Annotation.html|TD Annotation Artemis]]
+
===== Calendrier des présentations d'articles =====
-
* [[Media:Transcriptome.pdf|Cours transcriptome]]
+
-
* [[silico:enseignement/m2pro-bioinfo/Transcriptome/TD_transcriptome.html|TD transcriptome]]
+
-
* [[Media:Data Mining - Clustering.pdf|Cours Clustering]]
+
{| class="wikitable"
-
* [[M2P Bioinfo - Projet Data mining]]
+
!colspan="5"|EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
-
* [[M2P Bioinfo - Projet Transcriptome]]
+
|-
 +
|lundi 16 octobre 9h30-10h30 :
 +
|articles Atelier Etude du Métabolisme
 +
|article 1 : Jean et Etienne
 +
|-
 +
|lundi 16 octobre 10h30-12h45:
 +
|article Atelier Structure de la chromatine
 +
|article 1 : 10h30-11h30 : Julie et Catherine
 +
|article 2 : 11h45-12h45 : Claire et Moussa
 +
|-
 +
|lundi 16 octobre 14h30-16h30 :
 +
|articles Atelier Phylogénomique
 +
|article 2 : 14h30-15h30 : Margaux et Han
 +
|article 2 : 15h30-16h30 : Pricilla et Youssef
 +
|-
 +
|Commentaires éventuels : 16h30-17h
 +
|}
-
* Génome de ''E. coli'' de 2002 [[silico:enseignement/m2pro-bioinfo/EcolA01.embl|EcolA01.embl]]
+
<!--
 +
* '''Atelier Modélisation''' '''2 étudiant(e)s'''
 +
** Article 1 :
 +
*** [[Media:Weyder_et_al_2018.pdf|Dynamic Modeling of Streptococcus pneumoniae Competence Provides Regulatory Mechanistic Insights Into Its Tight Temporal Regulation]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.01637/full#supplementary-material
-
* [[M2BBS - Atelier Système]]
 
-
=== Intégration de données hétérogènes ===
 
-
* [[Image:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes.pdf|Support de cours]] (R. Barriot)
+
* '''Atelier Paléogénomique'''
-
* [[M2BBS - IDH|Mise en oeuvre]]
+
** Article 1 :
-
* [[M2BBS Integration de Donnes Heterogenes - Projets|Projets IDH]]
+
*** [[Media:Fernandes_et_al_2021.pdf|TKGWV2: An ancient DNA relatedness pipeline for ultra-low coverage whole genome shotgun data]]
 +
*'''Atelier Modélisation'''
 +
** Article 2 :
 +
*** [[Media:Li_et_al_2008.pdf|A Quantitative Study of the Division Cycle of Caulobacter crescentus Stalked Cells]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.0040009 -->
-
----
+
==== Gestion des données non structurées et applications post-génomiques  (GDNS-AP) ====
-
== Master 2R - BioSciences Végétales (http://www.m2rbsv.ups-tlse.fr) ==
+
Se référer à l'[https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=8382 espace moodle]
 +
<!--
 +
===== GDNS-AP 1ère partie Karen Pinel-Sauvagnat et Gilles Hubert =====
 +
Supports séance 1 :
-
=== Bioanalyse, Protéomique ===
+
* [[Media:M2BBS_IDH_Introduction.pdf |Cours - Introduction]]
-
'''TDs'''
+
* [[Media:M2BBS_IDH_Document.pdf |Cours - MongoDB]]
-
* [[M2R_BV|Clonage in silico]]
+
-
----
+
* [[Media:M2BBS_IDH_CasEtude.pdf |Cas d'étude (commun MongoDB et Neo4J)]]
-
== Master 2 Pro - Diagnostique ==
+
Supports séance 2 :
-
* [[silico:enseignement/m2pro-diag/TD1_tutorial_2011.html|TD n°1 : Démarche pour identification de régions pour design de sondes]]
+
* [[Media:M2BBS_IDH_Graphe.pdf |Cours - Neo4J]]
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_TD_Neo4J.pdf |TD - Neo4J]]
-
----
+
* [[Media:M2BBS_IDH_Correction_Neo4j.pdf | Correction TD Neo4j]]
-
= Autres =
+
* [[Media:M2BBS_IDH_TP_Neo4J.pdf |TP - Neo4J]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_InstallNeo4J.pdf | Ressource Neo4J - Installation de Neo4J Desktop]]
 +
 
