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Enseignements - Archives

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= Licence =
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[[Media:seq2-7490.txt|fragment génomique à annoter]]
[[Media:seq2-7490.txt|fragment génomique à annoter]]
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= Master =
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== Master 1 - MABS==
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* [[Linux tips]]
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=== Evolution Moléculaire (EM7BMAAM) ===
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* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/|Ressources pédagogiques]]
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<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/|TD 1]]
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<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD3/index.html|TD 3]]
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<!--
 +
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/transcriptome.pdf Cours transcriptome]
 +
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-biosante/transcriptome/TD_transcriptome.html TD Introduction à R et analyse de transcriptome] 
 +
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/transcriptome.pdf Cours transcriptome]
 +
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/TD_transcriptome.html TD n°2 : Introduction à R et analyse de transcriptome] copie de [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/MeV_4_4_1_r1836_win.zip MeV (windows)] Multiple experiment viewer du TIGR.
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-->
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=== Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM) ===
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* [[Media:M1 MABS BBS Math Memento.pdf|Memento]] de Régine André-Obrecht
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* [[M1 MABS BBS Math TD Calcul Matriciel|TD]] Calcul matriciel
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* [[M1 MABS BBS Math TD Modelisation|TD]] Modélisation
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* [[M1 MABS BBS Math TD ACP|TD]] ACP
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* [[M1 MABS BBS Math TD Proba|TD]] Probabilités
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'''Projet 2015-16:'''
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* [[silico:enseignement/m1-mabs/math/projet/M1MABS_Math_Sujet_Projet_2015-16.html|Sujet du projet 2015-16]]
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<!-- * [[M1 MABS CC Math 2012-12]] -->
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<!--
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* M1 MABS CC Math 2013-14 [ [[silico:enseignement/m1-mabs/math/Controle_continu_Math_2013.odt|ODT]] ] - [ [[silico:enseignement/m1-mabs/math/Controle_continu_Math_2013.doc|DOC]] ]
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'''Projet 2014-15:'''
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* [[silico:enseignement/m1-mabs/math/projet-2014/M1MABS_Math_Sujet_Projet_2014-15.html|Sujet du projet 2014]]
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-->
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 +
'''Références'''
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* ''Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre'' – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
 +
 +
=== Traitement de données biologiques (EM7BMACM) ===
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'''Support de cours:'''
 +
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TDB1.pdf|Support 1]]
 +
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TDB2.pdf|Support 2]]
 +
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TDB3.pdf|Support 3]]
 +
* [[Media:Transcriptome.pdf|Transcriptome]]
 +
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'''Support de TD:'''
 +
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TP Intro R.zip|Introduction à R]]
 +
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TP tests.zip|Tests]]
 +
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TP tests ANOVA.zip|Tests et ANOVA]]
 +
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TP analyses multivariees.zip|Analyses mutivariées]]
 +
