Enseignements
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* CM2 : [[Media:banque_2020.pdf|Introduction aux banques de données]] | * CM2 : [[Media:banque_2020.pdf|Introduction aux banques de données]] |
Revision as of 09:50, 10 November 2021
Licence 2 et 3 Biologie
Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BOPE
UE en option avec différents codes :
- L2 2B2M : EDSVB4IM
- L2 BCP : EDSVA4HM
- L2 BOPE : EDSVC4MM
- L3 BOPE : ELSVC6JM
- Moodle : EDSVB4IM
Emploi du temps 2019-20
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
Les groupes de TD et TP 2019-20 sont disponibles sur moodle : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=2518
EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique | |||
---|---|---|---|
CM | TD | TP | |
semaine 03 - 18/01 | 13h45-15h45 R. Barriot Bioinfo générale (lien zoom sur moodle) 16h00-18h00 F. Delavoie Imagerie | ||
semaine 04 - 25/01 | 13h45-15h05 groupe TP1a en U1-205 et TP1b en U1-206 15h15-16h35 groupe TP2c en U1-205 et TP2d en U1-206 | ||
semaine 05 - 01/02 | 13h45-15h45 R. Barriot Bases de Données | 15h55-17h55 groupe TD1 et groupe TD2 | |
semaine 06 - 08/02 | 13h45-15h05 groupe TP1a en 4TP2-M6 et TP1b en 4TP2-M7 15h15-16h35 groupe TP2c en 4TP2-M6 et TP2d en 4TP2-M7 | ||
semaine 07 - 15/02 | 13h45-15h45 M. Bonhomme | 15h55-17h55 2 groupes TP à 20 étudiant·e·s à distance 18h05-20h05 1 groupe TP à 10 étudiant·e·s en présentiel en 4TP4-P15 | |
semaine 08 - 22/02 | |||
semaine 09 - 01/03 | 13h45-15h15 Contrôle avec report en 4A-Molliard & ESH 13h45-15h45 en 3A-G50 17h00-19h00 CM Banques de données et services bioinformatiques en ligne | ||
semaine 10 - 08/03 | 13h45-15h05 groupe TP1a en 4TP4-P1 et TP1b en 4TP4-P15 15h15-16h35 groupe TP2c en 4TP4-P1 et TP2d en 4TP4-P15 | ||
semaine 11 - 15/03 | |||
semaine 12 - 22/03 | 13h45-15h55 groupe TD1 16h05-18h10 groupe TD2 | ||
semaine 13 - 29/03 | 13h45-15h15 Contrôle terminal anticipé en 3A-Ampère et ESH 13h45-15h45 en 3A-G33 | ||
semaine 14 - 05/04 | |||
semaine 15 - 12/04 |
Supports de cours
- CM1 Introduction à la bioinformatique
- CM2 Traitement d'images
- CM3 Introduction aux bases de données
- CM4 Utilisation de l'information génétique en biologie
- CM5 Introduction à la bioinformatique des séquences
Sujets de TD/TP
- TP1 Traitement d'images
- TD1 Bases de données
- TP2 Bases de données
- TP3 Analyses statistiques des données (phénotypes, génotypes)
- TP4 Banques de données et analyse de séquences
- TD2 Transcriptomique
- TP5 Modélisation d'un réseau de régulation
BioAnalyse L3 BCP
2021_2022 Planning des Enseignements L3 BCP et répartition en séries de TPs (semestre 6 (ELSV6CM1))... A venir
Toutes les informations relatives à l'UE de Bioanalyse seront également disponibles dans l'espace dédié sur Moodle
Supports de Cours
- CM1 : Introduction à la bioinformatique
- CM2 : Introduction aux banques de données
- CM3 : Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
- CM4 : Alignement de deux séquences protéiques
- CM5 : Recherche par similarité dans les bases de données
- CM5 : Alignement multiple
- CM6 : Motifs et domaines fonctionnels
TPs en salle
- TP1 : Interrogation des banques de données
- TP2 : Alignement par paires
- TP3 : Analyse de séquences et biologie Moléculaire
- TP4 : BLAST, alignement multiple, signature protéique
- TP5 : Revisions
Annales & Corrigés
- CT 2019 : Questions + corrections
- CC 2019 : Questions + corrections
- CC 2017 : Questions + corrections
- CC 2014 : Questions + corrections
- CC 2014 : correction de la construction de la matrice de programmation dynamique
- CC 2013 : Questions + corrections
BioAnalyse L3 2B2M
TPs
- TP1 : Interrogation des banques de données
- TP2 : Alignement par paires
- TP3 : Analyse de séquences et biologie Moléculaire
- TP4 : BLAST, alignement multiple, signature protéique
- TP5 : Revisions
Licence Pro GeBAP
Schéma de sélection et productions de semences
- TP Analyse de QTL
Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)
Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM)
Initiation à la 'Bioanalyse'
Master
Master 1
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM
Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)
Supports de cours :
Supports de TD/TP :
- TP1 - Introduction à R
