silico.biotoul.fr
 

Enseignements

From silico.biotoul.fr

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(Tutoriels de TP)
(Evolution Moléculaire (EMBIA2EM))
 
(30 intermediate revisions not shown)
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= Licence 2 et 3 Biologie  =
= Licence 2 et 3 Biologie  =
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=== Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM) ===
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=== Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BOPE ===
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<!-- TO UPDATE FOR 2019-2020
+
UE en option avec différents codes :
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===='''Emploi du temps 2018-19'''====
+
* L2 2B2M : EDSVB4IM
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* L2 BCP : EDSVA4HM
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* L2 BOPE : EDSVC4MM
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* L3 BOPE : ELSVC6JM
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* Moodle : [https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=2518 EDSVB4IM]
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===='''Emploi du temps 2019-20'''====
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
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<iframe src="https://calendar.google.com/calendar/embed?showTitle=0&amp;showCalendars=0&amp;mode=AGENDA&amp;height=400&amp;wkst=2&amp;hl=fr&amp;bgcolor=%23FFFFFF&amp;src=lic.bioinfo%40gmail.com&amp;color=%232952A3&amp;ctz=Europe%2FParis" style="border-width:0" width="550" height="400" frameborder="0" scrolling="no"></iframe>
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</html>
</html>
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<big><big>'''Les groupes de TD et TP 2019-20 sont disponibles sur moodle : [https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=2518 https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=2518]'''</big></big>
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{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!colspan="4"|EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
!colspan="4"|EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
|-
|-
-
|                      || CM U4-211                                  || TD        ||  TP
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|                      || CM 3TP2-Einstein                                    || TD        ||  TP
|-
|-
-
| semaine 03 - 14.01  || 13h30-15h40 R. Barriot  Bioinfo générale            ||
+
| semaine 04 - 20/01  || 13h30-15h40 R. Barriot  Bioinfo générale            ||
|-
|-
-
| semaine 04 - 21.01  || 13h30-15h40 F. Delavoie Imagerie                    ||          || 15h50-18h00 groupes BOPE & BCP en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe 2B2M en 4TP2-M6
+
| semaine 05 - 27/01  || 13h30-15h40 F. Delavoie Imagerie                    ||          || 15h50-18h00 groupes gTP1 en 4TP4-P1 & gTP2 en 4TP4-P15 <br/> 18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
|-
|-
-
| semaine 05 - 28.01   || 13h30-15h40 R. Barriot  Bases de Données            || 15h50-18h00 U2-114 & U2-118 ||
+
| semaine 06 - 03/02   || 13h30-15h40 R. Barriot  Bases de Données            || 15h50-18h00 U2-116 groupe gTD1<br/>18h10-20h20 U2-116 groupe gTD2 ||
|-
|-
-
| semaine 06 - 04.02  ||                                                    ||          || 13h30-15h40 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 15h50-18h00 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
+
| semaine 07 - 10/02  ||                                                    ||          || 13h30-15h40 groupe gTP1 en 4TP2-M7 <br/> 15h50-18h00 groupe gTP2 en 4TP4-P15 <br/> 18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
|-
|-
-
| semaine 07 - 11.02  || 13h30-15h40 M. Bonhomme                            ||          || 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
+
| semaine 08 - 17/02  ||                                                    ||          ||
 +
|-
 +
| semaine 09 - 24/02  || 13h30-15h40 M. Bonhomme                            ||          || 15h50-18h00 groupes gTP1 en 4TP4-P1 & gTP2 en 4TP4-P15 <br/> 18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
|-  
|-  
-
| semaine 08 - 18.02  || '''13h30-15h30 Contrôle continu en 2A-Grignard'''                                            ||          ||  
+
| semaine 10 - 02/03   || '''13h30-15h30 Contrôle continu en .?.'''                                            ||          ||  
|-   
|-   
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| semaine 10 - 04.03  || 13h30-15h40 G. Fichant SysBio                      ||          || 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
+
| semaine 11 - 09/03  || 13h30-15h40 G. Fichant SysBio                      ||          || 15h50-18h00 groupes gTP1 en 4TP4-P1 & gTP2 en 4TP4-P15 <br/> 18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
|-
|-
-
| semaine 11 - 11.03  ||                                            || 13h30-15h40 GR.TD1 en U2-114 <br/> 15h50-18h00 GR.TD2 en U2-114 ||  
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| semaine 12 - 16/03  ||                                            || 13h30-15h40 gTD1 en U2-220 <br/> 15h50-18h00 gTD2 en U2-219 ||  
|-
|-
-
| semaine 13 - 25.03  ||                                            ||          || 13h30-15h40 groupe GR.TP1 en 4TP4-P0 <br/> 15h50-18h00 groupe GR.TP2 en 4TP4-P0<br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP4-P0
+
| semaine 13 - 23/03  ||                                            ||          || 13h30-15h40 groupe gTP1 en 4TP2-M7 <br/> 15h50-18h00 groupe gTP2 en 4TP4-P15 <br/> 18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
|-
|-
-
| semaine 15 - 08.04   || '''13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé  en U1-Mathis''' ||          ||
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| semaine 14 - 30/03   || '''13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé  en U1-Mathis''' ||          ||  
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| semaine 26 - 25.06  || '''7h45-9h45 Contrôle terminal session 2 en U3-104''' ||          ||  
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|}
|}
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END TO UPDATE FOR 2019-2020
+
 
