Enseignements
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Licence
Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM)
Emploi du temps 2015-16
EDT L2 AADB | |||
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CM lundi 10-12h en U2-120 | TP lundi 8-12h en 4TP4-P4as | ||
semaine 3 - 18.01 | U2-120 RB Bioinfo générale | ||
semaine 4 - 25.01 | U2-120 RB Bioinfo générale | ||
semaine 5 - 01.02 | U2-120 FD Imagerie | ||
semaine 6 - 08.02 | U2-120 FD Imagerie | ||
semaine 7 - 15.02 | 4TP4-P4as FD ImageJ | ||
semaine 8 - 22.02 | U2-120 RB Système d'information...SQL | ||
semaine 10 - 07.03 | U2-120 RB SQL...Programmtion | ||
semaine 11 - 14.03 | 4TP4-P4as RB Base résistance | ||
semaine 12 - 21.03 | U2-120 RB Programmation | ||
semaine 14 - 04.04 | 4TP4-P4as RB Base résistance | ||
semaine 15 - 11.04 | 4TP4-P4as RB Base résistance |
Supports de cours 2014-15 :
- Introduction (R. Barriot)
- Imagerie (F. Delavoie)
Travaux pratiques 2013-14 :
- TP : Initiation à Image J : Support de TP et Archive contenant les images
- TP : Systèmes d'information Organisation des données et génération de rapports
Annales :
Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM)
Supports de cours :
- Introduction
- banques et bases de données biologiques
- Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
- Alignement de deux séquences protéiques
- Recherche par similarité dans les banques de données : la suite Blast
- Alignement multiple
- Motifs et profils
- Introduction évolution moléculaire
Annales :
- exemple de sujet de contrôle continu 2012
- correction du sujet de contrôle continu du 6 mars 2012
- exemple de sujet de contrôle terminal
- correction du sujet de contrôle terminal de janvier 2009
- un autre exemple de problème de contrôle terminal
Supports de TD :
- TD1 : Interrogation des banques de données
- TD2 : Comparaison de deux séquences
- TD3 : Analyse de séquences et Biologie Moléculaire
- TD4 : Analyse évolutive de la RNase J
Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique
Emploi du temps 2015-16
EDT L3 Info Biologie | |||
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mercredi 10-12h | jeudi 18-20h | ||
semaine 3 - 18.01 | | ||
semaine 4 - 25.01 | 27/01 Cam Salle à déterminer | ||
semaine 5 - 01.02 | 03/02 Cam Salle à déterminer | | |
semaine 6 - 08.02 | | | |
semaine 7 - 15.02 | 17/02 Barriot U2-209 | | |
semaine 9 - 29.02 | 02/03 Barriot U2-209 | 03/03 Barriot U2-209 | |
semaine 10 - 07.03 | 09/03 Barriot U2-209 | 10/03 Fichant U2-209 | |
semaine 11 - 14.03 | 16/03 Fichant U2-209 | 17/03 Fichant U2-209 | |
semaine 12 - 21.03 | 24/03 Barriot |
Supports de cours:
- Introduction à la biologie
- Introduction à la bioinformatique
- Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
- Introduction biologique pour l'annotation des génomes
- Annotation des gènes codant pour des protéines
- Alignement de génomes
- La qualité des séquences issues du séquençage haut débit
- Alignement de séquences issues du séquençage haut débit
- Alignement des données RNA-Seq
- Recherche de polymorphisme
Supports de TD:
- Séquences et banques de données
- Introduction à BioPerl
- Analyse de transcriptome
- Alignement de séquences
- Construction de matrices de substitution PAM
- TDx2 : annotation d'un fragment bactérien
Projets 2016 à rendre le 18 avril à Roland Barriot pour le projet transcriptome et à Gwennaele Fichant pour le projet annotation:
- Les projets sont à réaliser individuellement (donc pas en groupe). 2 sujets vous sont proposés pour le transcriptome et un sujet pour l'annotation. Choisissez un sujet et inscrivez vous sur la page Répartition des projets. Attention: répartition moitié-moitié entre transcriptome et annotation sur la base : premier arrivé, premier servi.
