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Contents

Licence

Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM)

Emploi du temps 2015-16

EDT L2 AADB
CM lundi 10-12h TP lundi 8-12h
semaine 3 18.01 RB Bioinfo générale
semaine 4 25.01 RB Bioinfo générale
semaine 5 01.02 FD Imagerie
semaine 6 08.02 FD Imagerie
semaine 7 15.02 FD ImageJ
semaine 8 29.02 RB Système d'information...SQL
semaine 10 07.03 RB SQL...Programmtion
semaine 11 14.03 RB Base résistance
semaine 12 21.03 RB Programmation
semaine 14 04.04 RB Base résistance
semaine 15 11.04 RB Base résistance



Calendrier 2014-15:

Cours Magistral (CM) de 10h à 12h au bâtiment MRV (Maison de la Recherche et de la Valorisation) en salle BR210 et Travaux Pratiques (TP) de 8h à 12h en 4TP4-P1 le lundi matin

  • CM1 19/01
  • CM2 26/01
  • CM3 02/02
  • CM4 09/02
  • CM5 16/02
  • TP1 23/02
  • CM6 02/03
  • TP2 09/03
  • CM7 16/03
  • TP3 23/03
  • TP4 20/04


Supports de cours 2014-15 :

Travaux pratiques 2013-14 :


Annales :


Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM)

Supports de cours :



Annales :


Supports de TD :


Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique

Emploi du temps 2015-16

EDT L3 Info Biologie
mercredi 10-12h jeudi 18-20h
semaine 3 18.01 21/01
semaine 4 25.01 27/01 Cam Salle à déterminer
semaine 5 01.02 03/02 Cam Salle à déterminer 04/02
semaine 6 08.02 10/02 Barriot U2-209 11/02 Barriot U2-209
semaine 7 15.02 17/02 Barriot U2-209 18/02 Barriot U2-209
semaine 9 29.02 02/03 Barriot U2-209 03/03 Barriot U2-209
semaine 10 07.03 09/03 Fichant U2-209 10/03 Fichant U2-209
semaine 11 14.03 16/03 Fichant U2-209 17/03 Fichant U2-209
semaine 12 21.03 24/03


Supports de cours:

Supports de TD:



Projets 2015 à rendre le 25 avril à Roland Barriot:

  • Les projets sont à réaliser individuellement (donc pas en groupe). 2 sujets vous sont proposés. Choisissez un sujet et inscrivez vous sur la page Répartition des projets. Attention: pas plus de 11 étudiants sur un même sujet avec comme priorité : premier arrivé, premier servi.
  • Projets 2015 - L3-Info transcriptome


Master

Master 1 - MABS

Evolution Moléculaire (EM7BMAAM)


Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM)

  • Memento de Régine André-Obrecht
  • TD Calcul matriciel
  • TD Modélisation
  • TD ACP
  • TD Probabilités


Projet 2015-16:


Traitement de données biologiques (EM7BMACM)

Support de cours:

Support de TD:

Liens

Fouille de données (EM7BBSCM)

Planning 2015-2016
date lieu
Jeudi 15 oct 10h-12h Einstein CM1 Intro
Jeudi 22 oct 10h-12h Einstein CM2 Classification 1
Jeudi 12 nov 10h-12h 1TP1-B08 CM3 Classification 2 (attention, changement de salle)
Jeudi 19 nov 10h-12h Einstein CM4 Clustering 1
Mercredi 25 nov 13h30-17h30 4TP4-P1 TP1 Classification (Knime, R ; Naive Bayes, Decision Tree, k-nn, X-validation)
Jeudi 26 nov 10h-12h Einstein CM5 Clustering 2
Mercredi 2 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP2 Classification (R, python ; LDA, k-nn)
Jeudi 3 déc 10h-12h Einstein CM6 Règles d'associations
Mercredi 9 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP3 Classification (python ; Naive Bayes)
Mercredi 16 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP4 clustering
Jeudi 17 déc 10h-12h Einstein CM7 Règles d'associations

Support de cours:

Sujets de TD

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet


Liens

Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse

  • Supports de cours

http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29


  • Controle Continu Décembre 2015

Controle Continu 2015_2016

Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP Visualisation et parcours en profondeur
  • TP Parcours en largeur et plus court chemin
  • TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
  • TP Recherche de communautés dans les graphes

Projets 2014-15

Liens:

Technologies Web (EM8BBSAM)

supports cours
supports TP
Projet

Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM)

  • Cours et TP
  • Projets
  • Support de cours sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
    • Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
    • Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles. (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., PLoS Biol Lien PubMed
    • minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, BMC Bioinformatics Lien
    • Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review. (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., BioSystems Lien PubMed
    • Computational methods for discovering gene networks from expression data (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, Brief Bioinform Lien
  • TD Reconstruction de réseaux de régulation


Master 1 - BioSanté

Génomique humaine et animale (EM8BMCAM)

Support de cours :

Supports de TD :


Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Intégration de données hétérogènes


Master 2R - BioSciences Végétales (http://www.m2rbsv.ups-tlse.fr)

Bioanalyse, Protéomique

TDs

Examen 2015 Documents, partie E. Gaulin

Documents, partie C. Mathé

Documents, partie C. Albenne


Master 2 Pro - Diagnostique

Autres

INSA



F.A.Q.

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