Enseignements
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Revision as of 15:26, 27 November 2018
Licence 2 et 3 Biologie
Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM)
BioAnalyse L3 BCP
Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)
Planning 2017_2018 : A venir
Cours
- CM1 : Introduction à la bioinformatique
- CM2 : Introduction aux banques de données
- CM3 : Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
- CM4 : Alignement de deux séquences protéiques : les matrices de substitution
- CM5 : Recherche par similarité dans les bases de données
- CM6 : Alignement multiple
- CM6 : Motif et domaine fonctionnels
TPs
- TP1 : Interrogation des banques de données
- TP2 : Alignement par paires
- TP3 : Analyse de séquences et biologie Moléculaire
- TP4 : BLAST, alignement multiple, signature protéique
- TP5 : Revisions
Exemples de contrôle continu corrigé
- CC 2014 : Questions + corrections
- CC 2014 : correction de la construction de la matrice de programmation dynamique
BioAnalyse L3 2B2M
TPs
- TP1 : Interrogation des banques de données
- TP2 : Alignement par paires
- TP3 : Analyse de séquences et biologie Moléculaire
- TP4 : BLAST, alignement multiple, signature protéique
- TP5 : Revisions
Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)
Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM)
Initiation à la 'Bioanalyse'
- TP1 : Interrogation des banques de données et recherche par similarité
- TP2 : Alignement multiples et signatures proteiques
Master
Master 1
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM
Génomique Evolutive et Phylogénie
Supports de TD/TP :
- TP Adaptation Moleculaire
- Données pour le TP:
Medicago SNPs sequences Drosophile sequences Primates lysozymes sequences
Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)
Supports de cours :
Supports de TD/TP :
- TP1 - Introduction à R
- TP2 - Régression linéaire, probabilités, intervalles de confiance
- TP3 - Tests statistiques - 1
- TP4 - Tests statistiques - 2 (ANOVA)
- TP5 - Analyse de transcriptome
Contrôle continu
- Contrôle continu 2018-19 : Sujet et fichiers à utiliser
- Archives
- Contrôle continu de 2011 avec son corrigé CC 2011 et correction.zip
Liens
- Documentation
- Aide mémoire des commandes R
- Aide mémoire pour RMarkdown disponible depuis http://rmarkdown.rstudio.com et http://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
- RMarkdown un peu plus détaillé disponible aussi sur la page citée à la ligne précédente
- http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
- Sites dédiés
- Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html
- RStudio : https://www.rstudio.com
- https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
- http://tryr.codeschool.com/levels/1/challenges/1 Apprendre en ligne aussi
- http://www.r-fiddle.org Utilisation de R depuis un navigateur
Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)
Support de cours:
- présentation de GEQ - M. Bonhomme
- introduction à GEQ - M. Bonhomme
- GE - Génétique des populations - M. Bonhomme
- GQ - Génétique-Quantitative - M. Bonhomme
- GQ - Cartographie de marqueurs moléculaires - B. Mangin
- GQ - Cartographie de Quantitative Tait Loci - B. Mangin
- GQ - Génétique d'association - B. Mangin
Supports de TD/TP :
- TD1 génétique des populations
- TP1 génétique des populations
- TD2 génétique quantitative
- TP2 génétique quantitative
- TD3 génétique quantitative liaison/association
- TP3 génétique quantitative mesures DL
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies
Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)
Supports de cours :
- Introduction à l'évolution moléculaire
- Evolution moléculaire : définitions
- Modèles évolutifs
- Méthodes de reconstructions phylogénétiques
- Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)
- Adaptation moléculaire
Support TP :
Support TD :
Exemple CC corrigé :
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes
Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)
Supports de cours :
- Introduction biologique (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)
- Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)
- Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)
- Introduction aux alignements de génomes bactériens (Gwennaele Fichant)
Tutoriels de TP :
- Annotation d'un fragment génomique bactérien
- design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis
Aide pour la réalisation du projet annotation
Contrôle continu :
- Rapport de TP sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le lundi 22 octobre. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.
- Projet annotation d'un fragment génomique à remettre au plus tard le vendredi 7 décembre
- Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint : description du projet
- Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint : description des parsers
- Annoter une des deux séquences fournies : séquence 1 ou séquence 2
- Exemple d'annotation au format EMBL
Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)
Sujets de TP :
Exam TP
- Exam TP 2018-19 : Sujet et fichiers à utiliser
Liens :
- http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
Références
- Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
Projet 2018-19:
- Sujet du projet 2018-19
- constitution des groupes (2 personnes par groupe) pour le projet : https://framadate.org/M1BBS-Groupes-Projet-Math
- Les projets sont à rendre avant les fêtes de fin d'année
- Graphe à analyser pour chaque groupe
Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)
Supports de cours
Supports de TD/TP:
- TP Visualisation et exploration de graphes
- TP Librairie et parcours de graphes
- TP Librairies R
- TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
- TP Recherche de communautés dans les graphes
Liens:
- Cytoscape (et Cytoscape Web mais un peu dépassé maintenant)
- Tulip librairie C/C++ pour le traitement et la visualisation de graphes
- Gephi
- igraph
- Pathway tools
- Radatools
- METACYC
- STRING
- Bioconductor/STRINGdb interface STRINGdb et R igraph
- RegulonDb
- MetaNetX
- Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
- Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
- exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
- rosalind : apprentissage python en bioinformatique
Références
- Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
- Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
- An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
- Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
- Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
Fouille de données (EMBIA2DM)
Support de cours:
- Introduction et Généralités
- Classification, prédiction et caractérisation
- Clustering
- Règles d'association
Sujets de TD/TP
- TD Classification, validation croisée et clustering
Projet
- Sujet 2017-18
Liens
- Data mining map
- http://www.kdnuggets.com/
- UCI KDD Archive (datasets)
- mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
- Librairies et logiciels
- RapidMiner
- Knime
- weka
- Orange librairie python
- scikit-learn une autre librairie python
- Sequential Pattern Mining Framework open source Java implementation
Références
- Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
- GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
Master 1 - MEEF
Sciences de la Vie (EE7BSVFM)
Supports de TD :
Supports de Cours : A venir...