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-->
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==='''Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)'''===
==='''Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)'''===
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A venir...
+
* [[Media:1920_Bioanalyse_planning.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2019_2020]]
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* [[Media:presentation_UE_bioanalyse_2020.pdf|Présentation de l'UE]]
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* [[Media:1819_Planning TPS CMs.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2018_2019]]
* [[Media:1819_Planning TPS CMs.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2018_2019]]
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===='''Cours'''====
===='''Cours'''====
-
* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2018.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
+
* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2020_modified.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
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* CM2 : [[Media:banque_2017.pdf|Introduction aux banques de données]]
+
* CM2 : [[Media:banque_2020.pdf|Introduction aux banques de données]]
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
* CM4 : [[Media:Alignement_seq_prot_2015.pdf|Alignement de deux séquences protéiques : les matrices de substitution]]
* CM4 : [[Media:Alignement_seq_prot_2015.pdf|Alignement de deux séquences protéiques : les matrices de substitution]]
Line 328: Line 340:
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|tutorial TP1 et TP2]]
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|tutorial TP1 et TP2]]
* [[Media:Introduction_competence_2017.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
* [[Media:Introduction_competence_2017.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
-
* [[Media:Correction_TP1_TP2_2018.pdf|Correction des TP1 et TP2]]
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<!--* [[Media:Correction_TP1_TP2_2018.pdf|Correction des TP1 et TP2]] -->
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
-
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_2019.pdf|Correction du questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
+
<!--* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_2019.pdf|Correction du questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]] -->
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire.zip|tutorial TP3]]
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire.zip|tutorial TP3]]
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'''Supports de cours'''
'''Supports de cours'''
* [[Media:Traitement_de_graphes_et_reseaux_biologiques.pdf|Support de cours]]
* [[Media:Traitement_de_graphes_et_reseaux_biologiques.pdf|Support de cours]]
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* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes.pdf‎|Support de cours (communautés)]]
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* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2019.pdf‎‎|Support de cours (communautés)]]
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* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2013.pdf|Support de cours (communautés)]]
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2013.pdf|Support de cours (communautés)]]
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* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP archivé]] Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP archivé]] Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
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'''Projets 2018-19'''
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'''Projets 2019-20'''
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
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'''Liens:'''
'''Liens:'''
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Logiciels
* [http://cytoscape.org/ Cytoscape] (et [http://cytoscapeweb.cytoscape.org/ Cytoscape Web] mais un peu dépassé maintenant)
* [http://cytoscape.org/ Cytoscape] (et [http://cytoscapeweb.cytoscape.org/ Cytoscape Web] mais un peu dépassé maintenant)
* [http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/ Tulip] librairie C/C++ pour le traitement et la visualisation de graphes
* [http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/ Tulip] librairie C/C++ pour le traitement et la visualisation de graphes
* [https://gephi.org/ Gephi]
* [https://gephi.org/ Gephi]
-
* [http://igraph.org/ igraph]
+
 
 +
Librairies
 +
* [http://igraph.org/ igraph] R, python, ...
 +
* [http://networkx.github.io NetworkX] python
 +
* [https://graph-tool.skewed.de graph-tool] python
 +
* [https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/STRINGdb.html Bioconductor/STRINGdb] interface STRINGdb et R igraph
 +
 
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Serveurs & Banques
* [http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ Pathway tools]
* [http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ Pathway tools]
-
* [http://deim.urv.cat/~sgomez/radatools.php Radatools]
 