 +
 
 +
Supports séance 3 :
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_TD_MongoDB.pdf |TD - MongoDB]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_TP_MongoDB.pdf |TP - MongoDB]]
 +
 
 +
Supports projet :
 +
 
 +
* [https://filesender.renater.fr/?s=download&token=590f33ae-b2fb-4b14-a907-a938f77f7772  Téléchargement données source]
 +
 
 +
* [[Media: M2BBS IDH ContexteDEtudeYelp.pdf | Description du contexte d'étude : Yelp]]
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* [[Media : M2BBS IDH ProjetNeo4j.pdf | Sujet du projet]] - A rendre par mail avant le 28/10 à Karen.sauvagnat@irit.fr et gilles.hubert@irit.fr
 +
 
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===== GDNS-AP 2ème partie Roland Barriot =====
 +
 
 +
 
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Page dédiée → [[M2BBS GDNS-APG]]
-
== INSA ==
 
-
* TD1 : [[Bioanalyse_TD_Banques_et_Manipulation_de_Sequences|Banque et manipulation de séquences]]
 
-
* TD2 : [[Bioanalyse_TD_Banques_et_Manipulation_de_Sequences#Analyse_de_la_famille_prot.C3.A9ique|Recherche par similarité de séquences, alignements multiples et profils]]
 
<!--
<!--
-
* Exam L3 Janvier 2009 - [[media:L3 BCP-MABS Exam janvier 2009.pdf|PDF]]
+
 
 +
Supports de cours :
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Generalites.pdf|Approches]]
 +
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Enrichissement.pdf|Enrichissement]]
 +
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Priorisation.pdf|Fusion de données et priorisation de gènes candidats]]
 +
 
 +
Sujet de TD/TP :
 +
* [[M2BBS - IDH|Mise en oeuvre]]
 +
 
 +
Description du projet :
 +
* [[M2BBS Integration de Donnes Heterogenes - Projets|Projets IDH]]
-->
-->
 +
<!--
 +
==== Atelier Génétique Satistique - S. Boitard ====
 +
Support de cours et TD:
 +
* [[Media:coal_cours.pdf|Coalescence : principe et bases théoriques]] '''
 +
* [[Media:coal_td.pdf|TD de génétique des populations]] '''
 +
* [[Media:tp_struc.pdf|TP : Diversité génétique d’une population structurée]] '''
 +
* [[Media:Mol_Biol_Evol-1999-Pritchard-1791-8.pdf|article : investigation de l'histoire démographique du chromosome Y par analyse des loci microsatellite]] '''
 +
* [[Media:cours_tp_hapFLK.pdf|cours et TP de détection de locus sous sélection positive]] '''
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+
'''TP :'''
 +
*[[Media:tp_coal.pdf|TP : simulations de données génétiques par coalescence fichier format pdf]] '''
 +
*[[silico:enseignement/m2BBS/Genet_Stat/tp_coal.html|TP : simulations de données génétiques par coalescence fichier format html]]
 +
*[[Media:tp_abc.pdf|TP estimation de paramètres par une approche ABC]] '''
 +
*[[https://github.com/willyrv/BioInfoCours]] autres documents
 +
-->
 +
 