- TP2 - Régression linéaire, probabilités, intervalles de confiance
- TP3 - Tests statistiques - 1
- TP4 - Tests statistiques - 2 (ANOVA)
- TP5 - Analyse de transcriptome
- Archives
- Contrôle continu de 2011 avec son corrigé CC 2011 et correction.zip
Liens
- Documentation
- Aide mémoire des commandes R
- Aide mémoire pour RMarkdown disponible depuis http://rmarkdown.rstudio.com et http://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
- RMarkdown un peu plus détaillé disponible aussi sur la page citée à la ligne précédente
- http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
- Sites dédiés
- Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html
- RStudio : https://www.rstudio.com
- https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
- https://rdrr.io/snippets/ Utilisation de R depuis un navigateur
Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)
Support de cours:
- présentation de GEQ - M. Bonhomme
- introduction à GEQ - M. Bonhomme
- GE - Génétique des populations - M. Bonhomme
- GQ - Génétique-Quantitative - M. Bonhomme
- GQ - Cartographie génétique - M. Bonhomme
Supports de TD/TP :
- TD1 génétique des populations
- TP1 génétique des populations
- TD2 génétique quantitative
- TP2 génétique quantitative
- TD3 cartographie génétique
Génomique Evolutive et Phylogénie
Supports de TD/TP :
- TP Adaptation Moleculaire
- Données pour le TP:
Medicago SNPs sequences Drosophile sequences Primates lysozymes sequences
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies
Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)
Supports de cours :
- Introduction à l'évolution moléculaire
- Evolution moléculaire : définitions
- Modèles évolutifs
- Méthodes de reconstructions phylogénétiques
- Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)
- Adaptation moléculaire
Support TP :
Support TD :
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes
- Diaporama réunion de rentrée Media:M1BBS.Accueil.Inscriptions.Pedagogiques.pdf
Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)
Supports de cours :
- Introduction génomique (Jean-Philippe Galaud)
- Introduction biologique (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)
- Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)
- Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)
- Introduction aux alignements de génomes bactériens (Gwennaele Fichant)
Tutoriels de TP :
- Annotation d'un fragment génomique bactérien
- Correction du TP d'annotation du fragment génomique bactérien
- design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis
Aide pour la réalisation du projet annotation
Contrôle continu :
- Rapport de TP sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le lundi 11 octobre 2021. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf. Merci aussi de joindre au mail, uniquement si vous avez fait tourner tourner vous-même les programmes show_emfit et show_viterbi, le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités et celui après estimation des probabilités.
- Projet annotation d'un fragment génomique à remettre au plus tard le lundi 6 décembre 2021
- Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint : description du projet
- Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint : description des parsers
- Annoter une des deux séquences fournies : séquence 1 ou séquence 2
- Exemple d'annotation au format EMBL
Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)
Sujets de TP :
Liens :
- http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
Références
- Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
Projet 2021-22 :
- Sujet du projet 2021-22
- Les projets sont à rendre avant les fêtes de fin d'année
- Graphe à analyser
Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)
Supports de cours
Supports de TD/TP:
- TP1 Visualisation et exploration de graphes
- TP1-2-3 Librairie python et parcours de graphes
- TP4 Librairies R - Prise en main igraph
- TP5 Recherche de communautés dans les graphes
- TP archivé Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
Projets 2020-21
Liens:
Logiciels
- Cytoscape (et librairie pour l'analyse et la visualisaiton)
- Tulip librairie C/C++ pour le traitement et la visualisation de graphes
- Gephi
Librairies
- igraph R, python, ...