* [[M1 MABS TDB TD Transcriptome - Analyse differentielle|TD]] Transcriptome : Gènes différentiellement exprimés avec R/Bioconductor
 +
* [[M1 MABS TDB TD Transcriptome - Clustering|TD]] Transcriptome : clustering de profils d'expression
 +
 +
'''Liens'''
 +
* Contrôle continu de 2011 avec son corrigé [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - CC 2011 et correction.zip|CC 2011 et correction.zip]]
 +
* [[Media:R_refcard.pdf|Aide mémoire des commandes R]]
 +
* http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
 +
* http://www.datamind.org Apprendre R en ligne
 +
 +
=== Fouille de données (EM7BBSCM) ===
 +
 +
 +
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{| class="wikitable"
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!colspan="2"| Planning 2015-2016
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|-
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| date
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| lieu
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|-
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|Jeudi 15 oct 10h-12h
 +
| Einstein CM1 Intro
 +
|-
 +
|Jeudi 22 oct 10h-12h
 +
| Einstein CM2 Classification 1
 +
|-
 +
|Jeudi 12 nov 10h-12h
 +
| 1TP1-B08 CM3 Classification 2 (attention, changement de salle)
 +
|-
 +
|Jeudi 19 nov 10h-12h
 +
| Einstein CM4 Clustering 1
 +
|-
 +
|Mercredi 25 nov 13h30-17h30
 +
| 4TP4-P1 TP1 Classification (Knime, R ; Naive Bayes, Decision Tree, k-nn, X-validation)
 +
|-
 +
|Jeudi 26 nov 10h-12h
 +
| Einstein CM5 Clustering 2
 +
|-
 +
|Mercredi 2 déc 13h30-17h30
 +
| 4TP4-P1 TP2 Classification (R, python ; LDA, k-nn)
 +
|-
 +
|Jeudi 3 déc 10h-12h
 +
| Einstein CM6 Règles d'associations
 +
|-
 +
|Mercredi 9 déc 13h30-17h30
 +
| 4TP4-P1 TP3 Classification (python ; Naive Bayes)
 +
|-
 +
|Mercredi 16 déc 13h30-17h30
 +
| 4TP4-P1 TP4 clustering
 +
|-
 +
|Jeudi 17 déc 10h-12h
 +
| Einstein CM7 Règles d'associations
 +
|}
 +
 +
'''Support de cours:'''
 +
* [[Media:Data Mining - Intro.pdf|Introduction et Généralités]]
 +
* [[Media:Data Mining - Classification.pdf|Classification, prédiction et caractérisation]]
 +
* [[Media:Data Mining - Clustering.pdf|Clustering]]
 +
* [[Media:Data Mining - Regles d Association.pdf|Règles d'association]]
 +
 +
'''Sujets de TD'''
 +
* [[M1 MABS BBS Data Mining TD Classification|TD]] Classification, validation croisée et clustering
 +
<!--
 +
* [[M1 MABS BBS Data Mining Naive Bayes|TD]] Classificateur Bayésien naïf
 +
* [[M1 MABS BBS Data Mining TD KNIME|TD]] Classification et validation croisée
 +
* [[M1 MABS BBS Data Mining k nearest neighbors|TD]] Classificateur k plus proches voisins
 +
* [[M1 MABS BBS Data Mining Clustering|TD]] Clustering
 +
-->
 +
 +
'''Projet'''
 +
* [[M1 MABS BBS Data Mining Projet|Enoncé]] du projet
 +
 +
 +
'''Liens'''
 +
* [http://chem-eng.utoronto.ca/~datamining/dmc/data_mining_map.htm Data mining map]
 +
* http://www.kdnuggets.com/
 +
** [http://www.kdnuggets.com/2010/12/book-mining-massive-datasets.html Book: Mining of Massive Datasets (free download)]
 +
** [http://www.kdnuggets.com/2016/08/10-algorithms-machine-learning-engineers.html The 10 Algorithms Machine Learning Engineers Need to Know]
 +
* [http://kdd.ics.uci.edu/ UCI KDD Archive] (datasets)
 +
* mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
 +
* Librairies et logiciels
 +
** [http://www.rapidminer.com RapidMiner]
 +
** [http://www.knime.org Knime]
 +
** [http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka weka]
 +
** [http://orange.biolab.si/ Orange] librairie python
 +
** [http://scikit-learn.org scikit-learn] une autre librairie python
 +
** [http://www.philippe-fournier-viger.com/spmf/ Sequential Pattern Mining Framework] open source Java implementation
 +
 +
'''Références'''
 +
* <i>Data Mining: Concepts and Techniques</i>, J. Han and M. Kamber, 2006.
 +
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
 +
 +
=== Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse ===
 +
*Supports de cours
 +
http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29
 +
 +
*TD1 : [[Interrogation des banques de données]]
 +
*TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
 +
*TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
 +
 +
* Controle Continu Décembre 2015
 +
[[Controle Continu 2015_2016]]
 +
<!--
 +
 +
*[[Media:1314_CC_M1Harmonisation_Inter_F.pdf|Controle Continu Decembre 2013_French Version]]