* [http://www.metacyc.org/ METACYC]
* [http://www.metacyc.org/ METACYC]
* [http://string-db.org/ STRING]
* [http://string-db.org/ STRING]
-
* [https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/STRINGdb.html Bioconductor/STRINGdb] interface STRINGdb et R igraph
+
* [http://deim.urv.cat/~sgomez/radatools.php Radatools]
* [http://regulondb.ccg.unam.mx/ RegulonDb]
* [http://regulondb.ccg.unam.mx/ RegulonDb]
* [http://metanetx.org/ MetaNetX]
* [http://metanetx.org/ MetaNetX]
 +
 +
Formats
* Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
* Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
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 +
Autres
 +
* https://kateto.net/network-visualization Visu avec différents environnements et librairies
* Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
* Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
* [http://exercism.io exercism.io] : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
* [http://exercism.io exercism.io] : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
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Support de cours:
Support de cours:
* [[Media:Intro_BioSyst_2017.pdf|Introduction to system biology]] '''
* [[Media:Intro_BioSyst_2017.pdf|Introduction to system biology]] '''
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* [[Media:SCAN_rappel_enzymo.pdf|Petit rappel enzymologie partie 1 ]]'''
+
* [[Media:Rappel_enzymo_v1.pdf|Petit rappel enzymologie]]'''
-
* [[Media:Rappel_enzymo_v1.pdf|Petit rappel enzymologie partie 2 ]]'''
+
* [[Media:SCAN_rappel_enzymo.pdf|Complément rappel enzymologie]]'''
<!--* [[Media:network_motifs.pdf|Two and three nodes network motifs in transcriptional networks]]'''-->
<!--* [[Media:network_motifs.pdf|Two and three nodes network motifs in transcriptional networks]]'''-->
-
* [[Media:Petri_net_2018.pdf|Introduction to Petri net models]]'''
+
* [[Media:Petri_net_2019.pdf|Introduction to Petri net models]]'''
* [[Media:Modele_stochastique.pdf|Introduction to stochastic simulation]]'''
* [[Media:Modele_stochastique.pdf|Introduction to stochastic simulation]]'''
-
* [[Media:parameter_estimation_2017.pdf|parameter estimation]]'''
+
* [[Media:parameter_estimation_2019.pdf|Introduction parameter estimation]]'''
* [[Media:Intro_PL_2015.pdf|Introduction to Piece-wise linear differential equation models]]'''
* [[Media:Intro_PL_2015.pdf|Introduction to Piece-wise linear differential equation models]]'''
* [[Media:Model_analysis.pdf| System dynamic analyses ]]'''
* [[Media:Model_analysis.pdf| System dynamic analyses ]]'''
Line 878: Line 902:
'''TP :'''
'''TP :'''
* [[Media:CopasiUserguide-20100803-1.pdf|Copasi user guide]]
* [[Media:CopasiUserguide-20100803-1.pdf|Copasi user guide]]
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* Lien vers le site de Snoopy : https://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy
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*'''TP1 : modeling of the psp response when cell envelop  is damaged'''
*'''TP1 : modeling of the psp response when cell envelop  is damaged'''
** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|article support]]
** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|article support]]
** [[Media:constante_stochastic_2017-18.png|constantes stochastiques]]
** [[Media:constante_stochastic_2017-18.png|constantes stochastiques]]
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** [[Media:psp_system_dm.txt|membrane data]]
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** [[Media:modele_psp_save_2017-18.spn|Modèle stochastique corrigé]]
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<!--** [[Media:psp_system_dm.txt|membrane data]]
** [[Media:psp_system_hBCA.txt|hBCA data]]
** [[Media:psp_system_hBCA.txt|hBCA data]]
** [[Media:psp_system_olg.txt|olg data]]
** [[Media:psp_system_olg.txt|olg data]]
** [[Media:psp_system_hBCAF.txt|hBCAF data]]
** [[Media:psp_system_hBCAF.txt|hBCAF data]]
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** [[Media:psp_system_hBcCcA.txt|hBcAcCc data]]
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** [[Media:psp_system_hBcCcA.txt|hBcAcCc data]]-->
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*'''TP2 : modeling of the repressilator:'''
*'''TP2 : modeling of the repressilator:'''
-
** [[Media:tp_repressilator_2018.pdf|Short description of the repressilator regulation]]
+
** [[Media:tp_repressilator_2019.pdf|Short description of the repressilator regulation]]
** [[Media:repressilator_continu_2018_time_serie_500.csv|protein time series data]]
** [[Media:repressilator_continu_2018_time_serie_500.csv|protein time series data]]
 +
** [[Media:repressilator_continu_2018.cpn|Modèle corrigé continu avec Snoopy]]
 +
** [[Media:repressilator_prot.cps|Modèle corrigé Copasi]]
 +
** [[Media:repressilator.Rmd|script R pour intégration ODE]]
 +
<!-- ** [[Media:constante_stochastique.png|stochastic constant file]]
<!-- ** [[Media:constante_stochastique.png|stochastic constant file]]
** [[Media:constante_continu.png|ODE parameter file]] -->
** [[Media:constante_continu.png|ODE parameter file]] -->
 +
*'''TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:'''
*'''TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:'''
** [[Media:TP_phosphate_new_2018.pdf|Short biological description of the phosphate regulation]]
** [[Media:TP_phosphate_new_2018.pdf|Short biological description of the phosphate regulation]]
 +
** [[Media:PN_extended_phosphate.xpn|Modèle "extended Petri Net" corrigé]]
 +
** [[Media:modele_stochastique_switch.spn|Modèle stochastique corrigé]]
 +
*'''TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :'''
*'''TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :'''

