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Contents
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Licence 2 et 3 Biologie
Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM)
Emploi du temps 2016-17
EDT L2 AADB | |||
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CM | TD | TP | |
semaine 04 - 23.01 | 13h30-15h30 U2-Vandel RB Bioinfo générale | ||
semaine 05 - 30.01 | 13h30-15h30 U1-Mathis FD Imagerie | 15h45-17h45 4TP4-M6 4TP4-M7 U2-209 | |
semaine 06 - 06.02 | 13h30-15h30 U1-Mathis RB BdD | 15h45-17h45 U2-119 Algeco 03 | |
semaine 08 - 20.02 | 13h30-15h30 groupes 1 & 2 en 4TP4-M6 4TP4-M7 15h45-17h45 groupes 3 & 4 en 4TP4-M6 4TP4-M7 | ||
semaine 09 - 27.02 | 13h30-15h30 U1-Mathis MB | 15h45-17h45 groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 4TP2-M7 groupe 3 : 4TP4-P1 groupe 4 : 4TP4-P15 | |
semaine 10 - 06.03 | Contrôle continu en U4-Turing | ||
semaine 11 - 13.03 | U2-Vandel GF/RB | 15h45-17h45 groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 4TP2-M7 groupe 3 : 4TP4-P1 groupe 4 : 4TP4-P15 | |
semaine 12 - 20.03 | 13h30-15h30 groupes 3 & 4 en U2-118 15h45-17h45 groupes 1 & 2 en U2-119 | ||
semaine 13 - 27.03 | 13h30-15h30 groupes 1 & 2 en 4TP4-M6 4TP4-M7 15h45-17h45 groupes 3 & 4 en 4TP4-M6 4TP4-M7 | ||
semaine 14 - 03.04 | 13h30-15h30 U1-Mathis Contrôle terminal anticipé ? | ||
semaine 17 - 24.04 | 13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé ? |
Groupes de TP
Groupes de TP | ||||
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Groupe 1 | Groupe 2 | Groupe 3 | Groupe 4 | |
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Supports de cours
- CM1 Introduction à la bioinformatique
- CM2 Traitement d'images
- CM3 Introduction aux bases de données
- CM4 Analyses statistiques génotype-phénotype
- CM5 Analyse de séquences et introduction à la biologie des systèmes
Sujets de TP
- TP1 Traitement d'images
- TP2 Bases de données
- TP3 Analyses statistiques
- TP4 Banques de données et analyse de séquences
- TP5 Modélisation d'un réseau de régulation
BioAnalyse L3 BCP
Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)
Cours
TPs
- TP1 : Interrogation des banques de données
- TP2 : Alignement par paires
- TP3 : Analyse de séquences et biologie Moléculaire
- TP4 : BLAST, alignement multiple, signature protéique
- TP5 : Revisions
Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)
Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM)
Master
Master 1
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM
Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)
Supports de cours :
Supports de TD/TP :
- TP1 - Introduction à R
- TP2 - Régression linéaire, probabilités, intervalles de confiance
- TP3 - Tests statistiques - 1
- TP4 - Tests statistiques - 2 (ANOVA)
- TP5 - Analyse de transcriptome
Contrôle continu
- Contrôle continu 2016 : Sujet et fichiers à utiliser
- Archives
- Contrôle continu de 2011 avec son corrigé CC 2011 et correction.zip
Liens
- Documentation
- Aide mémoire des commandes R
- Aide mémoire pour RMarkdown disponible depuis http://rmarkdown.rstudio.com et http://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
- RMarkdown un peu plus détaillé disponible aussi sur la page citée à la ligne précédente
- http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
- Sites dédiés
- Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html
- RStudio : https://www.rstudio.com
- https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
- http://tryr.codeschool.com/levels/1/challenges/1 Apprendre en ligne aussi
- http://www.r-fiddle.org Utilisation de R depuis un navigateur
Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)
Support de cours:
- présentation de GEQ - M. Bonhomme
- introduction à GEQ - M. Bonhomme
- GE - Génétique des populations - M. Bonhomme
- GQ - Génétique-quantitative - C. Robert-Granié
- GQ - Génétique-quantitative-apparentement - C. Robert-Granié
- GQ - Cartographie de marqueurs moléculaires - B. Mangin
- GQ - Cartographie de Quantitative Tait Loci - B. Mangin
- GQ - Génétique d'association - B. Mangin
Supports de TD/TP :
- TD1 génétique des populations
- TP1 génétique des populations
- TD2 génétique quantitative liaison/association
- TP2 génétique quantitative parenté moléculaire
- TD3 génétique quantitative liaison/association
- TP3 génétique quantitative mesures DL
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies
Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes
Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)
Supports de cours :
- Introduction biologique (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)
- Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)
- Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)
- Introduction aux alignements de génomes bactériens (Gwennaele Fichant)
Tutoriels de TP :
- Annotation d'un fragment génomique bactérien
- Petite explication de SignalP
- design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis
- Complément d'information pour réaliser le TD de design du HMM
Aide pour la réalistion du projet annotation
Contrôle continu :
- Rapport de TP sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le lundi 14 novembre. M'envoyer pa courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.