- Projets 2016 - L3-Info transcriptome
- Projet 2016 annotation:
Annoter le fragment génomique ci-joint en utilisant les différentes approches vues en cours (ORFfinder, GeneMark, GeneMark.hmm, recherche de RBS). La prédiction des fonction putative des ORF codant potentiellement pour des protéines sera également réalisé à l'aide du logiciel BlastP. Rendre un rapport justifiant votre démarche et votre raisonnement, et présentant les résultats obtenus à chaque étape ainsi qu'une synthèse finale.
fragment génomique à annoter
Master
Master 1 - MABS
Evolution Moléculaire (EM7BMAAM)
Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM)
Projet 2015-16:
Références
- Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
Traitement de données biologiques (EM7BMACM)
Support de cours:
Support de TD:
- Introduction à R
- Tests
- Tests et ANOVA
- Analyses mutivariées
- TD Transcriptome : Gènes différentiellement exprimés avec R/Bioconductor
- TD Transcriptome : clustering de profils d'expression
Liens
- Contrôle continu de 2011 avec son corrigé CC 2011 et correction.zip
- Aide mémoire des commandes R
- http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
- http://www.datamind.org Apprendre R en ligne
Fouille de données (EM7BBSCM)
Planning 2015-2016 | |
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date | lieu |
Jeudi 15 oct 10h-12h | Einstein CM1 Intro |
Jeudi 22 oct 10h-12h | Einstein CM2 Classification 1 |
Jeudi 12 nov 10h-12h | 1TP1-B08 CM3 Classification 2 (attention, changement de salle) |
Jeudi 19 nov 10h-12h | Einstein CM4 Clustering 1 |
Mercredi 25 nov 13h30-17h30 | 4TP4-P1 TP1 Classification (Knime, R ; Naive Bayes, Decision Tree, k-nn, X-validation) |
Jeudi 26 nov 10h-12h | Einstein CM5 Clustering 2 |
Mercredi 2 déc 13h30-17h30 | 4TP4-P1 TP2 Classification (R, python ; LDA, k-nn) |
Jeudi 3 déc 10h-12h | Einstein CM6 Règles d'associations |
Mercredi 9 déc 13h30-17h30 | 4TP4-P1 TP3 Classification (python ; Naive Bayes) |
Mercredi 16 déc 13h30-17h30 | 4TP4-P1 TP4 clustering |
Jeudi 17 déc 10h-12h | Einstein CM7 Règles d'associations |
Support de cours:
- Introduction et Généralités
- Classification, prédiction et caractérisation
- Clustering
- Règles d'association
Sujets de TD
- TD Classification, validation croisée et clustering
Projet
- Enoncé du projet
Liens
- Data mining map
- The LION book (free download)
- http://www.kdnuggets.com/
- UCI KDD Archive (datasets)
- mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
- Librairies et logiciels
- RapidMiner
- Knime
- weka
- Orange librairie python
- scikit-learn une autre librairie python
- Sequential Pattern Mining Framework open source Java implementation
Références
- Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
- GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse
- Supports de cours
http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29
- TD1 : Interrogation des banques de données
- TD2 : Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux
- TD3 : Analyse de séquences II: alignements multiples et profils|
- Controle Continu Décembre 2015
- Exemples d'examen terminal
2014_2015: Janvier 2015, Controle Terminal, session 1
Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM)
Supports de cours
Supports de TD/TP:
- TP Visualisation et parcours en profondeur
- TP Parcours en largeur et plus court chemin
- TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
- TP Recherche de communautés dans les graphes
Projets 2015-16
Liens:
- Cytoscape (et Cytoscape Web mais un peu dépassé maintenant)
- Tulip
- Gephi
- igraph
- Pathway tools
- Radatools
- NeAT
- METACYC
- STRING
- Bioconductor/STRINGdb interface STRINGdb et R igraph
- RegulonDb
- MetaNetX
Références
- Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
- Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
- An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
- Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
- Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
Technologies Web (EM8BBSAM)
supports cours
supports TP
Projet
Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM)
- Cours et TP
- Projets
- Support de cours sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
- Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
- Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles. (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., PLoS Biol Lien PubMed
- minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, BMC Bioinformatics Lien
- Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review. (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., BioSystems Lien PubMed
- Computational methods for discovering gene networks from expression data (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, Brief Bioinform Lien
- TD Reconstruction de réseaux de régulation
Master 1 - MEEF
Sciences de la Vie (EE7BSVFM)
Supports de TD :
Supports de Cours :
Master 1 - BioSanté
Génomique humaine et animale (EM8BMCAM)
Support de cours :
Supports de TD :
Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes
- Génome de E. coli de 2002 EcolA01.embl
Intégration de données hétérogènes
Master 2R - BioSciences Végétales (http://www.m2rbsv.ups-tlse.fr)
Bioanalyse, Protéomique
TDs
Examen 2015 Documents, partie E. Gaulin
Documents, partie C. Mathé
Documents, partie C. Albenne
Master 2 Pro - Diagnostique
Autres
INSA
- TD1 : Banque et manipulation de séquences
- TD2 : Recherche par similarité de séquences, alignements multiples et profils
F.A.Q.
- Caractérisation d'un ensemble de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.
- Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0
Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2
R> chooseCRANmirror() R> install.packages('igraph')
- Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0
La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787