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====Atelier Phylogénomique====
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Intervenants : Claire Hoede et Yves Quentin
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[http://silico.biotoul.fr/p/Atelier_Phylog%C3%A9nomique Atelier de Phylogénomique]
<!--
<!--
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== C2I ==
+
===== Biologie des Systèmes - R. Barriot =====
 +
* [[Media:GRNs.pdf|Réseaux de régulation]] '''
 +
* [[M2 BBS TP GRNs]]
 +
-->
-
= L3 Licence Pluridisciplinaire 2012_2013 =
+
==== Biologie des Systèmes - G. Czaplicki ====
-
''' Support de Cours'''
+
-
*[[media:C2i_LP_2012_2013.pdf|Extraits_Cours_2012_2013]]
+
 +
* [[Media:document_GC.pdf|Support de cours]] '''
-
'''Examen Pratique 2012_2013'''
+
Fichiers avec les codes :
 +
* [[Media:banana.m|banana.m]] '''
 +
* [[Media:ftest.m|ftest.m]] '''
 +
* [[Media:Rate.m|Rate.m]] '''
 +
* [[Media:SMarquardt.m|SMarquardt.m]] '''
 +
* [[Media:compet.dat|compet.dat]] '''
-
* Sujet de l'examen: a la fin de l'examen adresser vos travaux à : gaulin@lrsv.ups-tlse.fr    ET  roland.barriot@biotoul.fr
+
==== Biologie des Systèmes - G. Fichant ====
-
: [[Media:C2iL3_examen2013.pdf|Sujet d'examen pratique C2i 2012_2013]]
+
Support de cours:
 +
* [[Media:Intro_BioSyst_2017.pdf|Introduction to system biology]] '''
 +
* [[Media:Rappel_enzymo_v1.pdf|Petit rappel enzymologie]]'''
 +
* [[Media:SCAN_rappel_enzymo.pdf|Complément rappel enzymologie]]'''
 +
* [[Media:Petri_net_2020.pdf|Introduction to Petri net models]]'''
 +
* [[Media:Modele_stochastique.pdf|Introduction to stochastic simulation]]'''
 +
* [[Media:parameter_estimation_2019.pdf|Introduction parameter estimation]]'''
 +
* [[Media:Intro_PL_2020.pdf|Introduction to Piece-wise linear differential equation models]]'''
 +
* [[Media:Model_analysis.pdf| System dynamic analyses ]]'''
 +
* [[Media:SBML.pdf| Bref introduction au standard SBML ]]'''
-
* Documents pour l'examen Pratique
+
<!--* [[Media:network_motifs.pdf|Two and three nodes network motifs in transcriptional networks]]'''-->
-
: [[Media:exos_tableur13.ods|exos_tableurs.ods]] <br/>
+
-
: [[Media:exos_texte_brut13.odt|exos_texte_brut.odt]] <br/>
+
-
: [[Media:Texte_formate13.pdf|texte_formate.pdf]]
+
-
: [[Media:C2I_Examen_ADNmt_humain.png|ADNmt_humain.png]] <br/>
+
-
: [[Media:C2I_Examen_endosymbiose.jpg|endosymbiose.jpg]] <br/>  
+
 +
<!-- * [[Media:parameter_estimation.pdf| Parameter estimation (M. Weyder)]]''' -->
-
'''Examen Théorique 2012_2013'''
+
'''TP :'''
-
* Sujet de l'examen théorique (QCM60 questions): Sujet de l'examen: a la fin de l'examen adresser vos travaux à : gaulin@lrsv.ups-tlse.fr ET  roland.barriot@biotoul.fr
+
* [[Media:CopasiUserguide-20100803-1.pdf|Copasi user guide]]
-
:[[Media: examen_theorique32_47_QCM.odt|C2i_QCM60 Examen Theorique 2012_2013]]
+
* [[Media:Aide_Copasi.pdf|mnémo pour prise en main de Copasi plus simulation avec R]]
 +
* Lien vers le site de Snoopy : https://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy
-
= Examen C2i L3 2009-2010 =
+
*'''TP1 : modeling of the psp response when cell envelop  is damaged'''
-
* Sujet de l'examen
+
** [[Media:TP_psp_response.pdf|Short description the biological process]]
-
: [[Media:C2I_Examen_L3_Sujet.pdf|C2I_Examen_L3_Sujet.pdf]]
+
** [[Media:Modele_psp_extended_PN_2021.xpn|Modèle corrigé du réseau qualitatif]]
-
* Documents pour l'examen
+
** [[Media:Modele_psp_save_essai_2019_modif_constante.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]]  
-
: [[Media:C2I_Examen_cell_anim.gif|cell_anim.gif]] - [[Media:C2I_Examen_exos_tableurs.ods|exos_tableurs.ods]] - [[Media:C2I_Examen_exos_texte_brut.odt|exos_texte_brut.odt]] - [[Media:C2I_Examen_texte_formate.pdf|texte_formate.pdf]]
+
-
ASTUCE: remplacer Media par File pour avoir accès à l'historique des versions du fichier et uploader une nouvelle version:
+
<!-- ** [[Media:constante_stochastic_2017-18.png|constantes stochastiques]]
 +
<!--** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|article support]]  -->
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<!--** [[Media:constante_stochastic_2017-18.png|constantes stochastiques]] -->
 +
<!-- ** [[Media:modele_psp_save_2017-18.spn|Modèle stochastique corrigé]] -->
 +
<!--** [[Media:psp_system_dm.txt|membrane data]]
 +
** [[Media:psp_system_hBCA.txt|hBCA data]]
 +
** [[Media:psp_system_olg.txt|olg data]]
 +
** [[Media:psp_system_hBCAF.txt|hBCAF data]]
 +
** [[Media:psp_system_hBcCcA.txt|hBcAcCc data]]-->
-
* Sujet de l'examen
 