Master 2
Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy
Supports de cours
- Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)
- Recherche par similarité dans les bases de données (cours de L3 Bioanalyse)
Tutoriels de TP
- Analyse évolutive de la cascade de régulation de la compétence chez les Streptocoques
- Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez S. pneumoniae
Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes
Atelier système
UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:
Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
- Atelier Métabolomique
- Atelier ChipSeq
- Article 1 :
- Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)
- Supplementary information à récupérer sur http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2009/mb/b915913b#!divAbstract
- Article 2 :
- Article 1 :
- Atelier Phylogénomique
- Article 1 :
- Phylogenomics of Rhodobacteraceae reveals evolutionary adaptation to marine and non-marine habitats
- Supplementary information à récupérer sur http://www.nature.com/ismej/journal/v11/n6/full/ismej2016198a.html
- Article 2
- Article 1 :
- Atelier Modélisation
- Article 1 :
- Article 2 :
- Modeling of the ComRS Signaling Pathway Reveals the Limiting Factors Controlling Competence in Streptococcus thermophilus
- supplementary information 1 for Modeling of the ComRS Signaling...
- supplementary information f2 or Modeling of the ComRS Signaling...
- supplementary information 2 for Modeling of the ComRS Signaling...
- Article 3 :
Calendrier des présentations
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent sauf Fulya 1ère) | ||||
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lundi 1 octobre 9h30-11h45 : | articles Atelier ChipSeq | article 1 : 9H30-11h00 (Fulya, Pierre-Louis, Coralie) | article 2 : 11h-11h30 (Callum) | Commentaires : 11h30-11h45 |
lundi 1 octobre 13h30-15h45 : | articles Atelier Phylogénomique | article 1 : 13H30-14h30 (Manon, Sebastian) | article 2 : 14h30-15h30 (Justine, Marie) | Commentaires : 15h30-15h45 |
mardi 2 octobre 9h30-10h45 : | article Atelier Métabolomique | article 1 : 9H30-10h30 (William, Julien) | Commentaires : 10h30-10h45 | |
mardi 2 octobre 10h45-12h00 : | article Atelier Modélisation | article 3 : 10h45-11h45 (Edi, Chris) | Commentaires : 11h45-12h | |
mardi 2 octobre 13h30-15h35 : | articles Atelier Modélisation | article 1 : 13h30-14h30 (Elisabeth, Clément) | article 2 : 14h30-15h30 (Younes, Cyril) | Commentaires : 15h30-15h45 |
Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot
- Approches
- Enrichissement
- Fusion de données et priorisation de gènes candidats
- Mise en oeuvre
- Projets IDH
Atelier Génétique Satistique - S. Boitard
Support de cours et TD:
- Coalescence : principe et bases théoriques
- TD de génétique des populations
- article : investigation de l'histoire démographique du chromosome Y par analyse des loci microsatellite
- cours et TP de détection de locus sous sélection positive
TP :
- TP : simulations de données génétiques par coalescence fichier format pdf
- TP : simulations de données génétiques par coalescence fichier format html
- TP estimation de paramètres par une approche ABC
- [[1]] autres documents
Atelier Phylogénomique
Intervenants : Hélène Chiapello, Kathy.De-Sousa, Claire Hoede et Yves Quentin
Biologie des Systèmes - R. Barriot
Biologie des Systèmes - G. Czaplicki
Fichiers avec les codes :
Biologie des Systèmes - G. Fichant
Support de cours:
- Introduction to system biology
- Petit rappel enzymologie partie 1
- Petit rappel enzymologie partie 2
- Introduction to Petri net models
- Introduction to stochastic simulation
- parameter estimation
- Introduction to Piece-wise linear differential equation models
- System dynamic analyses
TP :
- Copasi user guide
- TP1 : modeling of the psp response when cell envelop is damaged
- TP2 : modeling of the repressilator:
- TP3 : modeling of the regulation of lactose operon :
- TP4 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:
Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)
Biologie Computationnelle
Documents, partie E. Gaulin
F.A.Q.
- Caractérisation d'un ensemble de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.
- Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0
Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2
R> chooseCRANmirror() R> install.packages('igraph')
- Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0
La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :
# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur) bash> su # puis les commandes ci-dessous (sans le "root>") root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)