Enseignements
From silico.biotoul.fr
Licence 2 et 3 Biologie
Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BOPE
UE en option avec différents codes :
- L2 2B2M : EDSVB4IM
- L2 BCP : EDSVA4HM
- L2 BOPE : EDSVC4MM
- L3 BOPE : ELSVC6JM
- Moodle : EDSVB4IM
Emploi du temps
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
Les groupes de TD et TP sont disponibles sur moodle : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=2518
EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique | |||
---|---|---|---|
CM | TD | TP | |
semaine 03 - 17/01 | 13h30-15h40 en U2-119 avec R. Barriot - Bioinfo générale 15h50-18h00 en U4-211 avec F. Delavoie - Imagerie | ||
semaine 04 - 24/01 | 13h30-15h50 groupes TP en U6-104, 105 et 106 | ||
semaine 05 - 31/01 | 13h30-15h40 en 3TP2-Maxwell avec R. Barriot - Bases de Données | 15h50-18h00 groupe TD1 en U6-205 18h10-20h20 groupe TD2 en U6-205 | |
semaine 06 - 07/02 | 13h30-15h40 groupe TP n°1 en U6-104 15h50-18h00 groupe TP n°2 en U3-204 | ||
semaine 07 - 14/02 | 13h30-15h40 3TP2-Maxwell avec M. Bonhomme | ||
semaine 08 - 21/02 | 13h30-15h50 groupes TP en U6-104, 105 et 106 | ||
semaine 09 - 28/02 | |||
semaine 10 - 07/03 | 13h30-15h30 3TP2-Maxwell Contrôle avec report 13h30-16h10 en U3-114 pour les ESH | ||
semaine 11 - 14/03 | 13h30-15h40 3TP2-Maxwell avec Gwennaele Fichant - Modélisation et Biologie des systèmes | ||
semaine 12 - 21/03 | 13h30-15h40 groupe TP n°3 en 4TP4-P15 15h50-18h00 groupe TP n°1 en 4TP4-P15 | ||
semaine 13 - 28/03 | 13h30-15h40 groupe TD n°1 et n°2 en U6-205 | ||
semaine 14 - 04/04 | 13h30-15h40 groupe TP n°2 en 4TP2-M6 15h50-18h00 groupe TP en n°3 4TP2-M6 | ||
semaine 15 - 11/04 | 13h45-15h15 3TP2-Maxwell Contrôle terminal anticipé |
Supports de cours
- CM1 Introduction à la bioinformatique PDF
- CM2 Traitement d'images
- CM3 Introduction aux bases de données PDF - slides
- CM4 Utilisation de l'information génétique en biologie
- CM5 Introduction à la bioinformatique des séquences
- CM5 Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes
Sujets de TD/TP
- TP1 Traitement d'images
- TD1 Bases de données + diapos
- TP2 Bases de données
- TP3 Analyses statistiques des données (phénotypes, génotypes)
- TP4 Banques de données et analyse de séquences
- TD2 Transcriptomique. Sujet avec davantage de détails → Sujet détaillé et sa correction
- TP5 Modélisation d'un réseau de régulation
BioAnalyse L3 BCP (ELSV6CM1)
2021_2022 Planning des Enseignements
Toutes les informations relatives à l'UE de Bioanalyse seront également disponibles dans l'espace dédié sur Moodle
Veuillez respecter vos crenaux de TPs, compte tenu du nombre d'ordinateur par salle, Merci
ATTENTION à compter du mercredi 2 Février 2022, les TPs initialement prévus en U3 207 sont délocalisés dans une autre salle, consultez le nouveau planning ci dessous (crenaux en jaune)
Supports de Cours
- CM1 : Introduction à la bioinformatique
- CM2 : Introduction aux banques de données
- CM3 : Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
- CM4 : Alignement de deux séquences protéiques
- CM5 : Recherche par similarité dans les bases de données
- CM5 : Alignement multiple
- CM6 : Motifs et domaines fonctionnels
TPs en salle
- TP1 : Interrogation des banques de données
- TP2 : Alignement par paires
- TP3 : Analyse de séquences et biologie Moléculaire
- TP4 : BLAST, alignement multiple, signature protéique
- TP5 : Revisions
Annales & Corrigés
- CT 2019 : Questions + corrections
- CC 2019 : Questions + corrections
- CC 2017 : Questions + corrections
- CC 2014 : Questions + corrections
- CC 2014 : correction de la construction de la matrice de programmation dynamique
- CC 2013 : Questions + corrections
BioAnalyse L3 2B2M
TPs
- TP1 : Interrogation des banques de données
- TP2 : Alignement par paires
- TP3 : Analyse de séquences et biologie Moléculaire