-
: [[File:C2I_Examen_L3_Sujet.pdf|C2I_Examen_L3_Sujet.pdf]]
 
-
* Documents pour l'examen
 
-
: [[File:C2I_Examen_ADNmt_humain.png|ADNmt_humain.png]] - [[File:C2I_Examen_endosymbiose.jpg|endosymbiose.jpg]] -[[File:C2I_Examen_exos_tableurs.ods|exos_tableurs.ods]] - [[File:C2I_Examen_exos_texte_brut.odt|exos_texte_brut.odt]] - [[File:C2I_Examen_texte_formate.pdf|texte_formate.pdf]]
 
 +
*'''TP2 : modeling of the repressilator:'''
 +
** [[Media:tp_repressilator_2020.pdf|Short description of the repressilator regulation]]
 +
** [[Media:repressilator_continu_2018_time_serie_500.csv|protein time series data]]
 +
** [[Media:repressilator_stochastique_2019.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]]
-
* Thème 2 : Internet
+
**[[Media:repressilator_continu_2020.cpn|Modèle corrigé du réseau continu avec Snoopy]]
-
: [[Media:C2I_Internet.pdf|TP Internet]]
+
** [[Media:repressilator_prot.cps|Modèle corrigé Copasi]]  
-
* Thème 3 : Traitement de texte
+
** [[Media:repressilator.Rmd|script R pour intégration ODE]]-->
-
: [[Media:C2I_Traitement texte 1.pdf|Feuille 1 version PDF]] - [[Media:C2I_Traitement texte 1.odt|Feuille 1 version OpenOffice]]
+
 
-
: [[Media:C2I_Traitement texte 2.pdf|Feuille 2 version PDF]] - [[Media:C2I_Traitement texte 2.odt|Feuille 2 version OpenOffice]] - [[Media:C2I_Theme-3_Feuille-2_fichiers.tar.gz|Feuille 2 Fichiers .tar.gz]]
+
<!-- ** [[Media:constante_stochastique.png|stochastic constant file]]
-
: [[Media:C2I_Theme 3 Feuille 3.pdf|Feuille 3 version PDF]]
+
** [[Media:constante_continu.png|ODE parameter file]] -->
-
* Thème 4
+
 