Current revision as of 12:55, 29 January 2020

Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BOPE

UE en option avec différents codes :

  • L2 2B2M : EDSVB4IM
  • L2 BCP : EDSVA4HM
  • L2 BOPE : EDSVC4MM
  • L3 BOPE : ELSVC6JM

Emploi du temps 2019-20

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris


Les groupes de TD et TP 2019-20 sont disponibles sur moodle : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=2518


EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
CM 3TP2-Einstein TD TP
semaine 04 - 20/01 13h30-15h40 R. Barriot Bioinfo générale
semaine 05 - 27/01 13h30-15h40 F. Delavoie Imagerie 15h50-18h00 groupes gTP1 en 4TP4-P1 & gTP2 en 4TP4-P15
18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
semaine 06 - 03/02 13h30-15h40 R. Barriot Bases de Données 15h50-18h00 U2-116 groupe gTD1
18h10-20h20 U2-116 groupe gTD2
semaine 07 - 10/02 13h30-15h40 groupe gTP1 en 4TP2-M7
15h50-18h00 groupe gTP2 en 4TP4-P15
18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
semaine 08 - 17/02
semaine 09 - 24/02 13h30-15h40 M. Bonhomme 15h50-18h00 groupes gTP1 en 4TP4-P1 & gTP2 en 4TP4-P15
18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
semaine 10 - 02/03 13h30-15h30 Contrôle continu en .?.
semaine 11 - 09/03 13h30-15h40 G. Fichant SysBio 15h50-18h00 groupes gTP1 en 4TP4-P1 & gTP2 en 4TP4-P15
18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
semaine 12 - 16/03 13h30-15h40 gTD1 en U2-220
15h50-18h00 gTD2 en U2-219
semaine 13 - 23/03 13h30-15h40 groupe gTP1 en 4TP2-M7
15h50-18h00 groupe gTP2 en 4TP4-P15
18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
semaine 14 - 30/03 13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé en U1-Mathis





Supports de cours

Sujets de TD/TP

BioAnalyse L3 BCP

Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)

Cours

TPs

Exemples de contrôle continu corrigé

BioAnalyse L3 2B2M

TPs


Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)

Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM)

Initiation à la 'Bioanalyse'


Master

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP :

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :


Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies

Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)

Supports de cours :

Support TP :

Support TD :

Exemple CC corrigé :


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :

Aide pour la réalisation du projet annotation

Contrôle continu :

  • Rapport de TP sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le lundi 14 octobre. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.


Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)

Sujets de TP :

  • TD Calcul matriciel
  • TD ACP
  • TD Modélisation
  • TD Probabilités


Liens :

  • http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod

Projet 2019-20 :





Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP1 Visualisation et exploration de graphes
  • TP1-2-3-4 Librairie et parcours de graphes
  • TP4 Librairies R
  • TP5 Recherche de communautés dans les graphes
  • TP archivé Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph


Projets 2019-20


Liens: Logiciels

Librairies

Serveurs & Banques

Formats

Autres

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105


Fouille de données (EMBIA2DM)

Support de cours:

Sujets de TD/TP

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet

Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
  • Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006

Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Master 2

Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy

Supports de cours
Tutoriels de TP

Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Atelier système

Atelier Chipseq

Atelier Galaxy
UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.


Calendrier des présentations
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent sauf Fulya 1ère)
lundi 23 septembre 9h30-11h30 : articles Atelier Métabolomique article 1 : 9H30-11h00 (Juliette, Matthieu, Marine) Commentaires : 11h-11h30
lundi 23 septembre 13h30-16h : articles Atelier Modélisation article 1 : 13H30-14h30 (Alex, Soufiane) article 2 : 14h30-15h30 (Eve, Clara) Commentaires : 15h30-16h
mardi 24 septembre 9h30-12h : article Atelier Phylogénomique article 2 : 9H30-10h30 (Tristan, Geoffrey) article 1 : 10H30-11h30 (Elise, Chloé) Commentaires : 11h30-12h
mardi 24 septembre 14h-16h30 : articles Atelier ChipSeq article 1 : 14h-15h (Marion, Julien) article 2 : 15h-16h (Nicolas, Cheryn) Commentaires : 16h-16h30
Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot
Atelier Génétique Satistique - S. Boitard

Support de cours et TD:

TP :

Atelier Phylogénomique

Intervenants : Hélène Chiapello, Claire Hoede et Yves Quentin

Atelier de Phylogénomique

Biologie des Systèmes - R. Barriot


Biologie des Systèmes - G. Czaplicki

Fichiers avec les codes :

Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :





Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)

Biologie Computationnelle

Documents, partie E. Gaulin


Culture

  • Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
  • Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
  • Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
  • Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
  • Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.

F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)