- TP4 : BLAST, alignement multiple, signature protéique
- TP5 : Revisions
Licence Pro GeBAP
Schéma de sélection et productions de semences
- TP Analyse de QTL
Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)
Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM)
Master
Master 1
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM
Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)
Supports de cours :
Supports de TD/TP :
- TP1 - Introduction à R
- TP2 - Régression linéaire, probabilités, intervalles de confiance
- TP3 - Tests statistiques - 1
- TP4 - Tests statistiques - 2 (ANOVA)
- TP5 - Analyse de transcriptome
- Archives
- Contrôle continu de 2011 avec son corrigé CC 2011 et correction.zip
Liens
- Documentation
- Aide mémoire des commandes R
- Aide mémoire pour RMarkdown disponible depuis http://rmarkdown.rstudio.com et http://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
- RMarkdown un peu plus détaillé disponible aussi sur la page citée à la ligne précédente
- http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
- Sites dédiés
- Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html
- RStudio : https://www.rstudio.com
- https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
- https://rdrr.io/snippets/ Utilisation de R depuis un navigateur
Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)
Support de cours:
- présentation de GEQ - M. Bonhomme
- introduction à GEQ - M. Bonhomme
- GE - Génétique des populations - M. Bonhomme
- GQ - Génétique-Quantitative - M. Bonhomme
- GQ - Cartographie génétique - M. Bonhomme
Supports de TD/TP :
- TD1 génétique des populations
- TP1 génétique des populations
- TD2 génétique quantitative
- TP2 génétique quantitative
- TD3 cartographie génétique
Génomique Evolutive et Phylogénie
Supports de TD/TP :
- TP Adaptation Moleculaire
- Données pour le TP:
Medicago SNPs sequences Drosophile sequences Primates lysozymes sequences
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies
Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)
Supports de cours :
- Introduction à l'évolution moléculaire
- Evolution moléculaire : définitions
- Modèles évolutifs
- Méthodes de reconstructions phylogénétiques
- Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)
- Adaptation moléculaire
Support TP :
- tutorial TP1 et TP2
- manuel de ModelTest
- Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez S. pneumoniae
- Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD
Support TD :
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes
- Diaporama réunion de rentrée Media:M1BBS.Accueil.Inscriptions.Pedagogiques.pdf
Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)
Supports de cours :
- Introduction génomique (Jean-Philippe Galaud)
- Introduction biologique (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)
- Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)
- Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)
- Introduction aux alignements de génomes bactériens (Gwennaele Fichant)
Tutoriels de TP :
- Annotation d'un fragment génomique bactérien
- design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis
Mathématique pour la Biologie (KBIA7AI)
Sujets de TP :
Liens :
- http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
Références
- Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)
Supports de cours
Supports de TD/TP:
- TP1 Visualisation et exploration de graphes
- TP1-2-3 Librairie python et parcours de graphes
- TP4 Librairies R - Prise en main igraph
- TP5 Recherche de communautés dans les graphes
- TP archivé Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
Projets 2021-22
Liens:
Logiciels
- Cytoscape (et librairie pour l'analyse et la visualisaiton)
- Tulip librairie C/C++ pour le traitement et la visualisation de graphes
- Gephi
Librairies
- igraph R, python, ...