-
: [[Media:C2I Theme 4 Feuille 1.pdf|Feuille 1]] - [[Media:C2I Theme 4 Feuille 2.pdf|Feuille 2]] - [[Media:C2I Theme 4 Feuille 2 Donnees.ods|Données Feuille 2]]
+
 
-
* Thème 5 : synthèse Thème 3 et 4
+
*'''TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:'''
-
: [[Media:C2I Theme 5 Feuille 1.pdf|Feuille 1]] - [[Media:C2I Theme 5 CV.stw|Theme 5 CV.stw]]
+
** [[Media:TP_phosphate_new_2018.pdf|Short biological description of the phosphate regulation]]
-
* Thème 6 : outils de PAO
+
** [[Media:PN_extended_phosphate_2021.xpn|Modèle corrigé du réseau qualitatif]]
-
: [[Media:C2I Theme 6 Feuille 1.pdf|Feuille 1]]
+
** [[Media:Modele_stochastique_switch.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]]
 +
 
 +
<!-- ** [[Media:PN_extended_phosphate.xpn| Modèle corrigé du réseau qualitatif]]
 +
** [[Media:Modele_stochastique_switch.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]] -->
 +
 
 +
<!-- ** [[Media:PN_extended_phosphate.xpn|Modèle "extended Petri Net" corrigé]]-->
 +
<!-- ** [[Media:modele_stochastique_switch.spn|Modèle stochastique corrigé]]-->
 +
 
 +
*'''TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :'''
 +
** [[Media:operon_lactose_description_2018.pdf|'''TP à rendre''' Short biological description of the lactose operon regulation]]  
 +
 
 +
<!--** [[Media:operon_lac_2018_last.spn|'''Modèle stochastique corrigé''']]
 +
** [[Media:res_stochastique_lactose_3pics.PNG|'''Capture écran lactose input''']]
 +
** [[Media:res_stochastique_prot_3pics.PNG| '''Capture écran comportement des protéines''']]-->
 +
<!-- ** [[Media:constantes_2017.txt|stochastic constant file]]
 +
** [[Media:Constante_parameter_lactose_stochastique_2017.PNG|screen shot of the constant definition in the model]]-->
 +
 
 +
=== Master 2 - [http://sciences-vegetales.univ-tlse3.fr/presentation-m2-adam-609174.kjsp?RH=1449138073206&RF=1450299526893 Biologie des Plantes et Microorganismes Associés (BPMA)] ===
 +
 
 +
==== Biologie Computationnelle ====
 +
 
 +
 
 +
Année 2023-2024
 +
 
 +
'''Examen : partie 'E. Maza''''
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 +
*[[Media:2324_ExamenBioComp2_2023_2024_Elie MAZA.pdf| Sujet Biostatique]]
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[[Media:airquality111.csv|Donnees]]
 +
 
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Reponses a adresser par mail à
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 +
elie.maza@toulouse.inp.fr
 +
 
 +
elodie.gaulin@univ-tlse3.fr
 +
 
 +
 
 +
'''Examen : partie E. Gaulin / C. Mathe -'''
 +
Sujet Bioanalyse, sur papier en salle
 +
 
 +
 
 +
Retrouvez les supports de cours et les TPs [http://snp.toulouse.inra.fr/~mathe/ sur le lien suivant]
 +
 
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'''Documents, partie E. Gaulin'''
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* [[M2R_ADAM|Clonage in silico_BenchLing]]
 +
 
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* [[M2R_BV|Clonage in silico_pDRAW]]
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
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 +
'''Examen 2021-2022'''
 +
 
 +
 
 +
'''Partie E. Gaulin'''
 +
 
 +
Veuillez trouver ci-dessous, la séquence fasta de l'ADNc SSP1256 que l'on souhaite cloner dans le vecteur de destination pCAMBIA
 +
 