 +
*[[Media:1314_CC_M1Harmonisation_Inter_A.pdf|Controle Continu Decembre 2013_English Version]]
 +
 +
*[[Media:1213_CC_BioanalyseM1.pdf|Controle Continu Decembre 2013]]
 +
*Exam terminal-Janvier 2012: [[Examen terminal]]
 +
*Exam intermédiaire-Deecembre 2011 : [[Examen intermédiaire]]
 +
-->
 +
 +
* Exemples d'examen terminal
 +
2014_2015: Janvier 2015, [[Media:1415_CT_examen.pdf|Controle Terminal, session 1]]
 +
 +
=== Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM) ===
 +
 +
<!--
 +
'''Emploi du temps 2015-16'''
 +
Les CM ont lieu en salle S20, les TP en salle 4TP4-P1.
 +
{| class="wikitable"
 +
!colspan="4"|EDT M1 Traitement de graphes et réseaux biologiques
 +
|-
 +
|                    || CM mardi 15h45-17h45 en S20    || TP mercredi 13h30-17h30 en 4TP4-P1
 +
|-
 +
| semaine 3 - 18.01    || RB CM1 Intro, notions et définitions ||
 +
|-
 +
| semaine 4 - 25.01    || RB CM2 représentation et premiers algo (DFS) ||
 +
|-
 +
| semaine 5 - 01.02    || RB CM3 algos (détection de cycles, tri topologique)        || RB TP1 Cytoscape, DFS Python
 +
|-
 +
| semaine 6 - 08.02    || RB CM4 algos (BFS, Dijkstra, Floyd-Warshall)        ||
 +
|-
 +
| semaine 7 - 15.02    || RB CM5 algos (MST Kruskall et Prim, Marches aléatoires, TribeMCL, Motif / Kavosh)        || RB TP2 BFS, plus courts chemins
 +
|-
 +
| semaine 8 - 22.01    || RB CM6 Dessin        ||
 +
|-
 +
| semaine 9 - 29.02    ||                      ||  RB TP3 dessin, librairie igraph
 +
|-
 +
| semaine 10 - 07.03  || YQ Partitionnement et détection de communautés        || YQ TP4 détection de communautés
 +
|}
 +
-->
 +
 +
 +
'''Supports de cours'''
 +
* [[Media:Traitement_de_graphes_et_reseaux_biologiques.pdf|Support de cours]]
 +
<!--
 +
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2013.pdf|Support de cours (communautés)]]
 +
-->
 +
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2015.pdf‎|Support de cours (communautés)]]
 +
'''Supports de TD/TP:'''
 +
* [[M1 MABS Graphes TP Visualisation et parcours en profondeur|TP]] Visualisation et parcours en profondeur
 +
* [[M1 MABS Graphes TP Parcours en largeur - Plus court chemin|TP]] Parcours en largeur et plus court chemin
 +
* [[M1 MABS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP]] Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
 +
* [[M1 MABS Graphes TP Recherche de communautés dans les graphes|TP]] Recherche de communautés dans les graphes
 +
 +
'''Projets 2015-16'''
 +
* [[M1 MABS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
 +
 +
'''Liens:'''
 +
* [http://cytoscape.org/ Cytoscape] (et [http://cytoscapeweb.cytoscape.org/ Cytoscape Web] mais un peu dépassé maintenant)
 +
* [http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/ Tulip]
 +
* [https://gephi.org/ Gephi]
 +
* [http://igraph.org/ igraph]
 +
* [http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ Pathway tools]
 +
* [http://deim.urv.cat/~sgomez/radatools.php Radatools]
 +
* [http://rsat.bigre.ulb.ac.be/rsat/index_neat.html NeAT]
 +
* [http://www.metacyc.org/ METACYC]
 +
* [http://string-db.org/ STRING]
 +
* [https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/STRINGdb.html Bioconductor/STRINGdb] interface STRINGdb et R igraph
 +
* [http://regulondb.ccg.unam.mx/ RegulonDb]
 +
* [http://metanetx.org/ MetaNetX]
 +
 +
'''Références'''
 +
* <i>Introduction to Algorithms</i>, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
 +
* <i>Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks</i>, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
 +
* <i>An efficient algorithm for large-scale detection of protein families</i>, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 [[PMID:11917018]]
 +
* <i>Kavosh: a new algorithm for finding network motifs</i>, Kashani <i>et al.</i>, BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
 +
* <i>Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction</i>, Faust <i>et al.</i>, Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
 +
 +
=== Technologies Web (EM8BBSAM) ===
 +
===== supports cours =====
 +
* [[Media:Cours2-javascript.pdf‎|Support du cours 2]]
 +
* [[Media:Cours3-introPHP.pdf‎|Support du cours 3]]
 +
* [[Media:Cours4-mySQL.pdf‎|Support du cours 4]]
 +
* [[Media:Cours5-CookieSession.pdf‎|Support du cours 5]]
 +
 +
===== supports TP =====
 +
* [[Media:TP1.pdf‎|TP1]]
 +
* [[Media:SieWeb.zip‎|SiteWeb]]
 +
* [[Media:TP2.pdf‎|TP2]]