- NetworkX python
- graph-tool python
- Bioconductor/STRINGdb interface STRINGdb et R igraph
Serveurs & Banques
Formats
- Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
Autres
- https://kateto.net/network-visualization Visu avec différents environnements et librairies
- Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
- exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
- rosalind : apprentissage python en bioinformatique
Références
- Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
- Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
- An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
- Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
- Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
Fouille de données (EMBIA2DM)
Support de cours:
- Introduction et Généralités
- Classification, prédiction et caractérisation
- Clustering
- Règles d'association
Sujets de TD/TP
- TD Classification, validation croisée et clustering
Projet
Liens
- Data mining map
- http://www.kdnuggets.com/
- UCI KDD Archive (datasets)
- mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
- Librairies et logiciels
- RapidMiner
- Knime
- weka
- Orange librairie python
- scikit-learn une autre librairie python
- Sequential Pattern Mining Framework open source Java implementation
Références
- Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
- GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
- Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
Master 1 - MEEF
Sciences de la Vie (EE7BSVFM)
Supports de TD :
Master 2
Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy
Supports de cours
- Annotation génomes bactériens (Gwennaele Fichant)
- Introduction à la reconstruction phylogénétique (Gwennaele Fichant)
Tutoriels de TP
- Analyse évolutive de la cascade de régulation de la compétence chez les Streptocoques
- seaview à télécharger pour Windows
- seaview à télécharger pour Linux
- Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez S. pneumoniae
Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes
Atelier système
Atelier Chipseq
Atelier Galaxy
UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:
Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de récupérer et de lire les supplementary data qui sont aussi important pour la compréhension de l'article. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
- Atelier Etude du métabolisme
- Article 1 :
- Prediction of intracellular metabolic states from extracellular metabolomic data
- Supplementary information à récupérer sur https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4419158/
- Article 2 :
- Predicting metabolic biomarkers of human inborn errors of metabolism
- Supplementary information à récupérer sur https://www.embopress.org/doi/full/10.1038/msb.2009.22
- Article 1 :
- Atelier ChipSeq
- Article 1 :
- Article 2 :
- Atelier Phylogénomique
- Atelier Paléogénomique
- Atelier Modélisation
- Article 1 :
- Article 2 :
- A Quantitative Study of the Division Cycle of Caulobacter crescentus Stalked Cells
- Supplementary information à récupérer sur https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.0040009
Calendrier des présentations d'articles
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent) | ||||
---|---|---|---|---|
lundi 27septembre 9h30-11h30 : | articles Atelier ChipSeq | article 1 : 9H30-10h30 (Mathias, Nadine) | article 2 : 10h30-11h30 (Oussama, Marine) | |
lundi 27septembre 11h45-12h45 : | article Atelier ¨Paléogénomique | article 1 : 11h45-12h45 (Natacha, Hugo) | ||
lundi 27septembre 14h-16h : | articles Atelier Phylogénomique | article 1 : 14h-15h (Etienne, Sandro) | article 2 : 15h-16h (Jeanne, Nolan) | |
mardi 28septembre 10h30-12h30 : | article Atelier Etude du Métabolisme | article 1 : 10H30-11h30 (Gabryelle, Maïna) | article 2 : 11h30-12h30 (Victoria, Lou) | |
mardi 28 septembre 14h-16h30 : | articles Atelier Modélisation | article 1 : 14h-15h (Julien, Ludovic) | article 2 : 15h-16h (Sophia, Antoine) | Commentaires : 16h-16h30 |
Gestion des données non structurées et applications post-génomiques
IDH 1ère partie Karen Pinel-Sauvagnat et Gilles Hubert
Supports séance 1 :
Supports séance 2 :
Supports séance 3 :
- TP2 - Projet Neo4J à rendre au plus tard le 19/09 par mail à karen.sauvagnat@irit.fr et gilles.hubert@irit.fr
IDH 2ème partie Roland Barriot
Page dédiée → M2BBS GDNS-APG
Atelier Phylogénomique
Intervenants : Claire Hoede et Yves Quentin
Biologie des Systèmes - G. Czaplicki
Fichiers avec les codes :
Biologie des Systèmes - G. Fichant
Support de cours:
- Introduction to system biology
- Petit rappel enzymologie
- Complément rappel enzymologie
- Introduction to Petri net models
- Introduction to stochastic simulation
- Introduction parameter estimation
- Introduction to Piece-wise linear differential equation models
- System dynamic analyses
- Bref introduction au standard SBML
TP :
- Copasi user guide
- mnémo pour prise en main de Copasi plus simulation avec R
- Lien vers le site de Snoopy : https://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy
- TP1 : modeling of the psp response when cell envelop is damaged
- TP2 : modeling of the repressilator:
- TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:
- TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :
Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)
Biologie Computationnelle
Documents, partie E. Gaulin
Culture
- Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
- Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
- Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
- Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
- Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.
F.A.Q.
- Caractérisation d'un ensemble de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.
- Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0
Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2
R> chooseCRANmirror() R> install.packages('igraph')
- Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0
La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :
# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur) bash> su # puis les commandes ci-dessous (sans le "root>") root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)