 +
'''>ADNc_SSP1256'''
 +
 
 +
ACTTCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTT
 +
GTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGGAAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATG
 +
CCATTTTTGGAGCTTTCGAGCTCATAACACAGGTGAGCGCGACGAATGGATCCCTCGCTA
 +
ATAACATCATGGTCGTGGGCGCCGTCCTTGCGGCGCTCGTCGCCGGCGGGTCGTGCGGGC
 +
CCCCGAAGGTGCCACCCGGCCCCAACATCACCACCAACTACAACGGCAAGTGGCTCACCG
 +
CTAGGGCCACCTGGTACGGTCAGCCCAACGGTGCCGGCGCTCCTGACAACGGCGGTGCGT
 +
GCGGGATCAAGAACGTGAACCTGCCACCCTACAGCGGCATGACGGCGTGCGGCAACGTCC
 +
CCATCTTCAAGGACGGCAAGGGCTGCGGCTCATGCTACGAGGTGAGATGCAAGGAAAAAC
 +
CTGAGTGCTCGGGCAATCCAGTCACGGTGTACATCACTGACATGAACTACGAACCTATCG
 +
CTCCCTACCACTTCGACTTGAGCGGCAAGGCCTTCGGCTCCCTGGCAAAGCCCGGGCTCA
 +
ACGACAAGATTCGCCACTGCGGCATCATGGACGTCGAGTTCAGAAGGGTGCGATGCAAGT
 +
ACCCCGCCGGGCAGAAGATCGTGTTCCACATCGAGAAGGGCTGCAACCCCAACTACCTGG
 +
CCGTGCTGGTGAAGTATGTGGCGGACGACGGCGACATCGTGCTGATGGAAATCCAGGACA
 +
AGTTGTCGGCTGAGTGGAAGCCCATGAAGCTCTCTTGGGGCGCCATCTGGAGGATGGACA
 +
CTGCCAAGGCGCTCAAGGGCCCCTTCTCCATCCGCCTCACCAGCGAGTCCGGCAAGAAGG
 +
TCATCGCCAAAGACGTCATCCCGGCGAACTGGAGACCCGATGCCGTCTACACTTCCAACG
 +
TCCAATTTTACGTAACTTTGAATTCCCTTCGATTCATCCGGCACAGCGGGCTATGGACCT
 +
TCAGCAGCAAGCTAATTAAGTTGGCAGCATGCACCGCTAACCTTATATACTACTGAGACT
 +
TCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTTGTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGG
 +
AAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATGCCATTTTTGGAAGCTTGGCTTTCGAGGGTACC
 +
CCTGATAGTT
 +
 
 +
 
 +
 
 +
'''Partie C. Mathé'''
 +
* [http://genoweb.toulouse.inra.fr/~mathe/M2RBV/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvegardé]
 +
 
 +
 
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'''Examen 2018-2019'''
 +
 
 +
'''Partie C. Albenne'''
 +
 
 +
*[[Media:EXPB1b.doc|EXPB1]]
 +
*[[Media:2hcz.dsv|Structure]]
 +
 
 +
 
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'''Partie E. Gaulin'''
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* [[M2R|Cartes et Sites de Restriction]]
 +
 
 +
'''Partie C. Mathé'''
 +
* [http://genoweb.toulouse.inra.fr/~mathe/M2RBV/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvegardé]
 +
 
 +
'''Partie C. Albenne'''
 +
*[[Media:M2R_2018-Albenne.pdf|Sujet C Albenne]]
 +
 
 +
 
 +
*[[Media:EXPB1.doc|EXPB1]]
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*[[Media:2hcz.dsv|Structure]]
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'''Examen 2017, partie E. Gaulin''' <br>
 +
 
 +
'''Documents, sujet C Albenne'''
 +
*[[Media:M2R_2017-Albenne.pdf|Sujet C Albenne]]
 +
 