 +
 +
===== Projet =====
 +
* [[Media:Projet_PHP2015.pdf‎|sujet du projet]]
 +
 +
=== Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM) ===
 +
* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/|Cours et TP]]
 +
* [[M1MABS BGPG Projets|Projets à remettre pour le '''17 mai''']]
 +
* [[Media:GRNs.pdf|Support de cours]] sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
 +
** Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
 +
** '''Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles.''' (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., ''PLoS Biol'' [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17214507 Lien PubMed]
 +
** '''minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information''' (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, ''BMC Bioinformatics'' [http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/461 Lien]
 +
** '''Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review.''' (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., ''BioSystems'' [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19150482 Lien PubMed]
 +
** '''Computational methods for discovering gene networks from expression data''' (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, ''Brief Bioinform'' [http://bib.oxfordjournals.org/content/10/4/408.short Lien]
 +
* [[M1 MABS BBS BGPG TD GRNs|TD]] Reconstruction de réseaux de régulation
 +
* [[M1 MABS BBS BGPG TD GRNs - 2015|TD]] Reconstruction de réseaux de régulation (version 2015)
 +
 +
<!--
 +
* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/projet|Projets à remettre pour le '''17 mai''']]
 +
-->
 +
 +
== Master 1 - MEEF ==
 +
 +
=== Sciences de la Vie (EE7BSVFM) ===
 +
 +
'''Supports de TD :'''
 +
* [[Media:1516_Gaulin_TD_PlantesDom.pdf|TD Plantes Domestiquees]]
 +
* [[Media:15_TD_Dom_CORRECTION.pdf|TD Plantes Domestiquees Correction]]
 +
 +
 +
'''Supports de Cours :'''
 +
* [[Media:1516_PlantesDom.pdf|CM Plantes Domestiquees]]
 +
 +
== Master 1 - BioSanté ==
 +
=== Génomique humaine et animale (EM8BMCAM) ===
 +
'''Support de cours :'''
 +
* [[Media:Transcriptome.pdf|Transcriptome]]
 +
 +
* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/annotation1.pdf|Annotation des génomes partie 1]]
 +
* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/annotation2_v2_new.pdf|Annotation des génomes partie 2]]
 +
 +
'''Supports de TD :'''
 +
* [[M1 BioSanté TD Transcriptome|Analyse de données d'expression]]
 +
* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/TD_annotation/tutorial_annotation.html|TP annotation d'un fragment génomique bactérien]]
 +
----
 +
 +
----
 +
 +
 +
== Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes ==
 +
 +
* [[silico:enseignement/m2pro-bioinfo/Annotation.html|TD Annotation Artemis]]
 +
* [[Media:Transcriptome.pdf|Cours transcriptome]]
 +
* [[silico:enseignement/m2pro-bioinfo/Transcriptome/TD_transcriptome.html|TD transcriptome]]
 +
 +
* [[Media:Data Mining - Clustering.pdf|Cours Clustering]]
 +
* [[M2P Bioinfo - Projet Data mining]]
 +
* [[M2P Bioinfo - Projet Transcriptome]]
 +
 +
* Génome de ''E. coli'' de 2002 [[silico:enseignement/m2pro-bioinfo/EcolA01.embl|EcolA01.embl]]
 +
 +
* [[M2BBS - Atelier Système]]
 +
=== Intégration de données hétérogènes ===
 +
 +
* [[Image:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes.pdf|Support de cours]] (R. Barriot)
 +
* [[M2BBS - IDH|Mise en oeuvre]]
 +
* [[M2BBS Integration de Donnes Heterogenes - Projets|Projets IDH]]
 +
 +
 +
----
 +
 +
== Master 2R - BioSciences Végétales (http://www.m2rbsv.ups-tlse.fr) ==
 +
 +
 +
=== Bioanalyse, Protéomique ===
 +
 +
'''TDs'''
 +
* [[M2R_BV|Clonage in silico]]
 +
<!--
 +
-->
 +
'''Examen 2015'''
 +
'''Documents, partie E. Gaulin'''
 +
* [[M2R|Cartes et Sites de Restriction]]
 +
 +
'''Documents, partie C. Mathé'''
 +
* [http://snp.toulouse.inra.fr/~mathe/M2RBV/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvergardé]
 +
 +
'''Documents, partie C. Albenne'''
 +
* [[Media:EXP1.doc|Sequence fasta EXPB1]]
 +
* [[Media:2HCZ.pdb|Structure PDB]]
 +
 +
 +
----
 +
 +
== Master 2 Pro - Diagnostique ==
 +
 +
 +
 +
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 +
 +
= Autres =
 +
 +
== INSA ==
 +
* TD1 : [[Bioanalyse_TD_Banques_et_Manipulation_de_Sequences|Banque et manipulation de séquences]]
 +
* TD2 : [[Bioanalyse_TD_Banques_et_Manipulation_de_Sequences#Analyse_de_la_famille_prot.C3.A9ique|Recherche par similarité de séquences, alignements multiples et profils]]