- NetworkX python
- graph-tool python
- Bioconductor/STRINGdb interface STRINGdb et R igraph
Serveurs & Banques
Formats
- Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
Autres
- https://kateto.net/network-visualization Visu avec différents environnements et librairies
- Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
- exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
- rosalind : apprentissage python en bioinformatique
Références
- Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
- Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
- An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
- Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
- Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
Fouille de données (EMBIA2DM)
Support de cours
- Introduction et Généralités
- Classification automatique
- Arbres de décision et forêts aléatoires
- Performances PDF
- Classification bayésienne PDF
- Analyse discriminante linéaire PDF
- Réseaux de neurones PDF
- k plus proches voisins PDF
- Classification - performances PDF
- Normalisation et mesures de distance PDF
- Clustering
- Rappels, généralités, méthodes : hiérarchique, k-means, k-médoïdes, spectral, affinity propagation, densité, ...
- Mesures d'évaluation et de comparaison
- Règles d'association
Sujets de TD/TP → TD Classification, validation croisée et clustering
Projet
- Description des données et diapos de présentation
- Données
- Projet GitLab → https://gitlab.com/rbarriot/datamining.abc
Liens
- http://www.kdnuggets.com/
- UCI KDD Archive (datasets)
- mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
- Librairies et logiciels
- RapidMiner
- Knime
- weka
- Orange librairie python
- scikit-learn une autre librairie python
- Sequential Pattern Mining Framework open source Java implementation
- news
- 2022/03/07 on kdnuggets.com Build a Machine Learning Web App in 5 Minutes
Références
- Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
- GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
- Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
Master 1 - MEEF
Sciences de la Vie (EE7BSVFM)
Supports de TD :
Master 2
Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy
Supports de cours
- Annotation génomes bactériens (Gwennaele Fichant)
- Introduction à la reconstruction phylogénétique (Gwennaele Fichant)
Tutoriels de TP
- Analyse évolutive de la cascade de régulation de la compétence chez les Streptocoques
- seaview à télécharger pour Windows
- seaview à télécharger pour Linux
- Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez S. pneumoniae
Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes
Atelier système
Atelier Chipseq
Atelier Galaxy
UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:
Calendrier des présentations d'articles
Gestion des données non structurées et applications post-génomiques
IDH 1ère partie Karen Pinel-Sauvagnat et Gilles Hubert
Supports séance 1 :
Supports séance 2 :
Supports séance 3 :
- TP2 - Projet Neo4J à rendre au plus tard le 19/09 par mail à karen.sauvagnat@irit.fr et gilles.hubert@irit.fr
IDH 2ème partie Roland Barriot
Page dédiée → M2BBS GDNS-APG
Atelier Phylogénomique
Intervenants : Claire Hoede et Yves Quentin
Biologie des Systèmes - G. Czaplicki
Fichiers avec les codes :
Biologie des Systèmes - G. Fichant
Support de cours:
- Introduction to system biology
- Petit rappel enzymologie
- Complément rappel enzymologie
- Introduction to Petri net models
- Introduction to stochastic simulation
- Introduction parameter estimation
- Introduction to Piece-wise linear differential equation models
- System dynamic analyses
- Bref introduction au standard SBML
TP :
- Copasi user guide
- mnémo pour prise en main de Copasi plus simulation avec R
- Lien vers le site de Snoopy : https://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy
- TP1 : modeling of the psp response when cell envelop is damaged
- TP2 : modeling of the repressilator:
- TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:
- TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :
Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)
Biologie Computationnelle
Documents, partie E. Gaulin
Culture
- Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
- Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
- Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
- Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
- Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.
F.A.Q.
- Caractérisation d'un ensemble de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.
- Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0
Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2
R> chooseCRANmirror() R> install.packages('igraph')
- Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0
La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :
# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur) bash> su # puis les commandes ci-dessous (sans le "root>") root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)