 +
'''Examen 2016, partie E. Gaulin''' <br>
 +
 
 +
*[[M2ADAM|Cartes et Sites de Restriction]]
 +
 
 +
'''Examen 2015'''
 +
'''Documents, partie E. Gaulin'''
 +
* [[M2R|Cartes et Sites de Restriction]]
 +
 
 +
 
 +
'''Documents, partie C. Albenne'''
 +
* [[Media:EXP1.doc|Sequence fasta EXPB1]]
 +
* [[Media:2HCZ.pdb|Structure PDB]]
 +
 
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==== Biologie Computationnelle (2019) ====
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* [[M2R_ADAM|In silico cloning]]
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= Culture =
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* Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
 +
* Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
 +
* Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
 +
* Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
 +
* Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.
= F.A.Q. =
= F.A.Q. =
* [[Caracterisation_d_un_ensemble|Caractérisation d'un ensemble]] de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.
* [[Caracterisation_d_un_ensemble|Caractérisation d'un ensemble]] de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.
 +
 +
* Installation de '''igraph''' sur CentOS 6.7 en P0
 +
 +
Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : <tt>choseCRANmirror()</tt> dernier choix (http mirrors) puis Lyon2
 +
R> chooseCRANmirror()
 +
R> install.packages('igraph')
 +
 +
 +
* Installation de '''Rstudio''' sur CentOS 6.7 en P0
 +
La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :
 +
# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
 +
bash> su
 +
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
 +
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
 +
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
 +
 +
Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte <tt>guest</tt>)
 +
 +
-->
 +
 +
= mamba =
 +
 +
Documentation : https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation.html
 +
 +
Download
 +
curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"
 +
 +
Run
 +
sh Mambaforge-Linux-x86_64.sh
 +
 +
Do you accept the license terms? [yes|no]
 +
[no] >>> yes
 +
 +
Mambaforge will now be installed into this location:
 +
/home/guest/mambaforge
 +
 +
  - Press ENTER to confirm the location
 +
  - Press CTRL-C to abort the installation
 +
  - Or specify a different location below
 +
 +
[/home/guest/mambaforge] >>> 
 +
 +
Do you wish the installer to initialize Mambaforge
 +
by running conda init? [yes|no]
 +
[no] >>> yes
 +
 +
'''Ouvrir un nouveau terminal/shell'''
 +
 +
Channels
 +
conda config --add channels bioconda
 +
 +
Plus d'info sur https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.workstation.setup#environnements-avec-mamba-ou-conda

Current revision as of 17:22, 28 March 2024


Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BBE


Emploi du temps

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris



Supports de cours

Sujets de TD/TP

L3 BCP Bioanalyse (KSVA6ABU)

2022_2023 Planning des Enseignements

Toutes les informations relatives à l'UE de Bioanalyse sont également disponibles dans l'espace dédié sur Moodle

  • Les CMs de Bioanalyse, au nombre de six, débuteront semaine 2 (9_13 Janvier 2023) sur des créneaux horaires particuliers, avec les deux premiers CMs en semaine 2. A savoir  : 
       CM1 : Lundi 13H30 (CMB) Denjoy U1 et Mardi 15h45 (CMA), Denjoy U1  

       CM2 : Vendredi 10h05 (CMB) Le Chatelier 2A et Mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1

Les CMs suivants (CM3-CM6) auront lieu entre les semaines 3 et 6 

       CM3-CM6 : vendredi 10h05 (CMB), Le Chatelier 2A et mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
  • Les TPs, au nombre de cinq, se déroulent en salle informatique. Les quatre premiers TPs sont de 3h30 et le cinquième de 2h, donc attention aux horaires !

Veuillez respecter votre créneau de TP, compte tenu du nombre d'ordis par salle infos, merci

  • Fichier du Planning 2022_2023 (salles et séries)

Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2022_2023 (mise a jour Janv 2023)

  • Le CC aura surement lieu, le Jeudi de la semaine 8 à compter de 18h, dans un lieu restant à définir. Réservez vous le créneau horaire !