- Projet annotation d'un fragment génomique à remettre au plus tard le vendredi 9 décembre
- Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint : description du projet
- Annoter une des deux séquences fournies : séquence 1 ou séquence 2
- Exemple d'annotation au format EMBL
Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)
Contrôl continu décembre 2016
- Sujet au format HTML et Rmd et l'image nécessaire pour la compilation au niveau du dernier exercice CC.nfbl.png
Projet 2016-17:
- Sujet du projet 2016-17
- constitution des groupes (3 personnes par groupe) pour le projet : https://framadate.org/SRCce9gqmq5yfaBM
Références
- Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)
Supports de cours
Supports de TD/TP:
- TP Visualisation et exploration de graphes
- TP Librairie et parcours de graphes
- TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
- TP Recherche de communautés dans les graphes
Projets 2016-17
Liens:
- Cytoscape (et Cytoscape Web mais un peu dépassé maintenant)
- Tulip
- Gephi
- igraph
- Pathway tools
- Radatools
- NeAT
- METACYC
- STRING
- Bioconductor/STRINGdb interface STRINGdb et R igraph
- RegulonDb
- MetaNetX
- Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
Références
- Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
- Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
- An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
- Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
- Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
Fouille de données (EMBIA2DM)
Support de cours:
- Introduction et Généralités
- Classification, prédiction et caractérisation
- Clustering
- Règles d'association
Sujets de TD
- TD Classification, validation croisée et clustering
Projet
- Enoncé du projet
Liens
- Data mining map
- http://www.kdnuggets.com/
- UCI KDD Archive (datasets)
- mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
- Librairies et logiciels
- RapidMiner
- Knime
- weka
- Orange librairie python
- scikit-learn une autre librairie python
- Sequential Pattern Mining Framework open source Java implementation
Références
- Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
- GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
Master 1 - MEEF
Sciences de la Vie (EE7BSVFM)
Supports de TD :
Supports de Cours :
Master 2
Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes
UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:
Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. Attention, ne pas oublier de récupérer les supplementary data si il y en a et qu'ils ne vous sont pas fournis et bien entendu de les consulter. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
- Atelier Biologie des Systèmes
- Atelier ChipSeq
- Article 1 :
- Article 2 :
- Atelier Modélisation Moléculaire
- Article 1 :
- Atelier Genome
- Article 1 :
Calendrier des présentations
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent) | |
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lundi 10 octobre 9h30-10h30 : | article Atelier Modélisation Moléculaire (Alexandra, Soukaïna)) |
lundi 10 octobre 10h30-11h45 : (pause de 11h à 11h15) | article Atelier Biologie des Systèmes (Leila, Raphael) |
lundi 10 octobre 11h45-12h35 : | article Atelier Génome (David, Adrien) |
lundi 10 octobre 14h30-17h : | articles Atelier ChipSeq (Emilie, Laurent,Léa,Thomas) |
Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot
Biologie des Systèmes - G. Fichant
Support de cours:
- Short general introduction to system biology
- Petit rappel enzymologie partie 1
- Petit rappel enzymologie partie 2
- Two and three nodes network motifs in transcriptional networks
- Introduction to Petri net models
- Introduction to Piece-wise linear differential equation models
- System dynamic analyses
TP :
- TP1 : modeling of the psp response when cell envelop is damaged
- TP2 : modeling of the regulation of lactose operon :
Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)
Biologie Computationnelle
Documents, partie E. Gaulin
Examen 2016, partie E. Gaulin
Documents, partie C. Mathé
Documents, partie C. Albenne
F.A.Q.
- Caractérisation d'un ensemble de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.
- Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0
Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2
R> chooseCRANmirror() R> install.packages('igraph')
- Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0
La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :
# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur) bash> su # puis les commandes ci-dessous (sans le "root>") root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)