 +
<!--
 +
* Exam L3 Janvier 2009 - [[media:L3 BCP-MABS Exam janvier 2009.pdf|PDF]]
 +
 +
-->
 +
 +
 +
----
 +
 +
<!--
 +
== C2I ==
 +
 +
= L3 Licence Pluridisciplinaire 2012_2013 =
 +
''' Support de Cours'''
 +
*[[media:C2i_LP_2012_2013.pdf|Extraits_Cours_2012_2013]]
 +
 +
 +
'''Examen Pratique 2012_2013'''
 +
 +
* Sujet de l'examen: a la fin de l'examen adresser vos travaux à : gaulin@lrsv.ups-tlse.fr    ET  roland.barriot@biotoul.fr
 +
: [[Media:C2iL3_examen2013.pdf|Sujet d'examen pratique C2i 2012_2013]]
 +
 +
* Documents pour l'examen Pratique
 +
: [[Media:exos_tableur13.ods|exos_tableurs.ods]] <br/>
 +
: [[Media:exos_texte_brut13.odt|exos_texte_brut.odt]] <br/>
 +
: [[Media:Texte_formate13.pdf|texte_formate.pdf]]
 +
: [[Media:C2I_Examen_ADNmt_humain.png|ADNmt_humain.png]] <br/>
 +
: [[Media:C2I_Examen_endosymbiose.jpg|endosymbiose.jpg]] <br/>
 +
 +
 +
'''Examen Théorique 2012_2013'''
 +
* Sujet de l'examen théorique (QCM60 questions): Sujet de l'examen: a la fin de l'examen adresser vos travaux à : gaulin@lrsv.ups-tlse.fr ET  roland.barriot@biotoul.fr
 +
:[[Media: examen_theorique32_47_QCM.odt|C2i_QCM60 Examen Theorique 2012_2013]]
 +
 +
 +
= Examen C2i L3 2009-2010 =
 +
* Sujet de l'examen
 +
: [[Media:C2I_Examen_L3_Sujet.pdf|C2I_Examen_L3_Sujet.pdf]]
 +
* Documents pour l'examen
 +
: [[Media:C2I_Examen_cell_anim.gif|cell_anim.gif]] - [[Media:C2I_Examen_exos_tableurs.ods|exos_tableurs.ods]] - [[Media:C2I_Examen_exos_texte_brut.odt|exos_texte_brut.odt]] - [[Media:C2I_Examen_texte_formate.pdf|texte_formate.pdf]]
 +
 +
ASTUCE: remplacer Media par File pour avoir accès à l'historique des versions du fichier et uploader une nouvelle version:
 +
 +
* Sujet de l'examen
 +
: [[File:C2I_Examen_L3_Sujet.pdf|C2I_Examen_L3_Sujet.pdf]]
 +
* Documents pour l'examen
 +
: [[File:C2I_Examen_ADNmt_humain.png|ADNmt_humain.png]] - [[File:C2I_Examen_endosymbiose.jpg|endosymbiose.jpg]] -[[File:C2I_Examen_exos_tableurs.ods|exos_tableurs.ods]] - [[File:C2I_Examen_exos_texte_brut.odt|exos_texte_brut.odt]] - [[File:C2I_Examen_texte_formate.pdf|texte_formate.pdf]]
 +
 +
 +
* Thème 2 : Internet
 +
: [[Media:C2I_Internet.pdf|TP Internet]]
 +
* Thème 3 : Traitement de texte
 +
: [[Media:C2I_Traitement texte 1.pdf|Feuille 1 version PDF]] - [[Media:C2I_Traitement texte 1.odt|Feuille 1 version OpenOffice]]
 +
: [[Media:C2I_Traitement texte 2.pdf|Feuille 2 version PDF]] - [[Media:C2I_Traitement texte 2.odt|Feuille 2 version OpenOffice]] - [[Media:C2I_Theme-3_Feuille-2_fichiers.tar.gz|Feuille 2 Fichiers .tar.gz]]
 +
: [[Media:C2I_Theme 3 Feuille 3.pdf|Feuille 3 version PDF]]
 +
* Thème 4
 +
: [[Media:C2I Theme 4 Feuille 1.pdf|Feuille 1]] - [[Media:C2I Theme 4 Feuille 2.pdf|Feuille 2]] - [[Media:C2I Theme 4 Feuille 2 Donnees.ods|Données Feuille 2]]
 +
* Thème 5 : synthèse Thème 3 et 4
 +
: [[Media:C2I Theme 5 Feuille 1.pdf|Feuille 1]] - [[Media:C2I Theme 5 CV.stw|Theme 5 CV.stw]]
 +
* Thème 6 : outils de PAO
 +
: [[Media:C2I Theme 6 Feuille 1.pdf|Feuille 1]]
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-->
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----
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= F.A.Q. =
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* [[Caracterisation_d_un_ensemble|Caractérisation d'un ensemble]] de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.
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* Installation de '''igraph''' sur CentOS 6.7 en P0
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Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : <tt>choseCRANmirror()</tt> dernier choix (http mirrors) puis Lyon2
 +
R> chooseCRANmirror()
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R> install.packages('igraph')
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* Installation de '''Rstudio''' sur CentOS 6.7 en P0
 +
La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :
 +
# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
 +
bash> su
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# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
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root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
 +
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
 +
 +
Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte <tt>guest</tt>)