TPs en salle


Licence Pro GeBAP

Schéma de sélection et productions de semences

  • TP Analyse de QTL

L3 Biodiversité & Biologie Environementale (BEE)

Ingénierie du Végétal (KSVC5AEU)

Initiation à l'analyse de séquences biologiques


Master

Master 1 - Biotechnologies

Evolution Moléculaire (KBTD8AGU)

Supports de cours :


Support TP :


Support TD :

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Traitement de données biologiques (KBVX7AH1)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :


Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP : 

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Master 1 - Bioinformatique parcours Biologie des Systèmes + Bioinformatique et Génomique Environnementale

Evolution Moléculaire (KBIA8ABU - KBIB8ABU)

Supports de cours :


Support TP :


Support TD :


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (KBIX7AB1)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :


Projet annotation d'un fragment génomique à remettre au plus tard le vendredi 22 décembre



Mathématique pour la Biologie (KBIA7AI)

Sujets de TP :

  • TP Matrices PAM
  • TP ACP
  • TP Modélisation


Liens :

  • http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod





Traitement de graphes et réseaux biologiques (KBIA7AD)

Espace moodle (inscription obligatoire) : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7647

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP avec Roland Barriot Création de modules python (manipulation de graphes + Gene Ontology) et prise en main de igraph
  • TP5 Recherche de communautés dans les graphes


Projets 2023-24

Sujet disponible sur moodle.

Fichiers de départs à compléter disponibles sur gitlab.


Liens: Logiciels

Librairies

Serveurs & Banques

Formats

Autres

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105


Fouille de données (KBIA8AC)

Espace moodle : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7659


Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Master 2

Master 2 Microbiologie

Supports de cours
Tutoriels de TP


Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Atelier système

Atelier Chipseq

Atelier Galaxy

UE Communication

liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de récupérer et de lire les supplementary data qui sont aussi importants pour la compréhension de l'article. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.


Calendrier des présentations d'articles
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
lundi 16 octobre 9h30-10h30 : articles Atelier Etude du Métabolisme article 1 : Jean et Etienne
lundi 16 octobre 10h30-12h45: article Atelier Structure de la chromatine article 1 : 10h30-11h30 : Julie et Catherine article 2 : 11h45-12h45 : Claire et Moussa
lundi 16 octobre 14h30-16h30 : articles Atelier Phylogénomique article 2 : 14h30-15h30 : Margaux et Han article 2 : 15h30-16h30 : Pricilla et Youssef
Commentaires éventuels : 16h30-17h


Gestion des données non structurées et applications post-génomiques (GDNS-AP)

Se référer à l'espace moodle


Atelier Phylogénomique

Intervenants : Claire Hoede et Yves Quentin

Atelier de Phylogénomique


Biologie des Systèmes - G. Czaplicki

Fichiers avec les codes :

Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :






Master 2 - Biologie des Plantes et Microorganismes Associés (BPMA)

Biologie Computationnelle

Année 2023-2024

Examen : partie 'E. Maza'


Donnees

Reponses a adresser par mail à

elie.maza@toulouse.inp.fr

elodie.gaulin@univ-tlse3.fr


Examen : partie E. Gaulin / C. Mathe - Sujet Bioanalyse, sur papier en salle


Retrouvez les supports de cours et les TPs sur le lien suivant


mamba

Documentation : https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation.html

Download 

curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"

Run 

sh Mambaforge-Linux-x86_64.sh 

Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> yes 

Mambaforge will now be installed into this location:
/home/guest/mambaforge

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below 

[/home/guest/mambaforge] >>>  

Do you wish the installer to initialize Mambaforge
by running conda init? [yes|no]
[no] >>> yes

Ouvrir un nouveau terminal/shell

Channels 

conda config --add channels bioconda

Plus d'info sur https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.workstation.setup#environnements-avec-mamba-ou-conda

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