Current revision as of 07:57, 9 September 2016

Contents

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Licence

Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM) - 2011-16

Emploi du temps 2015-16

EDT L2 AADB
CM lundi 10-12h en U2-120 TP lundi 8h30-12h30 en 4TP4-P4as
semaine 3 - 18.01 U2-120 RB Bioinfo générale
semaine 4 - 25.01 U2-120 RB Bioinfo générale
semaine 5 - 01.02 U2-120 FD Imagerie
semaine 6 - 08.02 U2-120 FD Imagerie
semaine 7 - 15.02 4TP4-P4as FD ImageJ
semaine 8 - 22.02 U2-120 RB Système d'information...SQL
semaine 10 - 07.03 U2-120 RB SQL...Programmtion
semaine 11 - 14.03 4TP4-P4as RB Base résistance
semaine 12 - 21.03 U2-120 RB Programmation
semaine 14 - 04.04 4TP4-P4as RB Base résistance
semaine 15 - 11.04 4TP4-P4as RB Base résistance



Supports de cours 2014-15 :

Travaux pratiques 2013-14 :


Annales :


Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM)

Supports de cours :


Correction du sujet de contrôle continu 2016 :


Annales :


Supports de TD :

sequences RNaseJ

Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique

Emploi du temps 2015-16

EDT L3 Info Biologie
mercredi 10-12h jeudi 18-20h
semaine 3 - 18.01 21/01
semaine 4 - 25.01 27/01 Cam Salle à déterminer
semaine 5 - 01.02 03/02 Cam Salle à déterminer 04/02
semaine 6 - 08.02 10/02 Barriot U2-209 11/02 Barriot U2-209
semaine 7 - 15.02 17/02 Barriot U2-209 18/02 Barriot U2-209 pour cause de réunion sur les masters
semaine 9 - 29.02 02/03 Barriot U2-209 03/03 Barriot U2-209
semaine 10 - 07.03 09/03 Barriot U2-209 10/03 Fichant U2-209
semaine 11 - 14.03 16/03 Fichant U2-209 17/03 Fichant U2-209
semaine 12 - 21.03 24/03 Barriot U2-209


Supports de cours:

Supports de TD:


Projets 2016 à rendre le 18 avril à Roland Barriot pour le projet transcriptome et à Gwennaele Fichant pour le projet annotation:

  • Les projets sont à réaliser individuellement (donc pas en groupe). 2 sujets vous sont proposés pour le transcriptome et un sujet pour l'annotation. Choisissez un sujet et inscrivez vous sur la page Répartition des projets. Attention: répartition moitié-moitié entre transcriptome et annotation sur la base : premier arrivé, premier servi.
  • Projets 2016 - L3-Info transcriptome
  • Projet 2016 annotation:

Annoter le fragment génomique ci-joint en utilisant les différentes approches vues en cours (ORFfinder, GeneMark, GeneMark.hmm, recherche de RBS). La prédiction des fonction putative des ORF codant potentiellement pour des protéines sera également réalisé à l'aide du logiciel BlastP. Pour la prédiction fonctionnelle, deux étapes au préalable. Extraire de votre grande séquence, la sous-séquence correspondant à chaque gène que vous aurez prédit ((1ere position du codon initiateur, dernière du codon stop). Traduire cette sous-séquence en protéine. Ces deux étapes peuvent être réalisées en utilisant la suite logiciel EMBOSS sur la plateforme bioinformatique de Toulouse (http://emboss.toulouse.inra.fr). le programme extractseq permet d'extraire une sous-séquence d'une séquence et le programme transeq de traduire cette sous-séquence en protéine ((frame to translate garder le frame 1, code to use garder standard). La séquence protéique pourra ensuite être utilisée dans une recherche avec BlastP comme réalisé en TP. Pour avoir une prédiction de la fonction de la protéine, lire quelques fiches correspondant aux hits blast obtenus. Rendre un rapport justifiant votre démarche et votre raisonnement, et présentant les résultats obtenus à chaque étape ainsi qu'une synthèse finale.
fragment génomique à annoter

Master

Master 1 - MABS

Evolution Moléculaire (EM7BMAAM)


Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM)

  • Memento de Régine André-Obrecht
  • TD Calcul matriciel
  • TD Modélisation
  • TD ACP
  • TD Probabilités


Projet 2015-16:


Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod

Traitement de données biologiques (EM7BMACM)

Support de cours:

Support de TD:

Liens

Fouille de données (EM7BBSCM)

Planning 2015-2016
date lieu
Jeudi 15 oct 10h-12h Einstein CM1 Intro
Jeudi 22 oct 10h-12h Einstein CM2 Classification 1
Jeudi 12 nov 10h-12h 1TP1-B08 CM3 Classification 2 (attention, changement de salle)
Jeudi 19 nov 10h-12h Einstein CM4 Clustering 1
Mercredi 25 nov 13h30-17h30 4TP4-P1 TP1 Classification (Knime, R ; Naive Bayes, Decision Tree, k-nn, X-validation)
Jeudi 26 nov 10h-12h Einstein CM5 Clustering 2
Mercredi 2 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP2 Classification (R, python ; LDA, k-nn)
Jeudi 3 déc 10h-12h Einstein CM6 Règles d'associations
Mercredi 9 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP3 Classification (python ; Naive Bayes)
Mercredi 16 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP4 clustering
Jeudi 17 déc 10h-12h Einstein CM7 Règles d'associations

Support de cours:

Sujets de TD

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet


Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.

Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse

  • Supports de cours

http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29

  • Controle Continu Décembre 2015

Controle Continu 2015_2016

  • Exemples d'examen terminal

2014_2015: Janvier 2015, Controle Terminal, session 1

Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP Visualisation et parcours en profondeur
  • TP Parcours en largeur et plus court chemin
  • TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
  • TP Recherche de communautés dans les graphes

Projets 2015-16

Liens:

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105

Technologies Web (EM8BBSAM)

supports cours
supports TP
Projet

Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM)

  • Cours et TP
  • Projets à remettre pour le 17 mai
  • Support de cours sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
    • Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
    • Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles. (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., PLoS Biol Lien PubMed
    • minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, BMC Bioinformatics Lien
    • Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review. (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., BioSystems Lien PubMed
    • Computational methods for discovering gene networks from expression data (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, Brief Bioinform Lien
  • TD Reconstruction de réseaux de régulation
  • TD Reconstruction de réseaux de régulation (version 2015)


Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Supports de Cours :

Master 1 - BioSanté

Génomique humaine et animale (EM8BMCAM)

Support de cours :

Supports de TD :


Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Intégration de données hétérogènes


Master 2R - BioSciences Végétales (http://www.m2rbsv.ups-tlse.fr)

Bioanalyse, Protéomique

TDs

Examen 2015 Documents, partie E. Gaulin

Documents, partie C. Mathé

Documents, partie C. Albenne


Master 2 Pro - Diagnostique

Autres

INSA



F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2 

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur : 

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)

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